Er wurde in der Provinz Tōtōmi in die Familie Ii hineingeboren, während die regionale Ordnung in dauernde Kriegsführung zerfiel. Seine frühen Jahre standen unter dem Eindruck des Niedergangs der Imagawa und der wachsenden Rivalität zwischen den Kräften der Tokugawa, Takeda und Oda.

Sein Vater Ii Naochika wurde inmitten von Intrigen und wechselnden Loyalitäten getötet, die mit der Autorität der Imagawa in Tōtōmi verknüpft waren. Der Verlust ließ den kindlichen Erben schutzlos zurück, sodass Verwandte ihn vor Feinden und politischen Säuberungen verstecken mussten.

Als Tokugawa Ieyasu sich von den Imagawa löste, geriet das Haus Ii unter Vergeltungsdruck und in innere Erschütterungen. Naomasas Vormünder brachten ihn von Zuflucht zu Zuflucht und nutzten lokale Verbündete sowie Tempelnetzwerke, um einer Gefangennahme zu entgehen.

Naomasa trat als junger Page in Tokugawa Ieyasus Gefolge ein und begann einen schnellen Aufstieg, getragen von Mut und strenger Disziplin. Ieyasu schätzte das Ansehen der Ii in Tōtōmi und formte Naomasa zu einem loyalen, unerbittlichen Befehlshaber.

Er bekam Ausrüstung und einen ersten Sold, dann wurde er in Grenzgefechten gegen Rivalen erprobt, die Tokugawa-Gebiete bedrängten. Seine Leistungen bei Überfällen und in der Verteidigung stärkten das Vertrauen erfahrener Gefolgsleute und Feldhauptleute.

Nach dem Tod Oda Nobunagas in Honnō-ji wurde Tokugawa Ieyasus Lage gefährlich, da Verbündete und Feinde ihre Positionen neu berechneten. Naomasa unterstützte die eilige Mobilisierung und die Sicherung von Routen, während Ieyasu die Krise meisterte und einer Einkreisung entging.

Während des Konflikts zwischen Toyotomi Hideyoshi und der Tokugawa-Oda-Koalition kämpfte Naomasa offensiv in den Operationen von Komaki und Nagakute. Die Stoßtaktiken und Verfolgungsaktionen seiner Einheit halfen, Tokugawas Verhandlungsposition zu bewahren.

Naomasa machte eine auffällige, rot lackierte Rüstung für seine Männer populär und schuf damit ein geschlossenes Erscheinungsbild, das Einschüchterung und Disziplin ausstrahlte. Der Ruf der „Roten Teufel“ verbreitete sich rasch, und Gegner erkannten sein Kommen an den roten Reihen.

Bei Toyotomi Hideyoshis Belagerung von Odawara diente Naomasa im Tokugawa-Kontingent und trug zur endgültigen Zerschlagung der Späteren Hōjō bei. Der Feldzug ordnete die Machtverhältnisse im Osten Japans neu und ebnete Tokugawas Ausdehnung in der Kantō-Region den Weg.

Nach der Niederlage der Hōjō wurde Tokugawa Ieyasu in die Kantō-Region versetzt, und Naomasa erhielt als bewährter Vasall umfangreiche Ländereien. Er begann, seine Autorität zu festigen, Gefolgsleute zu organisieren und strategische Routen nahe dem entstehenden Kern Edos zu sichern.

Toyotomi Hideyoshis Tod destabilisierte das Reich, während Tokugawa Ieyasu und andere Regenten um den Toyotomi-Erben taktieren. Naomasa erhöhte die Einsatzbereitschaft, koordinierte sich mit anderen Tokugawa-Kommandeuren und beobachtete das Erstarken der Fraktion um Ishida Mitsunari.

Als der Konflikt eskalierte, griff Naomasa Ishida Mitsunaris Basis an, indem er die Burg Sawayama einnahm und so die Kommunikation der Westarmee unterminierte. Die Eroberung zeigte Tokugawas Momentum und sicherte eine Schlüsselposition nahe dem späteren Kernland von Hikone.

In Sekigahara kommandierte Naomasa eine prominente Tokugawa-Vorhut und drängte mit Angriffen vor, die den Zusammenhalt der Westarmee aufbrachen. Er wurde schwer verwundet, eine Verletzung, die seinen Ruhm als „Roter Teufel“ des Tokugawa-Heeres jedoch weiter festigte.

Nach dem Tokugawa-Sieg wurde Naomasa das wertvolle Gebiet Hikone am Biwa-See übertragen, mit dem Auftrag, die Zugänge nach Kyōto und den Korridor der Nakasendō zu sichern. Er leitete eine Verwaltungsneuordnung ein und begann mit der Planung einer Burg- und Stadtanlage als Fundament dauerhafter Kontrolle.

Naomasa starb nach einer langwierigen Krankheit, die häufig den Verwundungen und Entbehrungen von 1600 zugeschrieben wird, und beendete damit eine kometenhafte Laufbahn. Sein Erbe und seine Gefolgsleute führten seine Politik fort, und das Haus Ii blieb eine tragende Säule der Tokugawa-Herrschaft.

Nach seinem Tod bewahrten die Ii-Gefolgsleute die Tradition der roten Rüstung und Naomasas strenge Kriegskultur als Clan-Identität. Die Ii von Hikone dienten später als einflussreiche erbliche Daimyo, prägten die frühe Edo-Politik und sicherten wichtige zentrale Verkehrswege.