作为后宇多天皇次子尊治亲王降生。当时皇室分裂为对立的两个系统，皇位在镰仓幕府的监督下轮流继承。在这复杂政治局面中出生的他，一生都致力于恢复天皇权威。

接受了汉学、诗歌、书法和佛经的全面教育。他特别被那些无需中介而直接治理国家的圣王理想所吸引。这种古典教育培养了他关于天皇应当亲政而非仅仅虚位的信念。

即位成为第九十六代天皇。与接受傀儡地位的前任不同，他立即着手策划恢复天皇的实际权力。他在对幕府统治不满的公卿、武家和寺社势力中培植支持者。

他第一次推翻镰仓幕府的阴谋被发觉。计划被叛徒泄露，数名支持者遭到惩处。然而幕府并未废黜他，使他得以在表面顺从的同时暗中继续筹划天皇亲政的恢复。

他的第二次阴谋也被发觉，被迫携带三种神器逃离京都。他在笠置山建立临时朝廷，号召忠臣们起兵讨伐幕府。虽然山城最终陷落，但他的出逃点燃了全国性的倒幕运动。

被捕后流放到日本海中的偏远岛屿隐岐岛。幕府另立新帝，但后醍醐拒绝退位，坚称自己才是正统天皇。他坚定不移的立场激励了楠木正成等忠臣继续抵抗。

在当地支持者的帮助下，大胆逃出隐岐岛。他登陆本土，在船上山召集军队。这次逃脱震动全国，使许多犹豫不决的武士确信上天站在皇室一边，反对腐败的幕府。

足利尊氏倒戈在京都消灭幕府军队，新田义贞直接进攻镰仓，镰仓幕府随之崩溃。持续一百五十年的武家政权终于覆灭，后醍醐凯旋回到京都，宣布天皇亲政。

宣布建武新政，废除幕府，数百年来首次恢复天皇亲政。他改革政府，设立新的行政机构，试图同时封赏公家和武家的支持者。这是他毕生梦想终于实现的时刻。

北条氏残党在中先代发动叛乱。足利尊氏平定了叛乱，却拒绝返回京都，转而在镰仓建立自己的势力。这一反叛行为表明武家阶层不会接受朝廷的从属地位，预示着内战即将到来。

足利尊氏公然起兵反叛天皇。初战失败后，尊氏在九州重整旗鼓，率领压倒性的大军卷土重来。尽管楠木正成在�的川进行了英勇的防守，官军仍被击溃。后醍醐被俘，被迫交出三种神器。

从京都的囚禁中逃脱，遁入深山中的吉野。他声称交出的神器是伪造的，在吉野建立南朝。由此开启了长达近六十年的南北朝对立时期。他的坚持确保了皇室正统永不断绝。

从山中据点组织对足利幕府的抵抗。忠臣们从九州到东北，在日本各地奋战。尽管军事上处于劣势，南朝始终象征着正统天皇统治终将恢复的希望。

留下表达恢复天皇亲政坚定意志的最后遗言，誓言即使死后也要讨伐逆贼。他命令继承者永远不要放弃对北朝和足利幕府的斗争。

在吉野的南朝驾崩。据说他带着深深的遗憾，北望京都而逝。他留下了收复京都的坚定遗愿。虽然建武新政失败了，但他的斗争激励了此后数百年的日本忠臣，并确立了南朝皇统的正统性。