왕실 서기관이던 니콜라 말브랑슈와 유력한 법률 가문 출신인 카트린 드 로종의 아들로 파리에서 태어났다. 허약한 건강과 섬세한 체질은 그를 조용하고 책을 가까이하는 어린 시절로 이끌었고, 얀세니스트와 예수회 논쟁으로 들끓던 도시의 분위기 속에서 자라났다.

파리의 라 마르슈 칼리지에 입학해 논리학, 수사학, 아리스토텔레스 형이상학을 중심으로 한 스콜라 교육과정을 배웠다. 전통적 교수법과 새롭게 부상하던 카르트주의 사상의 긴장은 훗날 그가 철학적 종합을 이루는 토대가 되었다.

파리 대학교에서 엄격한 환경 속에 신학을 수학했으며, 이는 트리엔트 공의회 이후의 가톨릭 개혁 기조에 의해 강하게 형성되어 있었다. 그는 순수한 스콜라식 설명에 점차 만족하지 못하고, 정신과 하느님, 자연을 더 명료하게 설명할 길을 찾기 시작했다.

피에르 드 베륄이 창립한 프랑스 오라토리오회에 들어가 사목적 삶과 진지한 학문을 함께 추구했다. 수도원적 은둔 없이도 폭넓은 독서와 사유를 이어갈 수 있는 지적 문화가 그에게 철학적 신학을 발전시킬 공간을 제공했다.

오랜 양성 과정을 거쳐 서품을 받고, 설교와 학문, 영적 훈련을 중심으로 한 오라토리오회 생활을 시작했다. 그의 사제적 소명은 철학이 새 과학과 카르트주의와 점점 더 깊게 맞닿는 가운데서도 늘 중심에 놓여 있었다.

파리에서 데카르트의 저작을 접하고 그 명료함과 방법적 의심에 매료되었다. 그는 신앙을 버리기보다, 카르트주의 사상을 지식과 인과에 대한 하느님 중심의 설명으로 이끌어가려 했다.

상상, 습관, 질서 잡히지 않은 정념이 인간의 오류를 낳는다고 논증하며 첫 권을 내놓았다. 그는 정신이 불변의 진리를 사적인 심상으로가 아니라 하느님의 관념에 참여함으로써 안다고 주장했다.

이후 권들에서 지각과 판단을 더 깊이 분석하고, 피조물이 하느님께 의존한다는 논지를 강화했다. 프랑스 안팎의 독자들은 하느님이 보편자와 필연성을 파악하게 하는 지성의 빛이라는 그의 도발적 주장에 대해 열띤 논쟁을 벌였다.

피조물에는 진정한 인과 능력이 없고, 하느님만이 일반 법칙에 따라 결과를 산출한다고 보는 관점을 전개했다. 이 기회원인설은 하느님의 주권을 보존하면서도 데카르트가 남긴 심신 문제를 명료히 하려는 시도였다.

하느님은 끊임없는 특수 개입보다 단순하고 일반적인 법칙을 통해 세계를 주로 다스린다고 주장했다. 이 책은 섭리와 질서의 조화를 시도했지만, 은총과 기적을 둘러싼 신학적 논쟁도 불러일으켰다.

얀세니스트 신학자 앙투안 아르노는 말브랑슈의 '하느님 안에서의 보기'가 정통적 관념론과 인간 인식의 설명을 위태롭게 한다고 비판했다. 책과 편지로 이어진 그들의 공방은 시대를 대표하는 철학·신학 논쟁으로 유명해졌다.

대화체 형식으로 자신의 체계를 알기 쉽게 제시하며, 형이상학적 논증을 그리스도교적 신심과 연결했다. 그는 기회원인설과 신적 이성의 우선성, 그리고 질서를 사랑하는 도덕적 목표를 대화를 통해 옹호했다.

그의 명성은 광학, 역학, 형이상학에 관심 있는 유럽의 저명 인물들과의 서신 교류를 불러왔다. 이러한 교류는 오라토리오회 사제가 학문의 공화국과 적극 대화하면서도, 철학이 신학에 대해 책임을 져야 한다고 고집했음을 보여준다.

파리의 프랑스 왕립 과학 아카데미 명예 회원으로 받아들여졌는데, 이는 형이상학자이자 사제에게는 드문 인정이었다. 이 영예는 그의 작업이 물리학, 지각, 기계론의 설명 한계를 둘러싼 동시대 논쟁과 맞닿아 있었음을 보여준다.

그는 진리 탐구를 계속 개정하고, 관념론과 자유, 은총에 관한 자신의 교리를 문제 삼는 비평가들에게 해명을 내놓았다. 이러한 개정은 카르트주의적 명료성과 아우구스티누스적 하느님 의존을 함께 지키려는 체계의 설계자로서 그의 면모를 드러낸다.

뉴턴 과학과 로크의 경험론이 확산되는 가운데서도, 말브랑슈의 기회원인설은 인과와 지각에 관한 논쟁에서 중요한 기준점으로 남았다. 프랑스와 해외의 철학자들은 그를 17세기 합리론과 새로 떠오르는 근대 사유를 잇는 핵심적 가교로 평가했다.

오라토리오회 공동체 안에서 수십 년간 연구와 집필을 이어온 끝에 파리에서 세상을 떠났고, 하느님 중심의 독특한 카르트주의를 남겼다. 그의 저작은 버클리에서 후대 프랑스 영성주의자들에 이르기까지 정신, 인과, 신적 작용을 둘러싼 논의를 계속 형성했다.