리오데라플라타 부왕령의 변경 정착지였던 야페유에서 스페인 장교 후안 데 산 마르틴과 그레고리아 마토라스 사이에서 태어났다. 국경 지대의 환경은 가족이 제국의 군사 생활과 과라니 선교 문화에 가까이 닿아 있게 했다.

아버지가 부르봉 행정에서 보직을 구하면서 가족은 스페인으로 옮겨 갔고, 그는 더 공식적인 제국의 환경 속에 놓이게 되었다. 이 이동은 군사 교육과 스페인 왕실의 전문 장교단으로 들어갈 길을 열어 주었다.

무르시아 연대에서 군 복무를 시작하며 전열 훈련, 병참, 전장 규율을 전통적인 유럽식 군대에서 익혔다. 초기 훈련은 공병 기술, 사격, 엄격한 위계에 초점을 두었고, 이는 훗날 그의 지휘 방식에 큰 영향을 주었다.

스페인이 혁명 프랑스와 전쟁에 들어가자 그는 피레네 일대의 혹독한 작전에서 실전을 경험했다. 이 전쟁은 대규모 동원 전쟁의 새로운 양상을 보여 주었고, 유럽 전역에 퍼진 정치적 충격을 체감하게 했다.

혁명기의 영국과의 해군 संघर्ष과 연동된 작전에 참여하며, 육전뿐 아니라 해상 작전 경험도 쌓았다. 이 시기는 제국 전략에서 해군력과 교역 차단의 중요성을 부각시켰다.

나폴레옹의 침공 이후 그는 스페인군과 함께 잔혹한 반도 전쟁을 치렀고, 게릴라 전술과 연합 전쟁의 중요성이 निर्ण하게 드러나는 현장을 보았다. 왕권의 붕괴는 정통성과 독립 운동에 대한 그의 사유를 한층 날카롭게 만들었다.

그는 스페인 군을 떠나 런던에서 스페인령 아메리카 혁명가들과 연결되었고, 그곳의 독립 네트워크는 전략과 외교를 두고 논의했다. 이 인맥은 그가 제국의 장교에서 대륙적 비전을 지닌 해방 지휘관으로 전환하는 데 도움을 주었다.

오월 혁명으로 부왕령이 흔들리자 혁명 정부는 숙련된 장교를 필요로 했고, 그는 그 요청 속에 부에노스아이레스에 도착했다. 유럽식 훈련을 갖춘 그는 곧 애국 지도자들의 신뢰를 얻는 한편, 파벌 정치의 흐름도 조심스럽게 헤쳐 나갔다.

그는 기마 척탄병 연대를 조직해 엄격한 규율과 실력 중심의 승진으로 정예 기병을 훈련시켰다. 이 부대는 애국군의 전문적 핵심이 되었고, 훗날 아르헨티나 군사 전통의 상징으로 남았다.

산 로렌소에서 그는 신속한 기병 돌격으로 스페인 왕당파의 상륙을 교란하고 강을 통한 보급로를 지켜 냈다. 이 승리는 애국 진영의 사기를 크게 올렸고, 기습과 속도, 정예화된 병력을 중시하는 그의 성향을 드러냈다.

멘도사에 주둔한 그는 쿠요를 전략적 후방으로 조직하며 지역 자원, 공방, 정보망을 동원했다. 시민들과 베르나르도 오히긴스 같은 동맹의 지원을 바탕으로, 페루를 우회해 타격하는 안데스 횡단 원정을 준비했다.

투쿠만 의회가 독립을 선언한 뒤 그는 아르헨티나, 칠레, 페루를 잇는 조율된 계획을 강하게 밀어붙였다. 그는 훈련을 확대하고 무기를 비축하며 노새 행렬을 조직해 멘도사를 해방의 병참 기지로 만들었다.

그는 여러 산길을 이용해 대담한 안데스 횡단을 수행하며, 기만 전술과 정확한 시기 조절, 엄격한 병참으로 병사와 가축의 이동을 유지했다. 이 기동은 왕당파를 기습했고, 역사상 가장 가혹한 군사 행군 가운데 하나로 남았다.

차카부코에서 그의 군대는 왕당파 방어선을 무너뜨려 산티아고로 가는 길을 열었고, 애국 정부를 회복시켰다. 그는 개인 권력을 마다하고 오히긴스를 최고 지도자로 지지하며, 야심보다 통합을 우선했다.

후퇴와 왕당파의 재공세 속에서도 그는 병력을 재정비해 산티아고 인근 마이푸에서 निर्ण적인 승리를 거두었다. 이 승리는 칠레의 독립을 공고히 하고, 페루로 향하는 해상 원정에 필요한 안전한 기반을 마련했다.

칠레의 지원과 토마스 코크런 제독과 연관된 해군 지원을 바탕으로 그는 북상하여 페루의 왕당파 거점을 타격했다. 이 원정은 외교와 압박을 결합해, 고지대에서의 파괴적인 정면전을 피하려는 목적을 가졌다.

그는 리마에 입성해 페루의 독립을 선포한 뒤, 신생 국가를 안정시키기 위해 보호국 통치자라는 칭호를 맡았다. 그의 행정은 제도를 정비하고 점진적 개혁을 시도했으며, 경쟁하는 엘리트와 왕당파 저항 속에서 정통성을 확보하려 했다.

과야킬에서 그는 시몬 볼리바르와 만나 왕당파에 대한 최종 작전의 전략과 권한 문제를 논의했다. 곧 그는 보호국 통치자 지위를 사임하고 물러났으며, 독립 지도자들 사이의 내전을 막기 위해 스스로 뒤로 물러나는 길을 택했다.

아내 레메디오스 데 에스칼라다가 세상을 떠나고 파벌 갈등이 격화되자 그는 딸 메르세데스와 함께 유럽으로 떠났다. 망명은 슬픔의 결과이자, 새 공화국들에서 편 가르는 군벌 지도자가 되기를 거부한 의지의 표현이었다.

그는 말년을 대체로 공적 정치에서 떨어져 조용히 살며 멀리서 시대의 변화를 지켜보았다. 불로뉴 쉬르 메르에서 생을 마감했으며, 전장의 성취만큼이나 절제와 자제의 태도로 기억되는 대륙적 전략가로 남았다.