1765년 9월 30일, 누에바 에스파냐라는 스페인 부왕령에 속한 미초아칸의 바야돌리드에서 태어났다. 노동하는 가정과 식민지 신분 제도의 사회에서 자라며 일상의 불평등을 체감했고, 이는 훗날 그의 정치적 신념을 형성했다.

십대 시절 미초아칸과 더운 저지대를 잇는 길을 오가며 일하면서 지리와 상업을 익혔다. 이 경험은 도로와 마을, 보급선에 대한 실전 지식을 제공해 훗날 독립군의 유격전에 큰 도움이 되었다.

바야돌리드의 산 니콜라스 학교에 들어가 성직자 훈련과 폭넓은 학문을 수학했다. 누에바 에스파냐의 개혁 사조가 스며든 지적 분위기 속에서 규율과 대중 연설 능력을 다듬었다.

여러 해의 학업 끝에 성품을 받고 정식으로 가톨릭 성직자가 되었다. 본당 사목은 그를 토착민과 혼혈 공동체 가까이 놓이게 했고, 식민 통치 아래 사회정의에 대한 관심을 더욱 깊게 만들었다.

가난과 강제 노동 관행이 식민 경제의 현실로 드러나는 작은 마을들에서 본당을 맡았다. 지역 분쟁과 본당 재정을 관리하며 행정 능력과 지역 유력자들과의 협상 기술을 익혔다.

1810년 10월 미겔 이달고를 만나 남부 누에바 에스파냐에서 병력을 모으라는 임무를 수락했다. 이달고의 봉기 호소는 모렐로스를 본당 생활에서 벗어나 규율과 전략을 갖춘 독립 전쟁으로 이끌었다.

게레로와 미초아칸에서 민병대를 조직하며 훈련, 위계, 민간인에 대한 절제를 엄격히 요구했다. 초기 봉기와 달리 그의 병력은 영토를 유지하고 태평양 회랑의 보급로를 통제하는 데 목적을 두었다.

부대는 핵심 도시들을 점령하고 자원을 확보해 독립운동의 정치적 신뢰도를 높였다. 오아하카를 장악함으로써 무기와 재정을 얻고, 남부 누에바 에스파냐에서 왕당파 권위에 맞서는 상징적 승리를 거두었다.

왕당파 지휘관 펠릭스 마리아 카예하가 쿠아우틀라를 포위해 모렐로스의 주력군을 섬멸하려 했다. 굶주림과 포격이 이어진 수주 끝에 모렐로스는 포위를 뚫고 탈출해 숙련된 지도부를 보존했다.

누에바 에스파냐를 태평양 교역망과 왕당파 보급에 연결하는 전략 항구 아카풀코를 장악했다. 이 승리는 독립군의 영향력을 보여 주었고 작전 자금 마련에도 도움이 되었지만, 스페인이 반란 진압을 강화하는 가운데 이룬 성과였다.

모렐로스는 무력뿐 아니라 제도를 통해 독립운동을 정당화하려는 대표자들의 회합을 지원했다. 의회는 주권을 가진 멕시코 국가와 법률, 조세, 군사 권한의 틀을 마련하려 했다.

그는 독립, 민중 주권, 신분 구분의 종식을 주장하는 정치 강령을 낭독하거나 지지했다. 이 강령은 노예제와 공납의 폐지를 촉구하며 해방을 사회개혁과 결합했다.

의회는 스페인으로부터의 독립 선언을 발표해 반란을 인정받는 국가적 대의로 전환하려 했다. 모렐로스는 군사적 중심축으로 남아 있었고, 민간 지도자들은 정통성과 통치 체계를 구축하려 애썼다.

독립군 지도자들은 자유주의적 헌정 사상과 전시의 필요성에 영감을 받아 아파칭안 헌법을 공포했다. 왕당파의 압박으로 통제력이 흔들리는 가운데서도 모렐로스는 대표 정부와 법적 질서를 지지했다.

의회 의원들과 문서를 지키기 위한 퇴각 중 모렐로스는 왕당파에 포위되어 붙잡혔다. 그의 체포는 가장 유능한 전략가이자 통합적 상징을 잃게 만든 중대한 타격이었다.

그는 교회 재판과 왕당파 절차에 회부되어 반역자이자 이단자로 규정되었다. 교회가 그를 공식적으로 면직한 것은 식민 당국이 종교와 법의 권력을 함께 동원해 반대 세력을 짓누르려 했음을 보여 준다.

1815년 12월 22일, 그는 독립 대의를 철회하라는 요구를 거부한 뒤 처형되었다. 그의 죽음은 멕시코 국가 형성의 순교자로 그를 자리매김하게 했고, 후대 정부들은 그를 독립의 기초를 세운 영웅으로 기렸다.