Né sous le nom de prince Takaharu, deuxième fils de l'empereur Go-Uda. La famille impériale était divisée en factions rivales, le trône alternant entre elles sous la supervision du shogunat de Kamakura. Sa naissance dans cette situation politique complexe allait façonner sa mission de toute une vie de restaurer l'autorité impériale.

Il reçut une éducation complète en classiques chinois, poésie, calligraphie et textes bouddhistes. Il fut particulièrement attiré par la vision idéaliste des rois sages qui gouvernaient directement sans intermédiaires. Cette éducation classique nourrit sa conviction que les empereurs devaient gouverner, pas seulement régner.

Il monta sur le trône comme 96e empereur du Japon. Contrairement à ses prédécesseurs qui acceptaient le statut de marionnette, il commença immédiatement à planifier la restauration du pouvoir impérial réel. Il cultiva le soutien parmi les nobles de cour, les clans guerriers et les temples bouddhistes mécontents du règne du shogunat.

Sa première conspiration contre le shogunat de Kamakura fut découverte. Le complot fut révélé par un traître, et plusieurs de ses partisans furent punis. Cependant, le shogunat choisit de ne pas le déposer, lui permettant de continuer à planifier secrètement la restauration du pouvoir impérial tout en paraissant soumis.

Sa deuxième conspiration fut également découverte, le forçant à fuir Kyoto avec les insignes impériaux. Il établit une cour provisoire au mont Kasagi et appela les loyalistes à se soulever contre le shogunat. Bien que la forteresse de montagne finît par tomber, sa fuite alluma un soulèvement national contre le règne de Kamakura.

Capturé et exilé sur la lointaine île d'Oki dans la mer du Japon. Le shogunat plaça un autre empereur sur le trône, mais Go-Daigo refusa d'abdiquer, affirmant qu'il restait le souverain légitime. Sa position inébranlable inspira des loyalistes comme Kusunoki Masashige à continuer la résistance.

Il réussit une évasion audacieuse de l'île d'Oki avec l'aide de partisans locaux. Il débarqua sur le continent et rassembla des forces au mont Senjo. Son évasion électrisa la nation et convainquit de nombreux guerriers hésitants que le ciel favorisait la cause impériale contre le shogunat corrompu.

Le shogunat de Kamakura s'effondra quand Ashikaga Takauji changea de camp et détruisit les forces du shogunat à Kyoto, tandis que Nitta Yoshisada attaqua directement Kamakura. Après 150 ans de règne guerrier, le shogunat tomba, et Go-Daigo revint triomphalement à Kyoto pour proclamer le pouvoir impérial direct.

Il proclama la Restauration Kenmu, abolissant le shogunat et restaurant le pouvoir impérial direct pour la première fois depuis des siècles. Il réforma le gouvernement, établit de nouveaux organes administratifs et tenta de récompenser à la fois les partisans nobles et guerriers. C'était son rêve de toute une vie enfin réalisé.

Les restes du clan Hojo se rebellèrent à Nakasendai. Ashikaga Takauji réprima la rébellion mais refusa ensuite de retourner à Kyoto, s'établissant à Kamakura à la place. Cet acte de défiance révéla que la classe guerrière n'accepterait pas la subordination à la cour impériale et annonça la guerre civile.

Ashikaga Takauji se rebella ouvertement contre l'empereur. Après des défaites initiales, Takauji se regroupa à Kyushu et revint avec une force écrasante. Malgré la défense héroïque de Kusunoki Masashige à Minatogawa, les forces impériales furent écrasées. Go-Daigo fut capturé et forcé de remettre les insignes impériaux.

Il s'échappa de captivité à Kyoto et s'enfuit vers la région montagneuse de Yoshino, affirmant que les insignes qu'il avait remis étaient des faux. Il établit la Cour du Sud à Yoshino, inaugurant la période des empereurs rivaux qui durerait près de soixante ans. Sa persévérance assura que la légitimité de la lignée impériale ne s'éteigne jamais.

De son bastion montagnard, il organisa la résistance contre le shogunat Ashikaga. Les forces loyalistes combattirent à travers le Japon, de Kyushu aux provinces du nord. Bien qu'en infériorité militaire, la Cour du Sud représentait l'espoir que le pouvoir impérial légitime serait un jour restauré.

Il composa son testament final exprimant sa volonté inébranlable de restaurer le pouvoir impérial, déclarant sa détermination à réprimer les traîtres même après sa mort. Il instruisit ses successeurs de ne jamais abandonner la lutte contre la Cour du Nord et le shogunat Ashikaga.

Il mourut à la Cour du Sud à Yoshino, le regard tourné vers le nord vers Kyoto avec un profond regret. Ses dernières paroles exprimaient son désir inébranlable de reprendre la capitale. Bien que sa Restauration Kenmu ait échoué, sa lutte inspira les loyalistes japonais pendant des siècles et établit la légitimité de la lignée impériale de la Cour du Sud.