Nasceu como príncipe Takaharu, segundo filho do imperador Go-Uda. A família imperial estava dividida em facções rivais, com o trono alternando entre elas sob a supervisão do xogunato de Kamakura. Seu nascimento nesta complexa situação política moldaria sua missão de toda a vida de restaurar a autoridade imperial.

Recebeu educação abrangente em clássicos chineses, poesia, caligrafia e textos budistas. Sentiu-se particularmente atraído pela visão idealista dos reis sábios que governavam diretamente sem intermediários. Esta educação clássica nutriu sua crença de que os imperadores deveriam governar, não apenas reinar.

Ascendeu ao trono como o 96º imperador do Japão. Ao contrário de seus predecessores que aceitaram o status de fantoche, imediatamente começou a planejar a restauração do poder imperial real. Cultivou apoio entre nobres da corte, clãs guerreiros e templos budistas descontentes com o governo do xogunato.

Sua primeira conspiração contra o xogunato de Kamakura foi descoberta. O complô foi revelado por um traidor, e vários de seus apoiadores foram punidos. No entanto, o xogunato escolheu não depô-lo, permitindo-lhe continuar planejando secretamente a restauração do governo imperial enquanto aparentava submissão.

Sua segunda conspiração também foi descoberta, forçando-o a fugir de Quioto com as insígnias imperiais. Estabeleceu uma corte temporária no monte Kasagi e convocou os leais a se levantarem contra o xogunato. Embora a fortaleza da montanha tenha finalmente caído, sua fuga acendeu um levante nacional contra o governo de Kamakura.

Capturado e exilado para a remota ilha de Oki no mar do Japão. O xogunato colocou outro imperador no trono, mas Go-Daigo se recusou a abdicar, afirmando que permanecia o soberano legítimo. Sua postura inabalável inspirou leais como Kusunoki Masashige a continuar a resistência.

Realizou uma audaciosa fuga da ilha de Oki com ajuda de simpatizantes locais. Desembarcou no continente e reuniu forças no monte Senjo. Sua fuga eletrificou a nação e convenceu muitos guerreiros indecisos de que o céu favorecia a causa imperial contra o xogunato corrupto.

O xogunato de Kamakura colapsou quando Ashikaga Takauji mudou de lado e destruiu as forças do xogunato em Quioto, enquanto Nitta Yoshisada atacou Kamakura diretamente. Após 150 anos de governo guerreiro, o xogunato caiu, e Go-Daigo retornou triunfalmente a Quioto para proclamar o governo imperial direto.

Proclamou a Restauração Kenmu, abolindo o xogunato e restaurando o governo imperial direto pela primeira vez em séculos. Reformou o governo, estabeleceu novos órgãos administrativos e tentou recompensar tanto apoiadores nobres quanto guerreiros. Era seu sonho de toda a vida finalmente realizado.

Os remanescentes do clã Hojo se rebelaram em Nakasendai. Ashikaga Takauji suprimiu a rebelião mas depois se recusou a retornar a Quioto, estabelecendo-se em Kamakura em vez disso. Este ato de desafio revelou que a classe guerreira não aceitaria subordinação à corte imperial e prenunciou a guerra civil.

Ashikaga Takauji rebelou-se abertamente contra o imperador. Após derrotas iniciais, Takauji se reagrupou em Kyushu e retornou com força esmagadora. Apesar da heroica defesa de Kusunoki Masashige em Minatogawa, as forças imperiais foram esmagadas. Go-Daigo foi capturado e forçado a entregar as insígnias imperiais.

Escapou do cativeiro em Quioto e fugiu para a região montanhosa de Yoshino, afirmando que as insígnias que entregou eram falsificações. Estabeleceu a Corte do Sul em Yoshino, iniciando o período de imperadores rivais que duraria quase sessenta anos. Sua persistência assegurou que a legitimidade da linhagem imperial nunca se extinguisse.

De seu bastião nas montanhas, organizou a resistência contra o xogunato Ashikaga. Forças leais lutaram por todo o Japão, de Kyushu às províncias do norte. Embora em desvantagem militar, a Corte do Sul representava a esperança de que o governo imperial legítimo um dia seria restaurado.

Compôs seu testamento final expressando sua vontade inabalável de restaurar o governo imperial, declarando sua determinação de suprimir os traidores mesmo após a morte. Instruiu seus sucessores a nunca abandonar a luta contra a Corte do Norte e o xogunato Ashikaga.

Morreu na Corte do Sul em Yoshino, olhando para o norte em direção a Quioto com profundo pesar. Suas últimas palavras expressaram seu desejo inabalável de recuperar a capital. Embora sua Restauração Kenmu tenha fracassado, sua luta inspirou leais japoneses por séculos e estabeleceu a legitimidade da linhagem imperial da Corte do Sul.