Né sous le nom de Masuda Shiro Tokisada dans une famille de chrétiens cachés dévots. Son père, Masuda Yoshitsugu, était un ancien samouraï qui avait servi le daimyo chrétien Konishi Yukinaga. Malgré l'interdiction du christianisme par les Tokugawa, sa famille maintint secrètement sa foi catholique, élevant le jeune Shiro dans les traditions cachées des Kakure Kirishitan.

Dès son plus jeune âge, Shiro fit preuve d'une intelligence remarquable et d'un charisme inhabituel qui attirait les adultes vers lui. Les chrétiens locaux commencèrent à remarquer ce qu'ils croyaient être des qualités miraculeuses – son éloquence sur la foi, sa capacité à réciter les Écritures, et une présence spirituelle qui semblait dépasser son âge. Des rumeurs commencèrent à se répandre parmi les communautés chrétiennes cachées concernant la prophétie d'un enfant divin.

Il reçut une instruction religieuse clandestine de la part d'enseignants chrétiens cachés et possiblement de missionnaires survivants qui s'étaient cachés après le début des persécutions. Il apprit les prières latines, la doctrine catholique et les histoires des martyrs chrétiens qui étaient morts pour leur foi au Japon. Cette éducation devait s'avérer cruciale pour son rôle de chef spirituel.

Une prophétie attribuée au missionnaire chrétien exécuté Francisco avait prédit qu'un jeune homme divin apparaîtrait pour guider les chrétiens. Alors que la réputation de sagesse et de piété de Shiro grandissait, les croyants commencèrent à l'identifier comme cette figure prophétisée. Son nom 'Shiro' (signifiant 'quatrième fils') semblait confirmer ce destin divin, et il devint connu sous le nom d''Enfant du Ciel' (Tendo).

Le shogunat intensifia sa persécution des chrétiens, mettant en œuvre des méthodes de torture incluant le tristement célèbre 'tsurushi' (suspension la tête en bas au-dessus de fosses). Shiro fut témoin de la souffrance de sa communauté alors que des amis et des proches étaient exécutés ou forcés d'apostasier. Ces expériences approfondirent sa résolution et renforcèrent son lien avec la paysannerie chrétienne opprimée.

Tout en poursuivant ses études religieuses, Shiro reçut également une formation aux arts martiaux et à la stratégie militaire de la part de ronin (samouraïs sans maître) qui avaient servi des daimyos chrétiens avant l'interdiction de la foi. Ces anciens guerriers voyaient en lui un leader potentiel capable d'unir les fidèles persécutés. Il apprit l'escrime, la tactique et l'art d'inspirer les hommes.

Alors que la persécution et les lourds impôts dévastaient les communautés paysannes chrétiennes, Shiro émergea comme leur principal chef spirituel. Ses sermons apportaient l'espoir aux désespérés, et sa présence aux rassemblements secrets inspirait les fidèles à maintenir leurs croyances. D'anciens samouraïs et des anciens de la communauté commencèrent à se tourner vers ce jeune prophète pour obtenir des conseils dans des temps de plus en plus désespérés.

Lorsque les paysans de Shimabara se soulevèrent contre les impôts écrasants et la persécution religieuse en octobre 1637, les chefs rebelles choisirent à l'unanimité le jeune Shiro de seize ans comme leur commandant suprême. Malgré sa jeunesse, sa réputation de prophète divinement choisi en faisait la figure de proue parfaite pour unir les insurgés chrétiens. Il reçut le titre de 'Généralissime' (Sodaisho).

En quelques semaines, Shiro avait uni environ 37 000 rebelles – hommes, femmes et enfants – sous son commandement. Cette force comprenait non seulement des paysans mais aussi des ronin, d'anciens ashigaru (fantassins) et des artisans. Ils arboraient des bannières chrétiennes ornées de croix, de l'image de la Vierge Marie et d'inscriptions portugaises. C'était le plus grand soulèvement auquel le shogunat Tokugawa ait jamais fait face.

Les rebelles s'emparèrent et fortifièrent le château abandonné de Hara, le transformant en leur place forte. Sous la direction de Shiro, ils convertirent la forteresse en ruines en une position défensive imprenable dominant la mer. Le château devint un symbole de la résistance chrétienne, avec des croix affichées sur ses murs et des messes quotidiennes tenues à l'intérieur. Shiro organisa la défense avec un sens militaire remarquable pour son âge.

Lorsque la première armée du shogunat de 30 000 soldats attaqua le château de Hara, les rebelles sous le commandement de Shiro les repoussèrent avec succès. Les forces gouvernementales subirent plus de 4 000 pertes, dont plusieurs commandants de haut rang. Cette victoire stupéfiante contre des forces samouraïs professionnelles sembla confirmer la protection divine de Shiro et inspira ses partisans à croire que Dieu était vraiment de leur côté.

Le shogunat renforça son armée à plus de 125 000 soldats et commença un siège brutal. Coupés des approvisionnements, les rebelles firent face à la famine. Pourtant, sous la direction spirituelle de Shiro, ils maintinrent leur foi et leur résistance. Il dirigea les prières, prononça des sermons et encouragea son peuple à endurer, leur promettant le salut éternel. Même les commandants du shogunat auraient admiré le courage du jeune prophète.

Dans une décision controversée, le shogunat demanda le soutien naval hollandais. Les Hollandais protestants, cherchant à éliminer la concurrence catholique, bombardèrent le château de Hara depuis la mer. Cette trahison par des coreligionnaires dévasta le moral des défenseurs. Shiro aurait prié pour les âmes de ses ennemis tout en endurant le bombardement, maintenant sa foi malgré cette trahison ultime par ceux qui partageaient les racines de sa religion.

Après trois mois de siège, la nourriture épuisée et les munitions à sec, les défenseurs affamés se préparèrent pour leur dernière bataille. Shiro mena ses fidèles restants dans une dernière prière, puis se prépara pour la fin. Le shogunat lança son assaut final avec une force écrasante. Les rebelles combattirent jusqu'au dernier, avec près de 37 000 hommes, femmes et enfants périssant dans le massacre.

Amakusa Shiro fut capturé et décapité par les forces du shogunat. Sa tête coupée fut exposée à Nagasaki comme avertissement aux autres chrétiens. Selon la légende, il resta calme et en prière jusqu'à la fin, pardonnant à ses bourreaux et priant pour le Japon. Sa mort à l'âge de seize ans mit fin à la rébellion de Shimabara et marqua la suppression finale du christianisme ouvert au Japon pour plus de deux siècles.