Geboren in Yapeyú, einer Grenzsiedlung im Vizekönigreich des Río de la Plata, als Sohn des spanischen Offiziers Juan de San Martín und Gregoria Matorras. Das Leben im Grenzraum brachte seine Familie mit dem imperialen Militäralltag und der Kultur der Guaraní-Missionen in Berührung.

Die Familie siedelte nach Spanien über, da sein Vater Posten in der bourbonischen Verwaltung anstrebte, wodurch José in ein formelleres imperiales Umfeld gelangte. Der Umzug eröffnete den Zugang zu militärischer Ausbildung und zum professionellen Offizierskorps der spanischen Krone.

Er begann seinen Militärdienst im Regiment von Murcia und erlernte Exerzieren, Logistik und Gefechtsdisziplin in einer traditionellen europäischen Armee. Die frühe Ausbildung betonte Ingenieurwesen, Musketenhandhabung und strenge Hierarchie, was später seinen Führungsstil prägte.

Als Spanien in den Krieg gegen das revolutionäre Frankreich eintrat, leistete er aktiven Dienst in harten Feldzügen entlang der Pyrenäen. Der Konflikt konfrontierte ihn mit moderner Massenkriegführung und den politischen Erschütterungen, die sich nach 1789 in Europa ausbreiteten.

Er nahm an Operationen teil, die mit Spaniens maritimem Ringen mit Großbritannien in der Revolutionszeit verbunden waren, und gewann Erfahrungen jenseits des Landkriegs. Diese Phase machte ihm die Bedeutung von Seemacht und Handelskrieg für die imperiale Strategie deutlich.

Während der napoleonischen Invasion kämpfte er mit spanischen Truppen im erbarmungslosen Krieg auf der Iberischen Halbinsel, in dem Guerillataktiken und Koalitionskriegführung entscheidend wurden. Der Zusammenbruch königlicher Autorität schärfte sein Denken über Legitimität und Unabhängigkeitsbewegungen.

Er verließ die spanische Armee und knüpfte in London Kontakte zu spanisch-amerikanischen Revolutionären, wo Unabhängigkeitsnetzwerke über Strategie und Diplomatie debattierten. Diese Kreise halfen ihm, vom imperialen Offizier zum Befreiungskommandeur mit kontinentaler Vision zu werden.

Er erreichte Buenos Aires, als die Revolutionsregierung nach der Mairevolution erfahrene Offiziere suchte, weil das Vizekönigreich ins Wanken geraten war. Mit seiner europäischen Ausbildung gewann er rasch das Vertrauen patriotischer Führer, während er sich zugleich in fraktionellen Machtkämpfen behaupten musste.

Er stellte das Regiment der berittenen Grenadiere auf und drillte eine Elitekavallerie mit strenger Disziplin und leistungsbezogener Beförderung. Das Korps wurde zum professionellen Kern der patriotischen Armee und später zu einem Symbol argentinischer Militärtradition.

Bei San Lorenzo führte er einen schnellen Kavallerieangriff, der eine spanische royalistische Landung zerschlug und Flussversorgungswege schützte. Der Sieg stärkte die Moral der Patrioten und zeigte seine Vorliebe für Überraschung, Tempo und straff ausgebildete Truppen.

In Mendoza stationiert, formte er Cuyo zu einem strategischen Rückraum, mobilisierte lokale Ressourcen, Werkstätten und Nachrichtendienste. Mit Unterstützung der Bevölkerung und von Verbündeten wie Bernardo O’Higgins bereitete er einen transandinen Feldzug vor, um Peru zu umgehen.

Nachdem der Kongress von Tucumán die Unabhängigkeit erklärt hatte, drängte er auf einen koordinierten Plan, der Argentinien, Chile und Peru verband. Er weitete die Ausbildung aus, legte Waffenlager an und organisierte Maultierkolonnen, wodurch Mendoza zu einem Arsenal der Befreiung wurde.

Er führte die kühne Andenüberquerung über mehrere Pässe durch und setzte auf Täuschung, präzises Timing und disziplinierte Logistik, um Menschen und Tiere in Bewegung zu halten. Das Manöver überraschte die Royalisten und gilt als einer der anspruchsvollsten Märsche der Militärgeschichte.

Bei Chacabuco durchbrachen seine Truppen die royalistischen Stellungen, öffneten den Weg nach Santiago und stellten die patriotische Regierung wieder her. Er lehnte persönliche Macht ab und unterstützte O’Higgins als Obersten Direktor, wobei er Einheit über Ehrgeiz stellte.

Nach Rückschlägen und erneutem royalistischem Druck half er, die Kräfte zu sammeln, und siegte entscheidend bei Maipú nahe Santiago. Der Sieg festigte Chiles Unabhängigkeit und schuf die sichere Basis für eine seegestützte Expedition nach Peru.

Mit chilenischer Rückendeckung und maritimer Unterstützung im Umfeld von Admiral Thomas Cochrane segelte er nach Norden, um die royalistische Hochburg in Peru zu treffen. Die Expedition verband Diplomatie und Druck und zielte darauf, einen ruinösen Frontalkrieg im Hochland zu vermeiden.

Er zog in Lima ein und proklamierte die peruanische Unabhängigkeit, übernahm anschließend den Titel des Protektors, um den neuen Staat zu stabilisieren. Seine Verwaltung förderte Institutionen, versuchte schrittweise Reformen und suchte Legitimität zwischen konkurrierenden Eliten und royalistischem Widerstand.

In Guayaquil beriet er mit Simón Bolívar über Strategie und Autorität für die letzten Feldzüge gegen die Royalisten. Kurz darauf legte er das Protektorat nieder und trat beiseite, um einen Bürgerkonflikt unter den Unabhängigkeitsführern zu verhindern.

Nach dem Tod seiner Frau Remedios de Escalada und der Zuspitzung innerer Konflikte reiste er mit seiner Tochter Mercedes nach Europa ab. Das Exil spiegelte sowohl Trauer als auch die bewusste Weigerung wider, in den neuen Republiken ein parteiischer Caudillo zu werden.

Seine späten Jahre verbrachte er größtenteils abseits der Öffentlichkeit und lebte zurückgezogen, während er die Ereignisse aus der Ferne verfolgte. Er starb in Boulogne-sur-Mer und hinterließ das Vermächtnis eines kontinentalen Strategen, dessen Zurückhaltung seinen militärischen Erfolgen entsprach.