エンペドクレスはシチリアで最も裕福なギリシャ植民地の一つアクラガスの貴族の家庭に生まれた。父メトンは著名な市民であり、幼少期から哲学と自然科学への関心を示した。

エンペドクレスは南イタリアとシチリアでピタゴラス派の教師に学んだ。魂の不滅、菜食主義、現実の数学的性質についての神秘的な信念に深く影響を受け、独自の哲学体系の基礎を築いた。

エンペドクレスはエレア学派の創始者パルメニデスの哲学を学び、厳密な論理的方法を習得した。存在と非存在についての深遠な議論は、彼の宇宙論的思考に決定的な影響を与えた。

エンペドクレスは独自の哲学体系を教え始め、ギリシャ世界中から学生を集めた。紫のローブを着て金の冠をかぶり、半神的な人物として振る舞い、カリスマ的な指導者として名声を博した。

エンペドクレスはすべての物質が土、水、空気、火の四つの永遠の元素から成るという革命的な理論を定式化した。この理論は科学革命まで約2000年間、西洋思想の支配的な物質理論となった。

エンペドクレスは愛（フィリア）と争い（ネイコス）という二つの宇宙的力が宇宙のすべての変化を支配すると提唱した。この二元論的宇宙観は後の哲学者たちに多大な影響を与えた。

エンペドクレスは僭主政の崩壊後、アクラガスに民主制を確立する上で重要な役割を果たした。王位の申し出を断り、市民の平等と自由を擁護する政治家として尊敬を集めた。

エンペドクレスは宇宙論と物理学を六歩格詩で説明する哲学詩「自然について」を作成した。約5000行に及ぶこの作品から約450の断片が現代まで残り、古代哲学の重要な資料となっている。

エンペドクレスは魂の輪廻転生の旅と神的地位への道についての宗教詩「浄め」を書いた。この作品は魂の浄化と救済についての深遠な洞察を含み、後のオルフェウス教に影響を与えた。

エンペドクレスは呼吸と血液循環の初期の理解を含む医学への重要な貢献をした。近くの沼地を排水してセリヌスの町を疫病から救ったと伝えられ、治療者としての名声を確立した。

エンペドクレスは物体からの放射物が感覚器官の孔に入るという影響力のある知覚理論を発展させた。この理論は視覚と聴覚のメカニズムを説明しようとした最初の科学的試みの一つであった。

エンペドクレスは政治的対立または不敬虔の告発によりアクラガスから追放された。故郷を離れてギリシャ本土に旅し、各地で教えを広め、新たな弟子たちを獲得した。

エンペドクレスはペロポネソス半島を旅し、オリンピアや他の聖地を訪れた。治療者、詩人、奇跡を行う者として名声を博し、多くの人々が彼の教えと癒しを求めて集まった。

エンペドクレスは晩年シチリアに戻った。様々な記録によると、アクラガスへの帰還は禁じられていたため、島の他の場所で忠実な信奉者たちと共に暮らし、哲学的思索を続けた。

エンペドクレスの死の状況は伝説に包まれている。一説では自らの神性を証明するためにエトナ山の火口に飛び込んだとされ、彼の青銅のサンダルだけが火山から吐き出されたと言われている。