他出生于远江国的井伊家，当地政治逐步崩解并陷入连年战乱。幼年时期正逢今川势力衰退，德川、武田与织田诸势力的角逐日益激烈。

其父井伊直亲在远江国围绕今川权威的阴谋与改易中被杀。失去父亲后，幼主暴露在清洗与仇敌的威胁下，亲族不得不将他藏匿转移以避祸。

德川家康与今川决裂后，井伊家遭到报复并经历内部动荡。直政的监护人不断将他转移至安全处，依靠地方盟友与寺院网络躲避追捕。

直政以近侍身份加入德川家康的随从，凭勇气与严苛自律迅速崭露头角。家康重视井伊家在远江的旧名望，将他培育为忠诚而强硬的指挥官。

他获得军备与初始俸禄，随即在边境交锋中接受考验，对抗压迫德川领地的对手势力。他在突袭与防御行动中的表现赢得重臣与前线武将的信任。

织田信长在本能寺身亡后，德川家康的处境骤然危险，盟敌关系迅速重组。直政支持紧急动员与沿途警备，协助家康在危局中周旋脱险，避免遭到合围。

丰臣秀吉与德川、织田联盟对峙期间，直政在小牧与长久手作战中积极进攻。他部队的突击与追击行动帮助德川保住谈判筹码与战略主动。

直政推动部属采用醒目的赤色漆甲，塑造整齐划一的战场形象，将威慑与纪律结合为一体。“赤鬼”的名声迅速传播，对手常以红色阵列来辨识其到来。

在丰臣秀吉围攻小田原时，直政随德川军团参战，促成后北条政权的最终瓦解。此役重塑东国权力结构，并为德川在关东的扩张铺平道路。

北条败亡后，德川家康被移封至关东，直政作为心腹重臣获得大片领地。他开始整合家臣团、巩固统治，并把控江户新核心周边的重要交通要道。

丰臣秀吉去世使天下再度动荡，德川家康与诸大老围绕丰臣继承人展开角力。直政加强备战与协同，联络德川诸将，同时密切关注石田派系的扩张。

冲突升级之际，直政以夺取石田阵营要地佐和山城为突破口，削弱西军的联络与指挥。此举展示德川方的攻势与气势，并巩固了日后彦根要地的战略基础。

关原之战中，直政统率德川前锋主力，持续施压并推动西军阵形瓦解。他在战斗中负伤，伤势沉重，却也因此坐实了德川军中“赤鬼”的威名。

德川获胜后，直政被赐予琵琶湖畔的彦根要地，负责扼守通往京都与中山道走廊的要冲。他着手整顿政务与军制，并规划城下町，以稳固长期统治。

直政因久病逝世，常被认为与一六零零年的伤势与劳顿有关，英年早逝结束了耀眼的军功生涯。其继承人与家臣延续其政策，使井伊家长期成为德川政权的重要支柱。

直政去世后，井伊家臣团保留赤色甲胄传统与严苛的尚武文化，将其固化为家族身份象征。彦根井伊后来作为谱代大名在江户初期政局中影响深远，并负责守卫中央要道。