Né dans un village de pêcheurs nommé Kominato dans la province d'Awa, correspondant à l'actuelle préfecture de Chiba. Son humble origine de fils de pêcheur influença plus tard sa passion pour défier les autorités religieuses.

Commença ses études bouddhistes au temple local Seichoji. C'est là qu'il découvrit pour la première fois le Sûtra du Lotus et les enseignements bouddhistes, amorçant ainsi sa quête spirituelle de toute une vie.

Fut officiellement ordonné moine au temple Seichoji et reçut le nom bouddhiste Zenshobo Rencho. Il commença alors son voyage à la recherche des véritables enseignements du bouddhisme japonais.

Se rendit à Kamakura, alors centre politique du Japon, pour étudier les différentes écoles bouddhistes. Il approfondit les enseignements du Zen, du bouddhisme de la Terre Pure et du bouddhisme ésotérique.

Étudia au temple Enryakuji sur le mont Hiei, siège principal de l'école Tendai. C'est là qu'il approfondit sa compréhension du Sûtra du Lotus et acquit la conviction qu'il représentait l'enseignement suprême de Shakyamuni.

Au temple Seichoji, il récita pour la première fois Nam-myoho-renge-kyo dans la Salle Pure et déclara que seul le Sûtra du Lotus était l'unique chemin vers la vérité. Le bouddhisme Nichiren était ainsi fondé, et il prit le nom de Nichiren (Lotus du Soleil).

Soumit le Risshō Ankoku Ron à l'ancien régent Hojo Tokiyori, affirmant que les catastrophes résultaient de faux enseignements bouddhistes. Il attaqua le bouddhisme de la Terre Pure et exhorta le shogunat à adopter le Sûtra du Lotus, ce qui déclencha sa persécution.

Fut exilé sur la péninsule d'Izu en raison de la colère des autorités. Malgré les conditions difficiles, il continua à enseigner sans relâche et fut gracié environ deux ans plus tard, retournant à Kamakura.

Fut attaqué par des adeptes du bouddhisme de la Terre Pure, recevant une profonde blessure au front et un bras cassé. Deux de ses disciples furent tués, mais Nichiren survécut de justesse.

Envoya des lettres au shogunat pour avertir d'une invasion étrangère imminente. La même année, le khan mongol Kubilaï envoya des émissaires exigeant la soumission du Japon, confirmant sa prophétie et renforçant sa réputation parmi ses disciples.

Fut arrêté par le shogunat et conduit au terrain d'exécution de Tatsunokuchi. Selon la légende, juste avant l'exécution, un orbe lumineux apparut dans le ciel, effrayant les bourreaux et interrompant l'exécution. Nichiren considéra cela comme une protection divine du Sûtra du Lotus.

Au lieu d'être exécuté, il fut exilé sur l'île désolée de Sado, survivant à peine aux conditions difficiles. Pourtant, dans cet environnement hostile, il acheva certaines de ses œuvres les plus importantes, dont le Kaimoku Sho et le Kanjin no Honzon Sho.

Retourna à Kamakura après environ trois ans d'exil à Sado. C'était l'année de la première invasion mongole, et le shogunat le gracia au milieu de la crise. Après son retour, il continua à propager la foi du Sûtra du Lotus.

Après que le shogunat eut rejeté ses conseils, Nichiren se retira au mont Minobu. Il y passa le reste de sa vie à former des disciples et à écrire. Le mont Minobu devint plus tard le temple principal du bouddhisme Nichiren.

En raison de la détérioration de sa santé, il quitta Minobu pour se faire soigner aux sources thermales, mais son état s'aggrava à Ikegami où il mourut paisiblement, entouré de ses disciples. Sa dépouille fut enterrée au mont Minobu.