何塞・加夫列爾・孔多爾坎基出生於庫斯科附近的安地斯貴族家庭，後來自稱出身於印加統治者圖帕克・阿馬魯的後裔。在西班牙殖民統治下的安地斯成長，塑造了他對不公的敏感與對族人的責任感。

他接受的教育使他接觸西班牙語、天主教教義與殖民法律規範，同時也浸潤於克丘亞社群的傳統。這種雙語與雙文化的成長，日後讓他既能與官員交涉，也能動員原住民盟友。

作為年輕貴族，他開始參與地方行政與涉及原住民勞役與貢賦的爭端處理。他逐步看清地方官與商人如何透過強制配售制度剝削民眾，令全區怨憤日益加深。

他與米凱拉・巴斯蒂達斯結婚；她成為他最親密的謀士與組織者，在起義期間負責後勤與聯絡。他們的夥伴關係把家族領導力與安地斯南部更廣的社群網絡連結在一起。

他運用騾隊商路與區域貿易四處行走，親眼見到貢賦、強迫勞役與官員虐待帶來的沉重負擔。這些路線後來也成為起義期間傳遞訊息、招募人力與運送補給的通道。

他鞏固了自己作為通加蘇卡、蘇里馬納與潘帕馬卡庫拉卡的權威，並在原住民社群與殖民行政之間居中調解。這個職位賦予他正當性與資源，也提供他挑戰殖民弊政的平台。

他向官員提出申訴與法律請願，譴責強制配售制度與強迫勞役義務如何摧毀安地斯家庭。面對緩慢而輕蔑的回應，他逐漸相信這套體制不會自行改革。

新的波旁政策加重稅負、收緊貿易並強化秘魯總督轄區的殖民執法。他目睹原住民農民、混血居民以及部分克里奧爾人在更沉重的徵收與胁迫下怨氣蔓延。

他愈發以印加正統的繼承者自居，援引被西班牙處決的末代印加圖帕克・阿馬魯作為象徵。這個名字成為凝聚人心的旗幟，將地方苦難連結到更廣泛的反殖民認同。

一七八〇年十一月，他逮捕地方官安東尼奧・德・阿里亞加，指控其在殖民統治下勒索與暴虐。這場戲劇性的逮捕宣告公開叛亂，並迅速獲得周邊安地斯社群的支持。

在公開對峙後，阿里亞加被處決；圖帕克・阿馬魯二世發布檄文，譴責強迫勞役、過重貢賦與貪腐官員。他試圖以共同的訴求號召原住民與非原住民支持者。

起義軍在桑加拉拉擊敗西班牙主導的部隊，聲勢大振，招募迅速擴及安地斯南部。勝利令庫斯科與利馬當局震驚，隨即策劃更嚴厲的鎮壓並動員更多兵力。

起義軍縱隊向庫斯科推進，意圖瓦解西班牙控制並激發大規模倒戈。米凱拉・巴斯蒂達斯協調補給與警戒，但內部分歧與敵軍增援限制了攻占城市的能力。

王軍與同盟民兵在告密者揭露行動與安全路線後逐步收網。他與重要家族成員及核心領袖一同被捕，使庫斯科地區起義的中樞指揮就此瓦解。

在殖民法庭審判後，他與包括米凱拉・巴斯蒂達斯在內的近親一同於庫斯科被處決，並以殘酷的公開儀式示眾。當局意在以恐懼震懾眾人，然而他的殉難反而成為安地斯抵抗與解放的長久象徵。