Nasceu de Ann Hill Carter Lee e do oficial da Guerra da Independência Henry "Light-Horse Harry" Lee. Seus primeiros anos foram marcados pelo prestígio familiar e por dificuldades financeiras nos jovens Estados Unidos.

Foi aceito em West Point, onde seguiu um currículo rigoroso com ênfase em engenharia e disciplina. Construiu a reputação de conduta meticulosa e forte desempenho acadêmico entre os colegas.

Graduou-se com altas honras e, notavelmente, não recebeu nenhuma punição disciplinar, um feito raro na academia. Foi comissionado como segundo-tenente por brevet no Corpo de Engenheiros do Exército dos Estados Unidos.

Casou-se com Mary Custis, bisneta de Martha Washington, conectando-o ao legado da família Washington. O casamento teve como centro a Arlington House e, mais tarde, resultou em sete filhos.

Trabalhou em melhorias de portos e rios, incluindo projetos para proteger o comércio costeiro e a navegação. Esses postos aprimoraram suas habilidades práticas de engenharia e a atenção ao terreno e às fortificações.

Juntou-se à campanha do general Winfield Scott e realizou reconhecimentos ousados que orientaram manobras importantes. Seu desempenho em Veracruz e em batalhas posteriores rendeu elogios e acelerou sua reputação.

Ajudou a identificar rotas por terreno difícil que permitiram ataques de flanco americanos perto da Cidade do México. Foi elogiado por Scott pela execução calma sob fogo e pelo trabalho habilidoso de estado-maior durante combates intensos.

Apoiou os assaltos em direção a Chapultepec e às aproximações da capital, coordenando engenheiros e tropas. Suas promoções por brevet em tempo de guerra refletiram tanto julgamento tático quanto coragem pessoal em ação.

Retornou a West Point como superintendente, supervisionando a disciplina dos cadetes, a instrução e reformas institucionais. Enfatizou padrões profissionais e competência em engenharia em uma era de crescente tensão seccional.

Foi transferido de engenheiros para a cavalaria para serviço na fronteira sob os planos de expansão do secretário de Guerra Jefferson Davis. Destacado no Texas, enfrentou ataques e logística severa em grandes distâncias.

Comandou fuzileiros navais e soldados enviados pelo presidente James Buchanan para reprimir John Brown no arsenal. A operação rápida em Harpers Ferry aumentou as tensões nacionais sobre escravidão e secessão.

Recusou uma oferta para comandar forças da União e apresentou sua renúncia à medida que os conflitos de lealdade se intensificavam. Logo aceitou responsabilidades de comando pela Virgínia, refletindo a crise que dilacerava a nação.

Assumiu o comando após Joseph E. Johnston ser ferido durante a Campanha da Península contra George B. McClellan. Reorganizou as defesas e iniciou operações agressivas que remodelaram o Teatro Oriental.

Derrotou forças da União sob John Pope em Second Manassas e, depois, repeliu Ambrose Burnside em Fredericksburg. Esses sucessos elevaram seu prestígio na Confederação e aprofundaram a frustração no Norte.

Invadiu o Norte e enfrentou o Exército do Potomac sob George G. Meade em Gettysburg. A batalha de três dias terminou com uma retirada confederada custosa, marcando um ponto de inflexão estratégico.

Enfrentou as ofensivas implacáveis de Grant do Wilderness até Spotsylvania e Cold Harbor. O exército de Lee sofreu perdas pesadas enquanto defendia Richmond e Petersburg contra os recursos superiores da União.

Após a queda de Petersburg, seu exército recuou para oeste, mas foi cercado pelas forças de Grant perto de Appomattox. Rendeu-se em termos generosos que ajudaram a estabelecer um precedente para o fim da principal resistência confederada.

Aceitou a liderança do Washington College e promoveu um currículo que incluía línguas modernas, direito e comércio. Sua presidência buscou estabilizar uma região devastada e orientar estudantes nas mudanças da era da Reconstrução.

Sofreu um derrame em 1870 e nunca se recuperou plenamente, enquanto família e colegas se reuniam em sua casa. Morreu em Lexington, onde havia se tornado um proeminente líder educacional e figura pública no pós-guerra.