Nació en Yapeyú, un asentamiento fronterizo del Virreinato del Río de la Plata, hijo del oficial español Juan de San Martín y Gregoria Matorras. El entorno de frontera expuso a su familia a la vida militar imperial y a la cultura de las misiones guaraníes.

Su familia se trasladó a España mientras su padre buscaba cargos en la administración borbónica, situando a José en un ambiente imperial más formal. La mudanza le abrió el acceso a la instrucción militar y al cuerpo profesional de oficiales de la Corona española.

Inició el servicio militar en el Regimiento de Murcia, aprendiendo instrucción, logística y disciplina de combate en un ejército europeo tradicional. Su formación temprana enfatizó la ingeniería, el manejo del mosquete y una jerarquía estricta que luego marcó su estilo de mando.

Cuando España entró en guerra con la Francia revolucionaria, prestó servicio activo en duras campañas en los Pirineos. El conflicto lo expuso a la guerra moderna de masas y a las ondas de choque políticas que se expandían por Europa tras 1789.

Participó en operaciones vinculadas a la lucha naval de España con Gran Bretaña durante la era revolucionaria, adquiriendo experiencia más allá de la guerra terrestre. Ese período destacó la importancia del poder marítimo y de la guerra al comercio en la estrategia imperial.

Durante la invasión napoleónica, combatió con fuerzas españolas en la brutal Guerra Peninsular, donde las tácticas de guerrilla y la guerra de coalición resultaron decisivas. El colapso de la autoridad real agudizó su reflexión sobre la legitimidad y los movimientos de independencia.

Dejó el ejército español y se vinculó con revolucionarios hispanoamericanos en Londres, donde redes independentistas debatían estrategia y diplomacia. Esos círculos lo ayudaron a pasar de oficial imperial a comandante libertador con una visión continental.

Arribó a Buenos Aires cuando el gobierno revolucionario buscaba oficiales experimentados tras la Revolución de Mayo, que había desestabilizado el virreinato. Con formación europea, ganó rápidamente la confianza de dirigentes patriotas mientras navegaba la política facciosa.

Organizó el Regimiento de Granaderos a Caballo, adiestrando una unidad de caballería de élite con disciplina estricta y ascensos por mérito. El cuerpo se convirtió en un núcleo profesional del ejército patriota y luego en un símbolo de la tradición militar argentina.

En San Lorenzo dirigió una rápida carga de caballería que desbarató un desembarco realista y protegió rutas de abastecimiento fluviales. La victoria elevó la moral patriota y mostró su preferencia por la sorpresa, la velocidad y tropas estrechamente entrenadas.

Destinado a Mendoza, organizó Cuyo como retaguardia estratégica, movilizando recursos locales, talleres e inteligencia. Con apoyo de ciudadanos y aliados como Bernardo O'Higgins, preparó una campaña transandina para desbordar al poder realista en Perú.

Tras la declaración de independencia del Congreso de Tucumán, impulsó un plan coordinado que vinculara Argentina, Chile y Perú. Amplió el entrenamiento, acopió armas y organizó recuas de mulas, convirtiendo a Mendoza en un arsenal de la liberación.

Ejecutó el audaz cruce de los Andes por múltiples pasos, usando engaño, un calendario preciso y logística disciplinada para mantener en marcha a hombres y animales. La maniobra sorprendió a los realistas y sigue siendo una de las marchas militares más exigentes de la historia.

En Chacabuco sus fuerzas quebraron las defensas realistas, abriendo el camino a Santiago y restaurando el gobierno patriota. Rehusó el poder personal y respaldó a O'Higgins como Director Supremo, priorizando la unidad por sobre la ambición.

Tras reveses y la renovada presión realista, ayudó a reagrupar fuerzas y obtuvo una victoria decisiva en Maipú, cerca de Santiago. El triunfo consolidó la independencia de Chile y brindó la base segura necesaria para una expedición por mar hacia el Perú.

Con respaldo chileno y apoyo naval asociado al almirante Thomas Cochrane, navegó hacia el norte para golpear el bastión realista en el Perú. La expedición combinó diplomacia y presión, con el objetivo de evitar una guerra frontal ruinosa en la sierra.

Entró en Lima y proclamó la independencia del Perú, y luego asumió el título de Protector para estabilizar el nuevo Estado. Su administración promovió instituciones, intentó reformas graduales y buscó legitimidad en medio de élites rivales y resistencia realista.

En Guayaquil se entrevistó con Simón Bolívar sobre la estrategia y la autoridad para las campañas finales contra los realistas. Poco después renunció a su protectorado y dio un paso al costado, buscando prevenir un conflicto civil entre líderes independentistas.

Tras la muerte de su esposa Remedios de Escalada y el aumento de las disputas facciosas, partió con su hija Mercedes hacia Europa. El exilio reflejó tanto el duelo como su negativa deliberada a convertirse en un caudillo partidario en las nuevas repúblicas.

Pasó sus últimos años en gran medida apartado de la política pública, viviendo con discreción mientras observaba los acontecimientos desde lejos. Murió en Boulogne-sur-Mer, dejando el legado de un estratega continental cuya mesura igualó sus logros en el campo de batalla.