호세 가브리엘 콘도르칸키는 쿠스코 인근의 안데스 귀족 가문에서 태어났으며, 훗날 자신이 잉카의 통치자였던 투팍 아마루의 후손이라고 주장했다. 스페인 식민지 시대의 안데스에서 성장한 경험은 그에게 부정의에 대한 감각과 자신의 민중에 대한 책임감을 형성했다.

그는 스페인어, 가톨릭 교리, 식민지 법적 규범을 접하는 교육을 받는 한편, 공동체가 지켜온 케추아 전통과도 함께 자랐다. 이러한 이중 언어적 성장 배경은 훗날 관료들과 교섭하고 원주민 동맹을 결집하는 데 큰 도움이 되었다.

젊은 귀족으로서 그는 원주민의 노동과 조공에 영향을 미치는 지역 행정과 분쟁에 관여했다. 그는 지방 행정관들과 상인들이 강매 판매 제도를 통해 착취하는 방식을 배워가며, 지역 전반에 퍼진 분노가 깊어지는 것을 목격했다.

그는 미카엘라 바스티다스와 결혼했으며, 미카엘라는 봉기 동안 물자 조달과 연락망을 관리한 가장 가까운 전략가이자 조직가가 되었다. 그들의 동반자 관계는 가족 지도력을 남부 안데스의 더 넓은 공동체 네트워크와 연결했다.

그는 노새 행렬과 지역 상업을 활용해 널리 이동하며 조공 부담, 강제 노동, 학대하는 관리들의 실태를 직접 보았다. 이러한 교역로는 훗날 봉기에서 소식 전달, 병력 모집, 보급을 위한 통로로 활용되었다.

그는 퉁가수카, 수리마나, 팜파마르카에 대한 쿠라카 권위를 공고히 하며 원주민 공동체와 식민 행정 당국 사이를 중재했다. 이 지위는 그에게 정당성, 자원, 그리고 식민지의 학대를 문제 삼을 수 있는 발판을 제공했다.

그는 관리들에게 민원을 올리고 법적 탄원서를 제출하며 강매 판매 제도와 가혹한 강제 노동 의무가 안데스 가정들을 파괴한다고 고발했다. 그러나 느리고 무시하는 답변은 이 체제가 스스로 개혁되지 않을 것이라는 확신을 굳히게 했다.

새로운 정책은 페루 부왕령에서 과세를 강화하고 무역을 조이며 식민지 집행력을 높였다. 그는 더 무거워진 부담과 강압 아래에서 원주민 농민, 혼혈 주민, 그리고 일부 크리올 사이에 분노가 확산되는 것을 지켜보았다.

그는 자신을 잉카의 정통성을 잇는 후계자로 점점 더 내세우며, 스페인에 의해 처형된 마지막 잉카인 투팍 아마루를 호명했다. 그 이름은 지역의 불만을 더 큰 반식민 정체성과 연결하는 통합의 기치가 되었다.

천칠백팔십 년 십일월, 그는 식민 통치 아래의 갈취와 폭정을 이유로 지방 행정관 안토니오 데 아리아가를 붙잡았다. 이 극적인 체포는 공개 봉기의 신호탄이 되었고 주변 안데스 공동체들의 빠른 지지를 끌어냈다.

공개적인 대치 이후 아리아가는 처형되었고, 투팍 아마루 이세는 강제 노동, 과도한 조공, 부패한 관리들을 규탄하는 포고문을 발표했다. 그는 원주민과 비원주민 지지자들을 공통의 대의 아래 결집시키려 했다.

반란군은 상가라라에서 스페인이 주도한 군대를 격파하며 남부 안데스 전역에서 동력과 모집 규모를 키웠다. 이 승리는 쿠스코와 리마의 당국을 놀라게 했고, 더 가혹한 진압 계획과 동원으로 이어졌다.

반란군 부대는 쿠스코를 향해 이동하며 스페인의 지배를 흔들고 대규모 이탈을 촉발하려 했다. 미카엘라 바스티다스는 보급과 경고 전달을 조율했지만, 내부의 분열과 증원군의 도착으로 도시를 점령하는 데 한계가 있었다.

정보 제공자들이 반란군의 이동과 안전한 길을 폭로하자, 왕당군과 동맹 민병대가 압박해 들어왔다. 그는 핵심 가족 구성원과 지도자들과 함께 붙잡히며 쿠스코 지역에서의 봉기 중심 지휘가 붕괴했다.

식민 재판 뒤 그는 쿠스코에서 미카엘라 바스티다스를 포함한 가까운 친족들과 함께 잔혹한 공개 처형을 당했다. 당국은 공포를 의도했지만, 그의 순교는 안데스의 저항과 해방을 상징하는 지속적인 표지가 되었다.