Né à Yapeyú, une localité de frontière de la vice-royauté du Río de la Plata, fils de l’officier espagnol Juan de San Martín et de Gregoria Matorras. Ce cadre de confins exposa sa famille à la vie militaire impériale et à la culture des missions guaranies.

Sa famille s’installa en Espagne tandis que son père recherchait des postes dans l’administration bourbonienne, plaçant José dans un milieu impérial plus formel. Ce déménagement lui ouvrit l’accès à la formation militaire et au corps d’officiers professionnels de la Couronne d’Espagne.

Il débuta son service militaire au régiment de Murcie, où il apprit l’exercice, la logistique et la discipline du champ de bataille dans une armée européenne traditionnelle. Cette formation précoce, axée sur le génie, le maniement du mousquet et une hiérarchie stricte, façonna ensuite son style de commandement.

Lorsque l’Espagne entra en guerre contre la France révolutionnaire, il participa à de rudes campagnes le long des Pyrénées. Le conflit l’exposa à une guerre de masse plus moderne et aux ondes de choc politiques qui se propagèrent en Europe après 1789.

Il prit part à des opérations liées à la lutte navale de l’Espagne contre la Grande-Bretagne durant l’époque révolutionnaire, acquérant une expérience au-delà de la guerre terrestre. Cette période souligna l’importance de la puissance maritime et de la guerre de course dans la stratégie impériale.

Lors de l’invasion napoléonienne, il combattit au sein des forces espagnoles dans la brutale guerre d’Espagne, où les tactiques de guérilla et la guerre de coalition devinrent décisives. L’effondrement de l’autorité royale affûta sa réflexion sur la légitimité et les mouvements d’indépendance.

Il quitta l’armée espagnole et se rapprocha à Londres de révolutionnaires hispano-américains, au sein de réseaux indépendantistes où l’on débattait de stratégie et de diplomatie. Ces cercles l’aidèrent à passer du statut d’officier impérial à celui de commandant libérateur, avec une vision continentale.

Il atteignit Buenos Aires alors que le gouvernement révolutionnaire recherchait des officiers expérimentés après que la Révolution de Mai eut déstabilisé la vice-royauté. Fort de sa formation européenne, il gagna rapidement la confiance des dirigeants patriotes tout en naviguant entre rivalités politiques.

Il organisa le régiment des Grenadiers à cheval, entraînant une unité de cavalerie d’élite avec une discipline stricte et des promotions fondées sur le mérite. Le corps devint un noyau professionnel de l’armée patriotique et, plus tard, un symbole de la tradition militaire argentine.

À San Lorenzo, il mena une attaque de cavalerie fulgurante qui désorganisa un débarquement royaliste espagnol et protégea des routes d’approvisionnement fluviales. La victoire renforça le moral des patriotes et mit en valeur sa préférence pour la surprise, la vitesse et des troupes rigoureusement entraînées.

Affecté à Mendoza, il transforma Cuyo en arrière-base stratégique, mobilisant ressources locales, ateliers et renseignement. Avec l’appui des habitants et d’alliés tels que Bernardo O’Higgins, il prépara une campagne transandinienne destinée à contourner le Pérou.

Après la déclaration d’indépendance par le Congrès de Tucumán, il poussa à un plan coordonné reliant l’Argentine, le Chili et le Pérou. Il intensifia l’entraînement, constitua des stocks d’armes et organisa des convois de mulets, faisant de Mendoza un arsenal de la libération.

Il exécuta l’audacieuse traversée des Andes par plusieurs cols, recourant à la diversion, à un calendrier précis et à une logistique disciplinée pour faire avancer hommes et animaux. La manœuvre surprit les royalistes et demeure l’une des marches militaires les plus exigeantes de l’histoire.

À Chacabuco, ses forces percèrent les défenses royalistes, ouvrant la route de Santiago et rétablissant le gouvernement patriotique. Il refusa le pouvoir personnel et soutint O’Higgins comme Directeur suprême, privilégiant l’unité à l’ambition.

Après des revers et une pression royaliste renouvelée, il contribua à rallier les forces et remporta une victoire décisive à Maipú, près de Santiago. Ce succès consolida l’indépendance chilienne et fournit la base sûre nécessaire à une expédition maritime vers le Pérou.

Avec l’appui du Chili et un soutien naval associé à l’amiral Thomas Cochrane, il mit le cap vers le nord pour frapper le bastion royaliste du Pérou. L’expédition combina diplomatie et pression, cherchant à éviter une guerre frontale ruineuse dans les hautes terres.

Il entra à Lima et proclama l’indépendance péruvienne, puis prit le titre de Protecteur afin de stabiliser le nouvel État. Son administration promut des institutions, tenta des réformes graduelles et rechercha la légitimité au milieu d’élites rivales et d’une résistance royaliste.

À Guayaquil, il s’entretint avec Simón Bolívar de la stratégie et de l’autorité sur les dernières campagnes contre les royalistes. Peu après, il démissionna de son protectorat et se retira, choisissant d’éviter un conflit civil entre chefs de l’indépendance.

Après la mort de son épouse Remedios de Escalada et l’aggravation des luttes de factions, il partit avec sa fille Mercedes pour l’Europe. Cet exil refléta à la fois le chagrin et un refus délibéré de devenir un caudillo partisan dans les nouvelles républiques.

Il passa ses dernières années en grande partie en dehors de la politique publique, menant une existence tranquille tout en observant les événements de loin. Il mourut à Boulogne-sur-Mer, laissant l’héritage d’un stratège continental dont la retenue égalait les exploits militaires.