Nació como hija mayor de Hojo Tokimasa, líder de un clan guerrero local en la provincia de Izu. El clan Hojo era una familia guerrera menor en ese momento, pero el nacimiento de Masako eventualmente llevaría a su ascenso como los verdaderos gobernantes de Japón.

Se casó con Minamoto no Yoritomo, un príncipe exiliado del clan Minamoto que estaba bajo la supervisión de su padre. Su unión fue inicialmente rechazada por su padre, pero la determinación de Masako prevaleció, y el matrimonio remodelaría la historia japonesa.

Yoritomo levantó un ejército contra el clan Taira, comenzando la Guerra Genpei. Masako apoyó a su marido durante todo el conflicto, administrando los asuntos en su base de Kamakura mientras él conducía campañas militares por todo Japón.

Dio a luz a su primer hijo, Minamoto no Yoriie, quien más tarde se convertiría en el segundo shogun. Como madre del heredero del shogunato, la importancia política de Masako creció significativamente dentro del naciente gobierno de Kamakura.

El clan Minamoto logró la victoria final sobre los Taira en la Batalla de Dan-no-ura. Masako había sido fundamental para mantener la estabilidad en Kamakura durante los años de guerra, estableciéndose como una administradora capaz.

Yoritomo fue nombrado Sei-i Taishogun por el Emperador, estableciendo formalmente el Shogunato de Kamakura. Como esposa del shogun, Masako se convirtió en la mujer más poderosa de Japón, participando activamente en las decisiones gubernamentales.

Su esposo Yoritomo murió repentinamente tras caer de su caballo. Masako tomó votos budistas y se convirtió en monja, pero en lugar de retirarse de la política, comenzó su participación directa en el gobierno como la Monja-Shogun.

Ayudó a establecer el Consejo de los Trece para asistir a su joven hijo Yoriie en el gobierno. Este consejo incluía a su padre Tokimasa y otros vasallos poderosos, marcando el comienzo del ascenso del clan Hojo al poder dentro del shogunato.

Tomó la difícil decisión de apoyar la destitución de su propio hijo Yoriie de la posición de shogun debido a su gobierno incompetente y errático. Esto demostró su compromiso con la estabilidad del shogunato por encima de los lazos familiares personales.

Conspiró con su hermano Yoshitoki para exiliar a su propio padre Tokimasa después de que intentara instalar a su hijastro como shogun. Esta acción decisiva consolidó el control de los Hojo y demostró el compromiso inquebrantable de Masako con el shogunato legítimo.

Apoyó a su hermano Yoshitoki en la supresión de la rebelión del clan Wada. Esta victoria fortaleció aún más el dominio de los Hojo y eliminó a uno de los últimos rivales poderosos a su control del shogunato.

Su segundo hijo y tercer shogun Sanetomo fue asesinado por su sobrino en el santuario Tsurugaoka Hachimangu. Esta tragedia puso fin a la línea Minamoto, pero Masako aseguró la supervivencia del shogunato al disponer que un príncipe Fujiwara fuera el nuevo shogun títere.

Pronunció su legendario discurso para reunir a los samuráis antes de la Guerra de Jokyu, recordándoles sus deudas con el difunto Yoritomo. Sus palabras inspiraron a los guerreros a defender el shogunato contra las fuerzas imperiales, resultando en una victoria completa para Kamakura.

Las fuerzas del shogunato, inspiradas por el discurso de Masako, aplastaron la rebelión imperial liderada por el emperador retirado Go-Toba. Esta victoria estableció la supremacía del gobierno guerrero sobre la corte imperial para los siglos venideros.

Murió en Kamakura después de décadas guiando al shogunato a través de su período más turbulento. Masako es recordada como una de las mujeres más poderosas de la historia japonesa, cuya astucia política aseguró la supervivencia y prosperidad del Shogunato de Kamakura.