Nació en Kioto como hijo mayor del shogun Ashikaga Yoshiakira. Su nacimiento ocurrió durante un período turbulento cuando Japón estaba dividido entre las Cortes del Norte y del Sur, cada una reclamando legitimidad imperial.

Su padre Yoshiakira murió, y aunque solo tenía nueve años, Yoshimitsu heredó la posición de shogun. El influyente Hosokawa Yoriyuki sirvió como su regente, gobernando el shogunato durante su minoría de edad.

Formalmente investido como el tercer shogun Muromachi. Aunque joven, comenzó a aprender las complejas artes del gobierno y la estrategia militar bajo la cuidadosa guía de su regente, preparándose para su futuro papel.

Construyó su magnífica residencia conocida como el 'Palacio de las Flores' en el distrito de Muromachi. Este opulento palacio se convirtió en el centro del poder político y dio nombre al shogunato, simbolizando su creciente autoridad.

Destituyó a su regente Hosokawa Yoriyuki del poder, afirmando su independencia y comenzando su gobierno personal. Esto marcó el inicio de su participación política directa y su ambiciosa consolidación del poder.

Sometió con éxito al poderoso clan Toki de la provincia de Mino, demostrando su capacidad militar y determinación para centralizar el poder. Esta victoria redujo significativamente el poder de los gobernadores militares regionales.

Aplastó la Rebelión de Meitoku liderada por el clan Yamana, que controlaba once provincias. Esta victoria decisiva eliminó a sus rivales más poderosos y estableció la supremacía del shogunato sobre todas las casas guerreras.

Logró la histórica unificación de las Cortes del Norte y del Sur, poniendo fin a sesenta años de división imperial. Mediante hábiles negociaciones, convenció a la Corte del Sur de entregar las insignias imperiales, trayendo la paz a Japón.

Renunció formalmente a la posición de shogun, pasando el título a su joven hijo Yoshimochi. Sin embargo, retuvo el poder real como 'Gobernante Retirado', continuando controlando el gobierno entre bastidores.

Tomó votos budistas y adoptó el nombre religioso Dogi. Este retiro a la vida religiosa fue en gran parte ceremonial, permitiéndole mayor libertad de acción mientras mantenía su influencia política y sus actividades culturales.

Comenzó la construcción de su villa de retiro en Kitayama, que se convertiría en el famoso Kinkaku-ji (Pabellón Dorado). El exterior cubierto de pan de oro simbolizaba su riqueza y refinado gusto estético.

Suprimió la Rebelión de Ōei liderada por el poderoso clan Ōuchi. Esta victoria consolidó aún más su autoridad y demostró que incluso retirado, seguía siendo el poder militar y político supremo en Japón.

Estableció relaciones diplomáticas oficiales con la China Ming, aceptando el título de 'Rey de Japón' del emperador chino. Esta controvertida decisión abrió el lucrativo comercio de talismanes que enriqueció enormemente al shogunato.

La primera misión comercial oficial de la China Ming llegó a Japón. El sistema de comercio de talismanes trajo inmensa riqueza mediante el intercambio de cobre, azufre y espadas japonesas por seda, porcelana y monedas chinas.

Murió en su villa de Kitayama a la edad de 49 años, posiblemente de enfermedad. Había rumores de que aspiraba a convertirse en emperador, pero su muerte repentina terminó con tales ambiciones. Su villa de Kitayama fue convertida en el templo Rokuon-ji.