アンリはアントワーヌ・ド・ブルボンとナバラ女王ジャンヌ・ダルブレの子として生まれた。祖父は彼の唇にニンニクとワインを塗り、強い子に育てるというベアルン地方の伝統に従った。

ジャンヌ・ダルブレはカルヴァン派に改宗し、アンリをプロテスタントとして育てた。この決断は彼の人生を決定づけ、フランスにおけるユグノー（プロテスタント）の指導者とした。

コンデ公ら指導者の死後、十代のアンリはユグノー党の名目的指導者となった。コリニー提督が彼の導師であり軍の司令官を務めた。

アンリはシャルル9世の妹マルグリット・ド・ヴァロワと結婚した。この結婚はカトリックとプロテスタントの和解を目的としており、ユグノーの指導者たちがパリに集まった。

結婚式から数日後、サン・バルテルミの虐殺で数千人のプロテスタントが殺された。アンリは強制的にカトリックに改宗することで命を救われ、フランス宮廷に軟禁された。

アンリはフランス宮廷から脱出し、強制された改宗を撤回してプロテスタントに戻った。ユグノーの指導者としてナバラ王国の統治を再開した。

アンジュー公の死によりアンリはフランス王位の推定相続人となった。カトリック同盟はプロテスタントの王を認めることを拒否し、三アンリの戦争が勃発した。

アンリ3世が暗殺されると、ナバラ王アンリはフランス王アンリ4世となった。しかしカトリック教徒のパリとフランス大部分はプロテスタントの君主を受け入れなかった。

アンリはイヴリーでカトリック同盟に決定的な勝利を収めた。「我が白い羽を追え！」と兵を鼓舞したと言われる。しかしパリは依然として門を開かなかった。

アンリはカトリックに改宗し、「パリはミサに値する」と言ったと伝えられる。この実利的な決断により戴冠が可能となり、徐々にカトリック派フランスを味方につけた。

アンリは改宗後ついに平和裏にパリに入城した。寛大な処置で市民を味方につけ、撤退するスペイン守備隊に「主人によろしく」と冗談を言ったと伝えられる。

アンリはナントの勅令を発布し、プロテスタントに信仰の自由と市民権を与えた。この画期的な勅令は宗教戦争を終結させ、フランスに宗教的寛容を確立した。

マルグリットとの婚姻を無効にした後、アンリはマリー・ド・メディシスと結婚した。この結婚から後のルイ13世が生まれ、ブルボン王朝の継承が確保された。

アンリは馬車が渋滞で立ち往生している時にカトリック狂信者フランソワ・ラヴァイヤックに暗殺された。フランス史上最も愛された君主の一人として「善王アンリ」と記憶されている。