Nació en Champtercier, cerca de Digne, en la Provenza, en el seno de una familia rural modesta. Su talento temprano para el estudio atrajo el apoyo del clero local, encauzándolo hacia la educación eclesiástica y la erudición.

En la adolescencia emprendió estudios intensivos de lógica, filosofía y teología bajo el patrocinio de la Iglesia. El currículo escolástico lo formó en Aristóteles, a la vez que afiló su posterior postura crítica frente a los sistemas rígidos.

Obtuvo un temprano puesto docente en la Universidad de Aix, donde impartió retórica y artes liberales. El nombramiento lo integró en redes eruditas de la Provenza y lo expuso a disputas sobre la ortodoxia aristotélica.

Recibió la ordenación y asumió deberes clericales mientras continuaba su labor intelectual. El sacerdocio afianzó su papel público, pero cultivó un estilo de investigación que valoraba la observación y la modestia intelectual.

Tras obtener el doctorado en teología, enseñó filosofía en Aix con creciente insatisfacción ante el dogmatismo escolástico. Sus lecciones subrayaron cada vez más los límites de la certeza y la necesidad de una base empírica.

Publicó «Ejercitaciones paradójicas contra los aristotélicos», una crítica audaz de la filosofía aristotélica arraigada. La obra sostenía que el conocimiento de la naturaleza debía apoyarse en la experiencia y el razonamiento cuidadoso, más que en la autoridad heredada.

Nombrado preboste de la catedral de Digne, obtuvo estabilidad y tiempo para investigar. Desde la Provenza realizó observaciones y mantuvo correspondencia que lo conectaron con el renacer científico asociado a Galileo y Kepler.

Con las predicciones de Kepler a partir de las Tablas Rudolfinas, observó el tránsito de Mercurio el 7 de noviembre de 1631. La observación, realizada mediante métodos de proyección, reforzó la confianza en la astronomía matemática y en la instrumentación cuidadosa.

Mientras Galileo afrontaba la condena en Roma, Gassendi defendió una investigación cautelosa y afirmaciones comedidas. Buscó una vía intermedia que respetara la autoridad eclesiástica sin negar la legitimidad de una filosofía natural basada en la observación.

Escribió objeciones influyentes a las «Meditaciones» de René Descartes, cuestionando la idea de ideas innatas y la certeza absoluta. Las respuestas publicadas por Descartes convirtieron su desacuerdo en un episodio clave de los debates modernos sobre el conocimiento.

Fue nombrado titular de la cátedra de matemáticas en el Collège Royal (más tarde Collège de France), una institución parisina de primer orden. El puesto lo situó en el centro de la vida intelectual francesa y respaldó su enseñanza astronómica.

Impulsó una rehabilitación de Epicuro compatible con el cristianismo, presentando el atomismo como una filosofía natural plausible sin avalar la impiedad. Su erudición combinó filología y argumentación, influyendo en la lectura de la Antigüedad en la República de las Letras.

En París se movió dentro de la red de Marin Mersenne, donde experimentos y cartas circulaban con rapidez. Intercambió ideas con pensadores como Thomas Hobbes, promoviendo un enfoque práctico y comprobable de la filosofía natural frente a la certeza metafísica.

Su «Syntagma philosophicum» sintetizó lógica, física y ética en una alternativa sistemática al escolasticismo y al cartesianismo estricto. Defendió un método probabilista guiado por la experiencia, contribuyendo a popularizar hábitos empiristas en la Europa erudita.

Compuso biografías científicas influyentes que presentaban la astronomía como una empresa humana moldeada por instituciones y disputas. Su vida de Nicolás Copérnico ayudó a encuadrar la revolución copernicana para lectores y estudiantes del siglo XVII.

Tras una enfermedad prolongada y una intensa labor erudita, murió en París. Amigos y alumnos preservaron sus escritos, y su combinación de atomismo, fe y cautela empírica siguió influyendo en la ciencia y la filosofía de la Ilustración.