누에바에스파냐 부왕령의 미초아칸 바야돌리드에서 지역의 수공업과 생업에 연결된 소박한 가정에서 태어났다. 어린 시절부터 식민지의 위계와 원주민 및 혼혈 공동체가 짊어진 일상의 부담을 가까이에서 보며 성장했다.

젊은 시절 실무적인 일을 하며 미초아칸의 마을과 시골 길을 두루 다녔다. 이 경험은 지형과 교역, 지역 인맥을 파악하게 해 훗날 독립군의 보급과 모집에 큰 도움이 되었다.

바야돌리드의 산니콜라스 학교에 입학했으며, 그곳에서 미겔 이달고 이 코스티야가 중심 인물로 활동했다. 학교의 지적 분위기와 개혁적 사상은 사회 정의와 공적 책임에 대한 그의 의식을 형성했다.

식민지 교회 체계 안에서 오랜 준비 끝에 사제로 서품되었다. 성직자로서 그는 세금과 강제 노역 등 교구민들의 고충을 가까이에서 접했고, 이는 스페인 통치에 대한 비판을 더욱 깊게 만들었다.

기후가 험하고 빈곤한 오지 본당인 카라쿠아로에 부임했다. 그는 부족한 자원을 관리하고 분쟁을 중재하며 공동체 생활을 조직하는 법을 익혔고, 이러한 역량은 훗날 규율 있는 독립군 행정으로 이어졌다.

이달고가 1810년 9월 봉기를 시작하자 모렐로스는 그를 찾아가 지원을 제안했다. 이달고는 그에게 남부에서 병력을 모으라는 임무를 맡겼고, 지역 신부였던 그는 명확한 전략 임무를 가진 지휘관으로 변모했다.

그는 소규모 기동 부대를 조직해 남부 여러 도시를 점령하며, 다른 지역에서 초기 패배가 이어진 뒤에도 반란의 동력을 되살렸다. 그의 지휘는 규율, 보급선, 그리고 지역 전사들과 지도자들의 협력을 중시했다.

1812년 왕당파가 수주 동안 쿠아우틀라의 독립군을 포위했다. 모렐로스의 병력은 기아와 포격 속에서도 버텼고, 대담한 돌파로 핵심 지도부를 보존해 운동의 중심을 지켜냈다.

1812년 말 그는 오아하카를 점령해 무기와 인쇄 역량, 그리고 중요한 행정 중심지를 확보했다. 이 승리는 독립군이 재원을 거두고 명령을 발령하며, 누에바에스파냐에서 대안 정부로서 자신들을 제시할 기반이 되었다.

그의 군대는 태평양 교역로와 왕당파 연락망에 연결된 전략 항구 아카풀코를 공략했다. 이 작전은 남부에서의 독립군 통제력을 강화했고, 항구와 도로, 요충지에 집중한 그의 전략을 보여주었다.

모렐로스는 반란을 정치적으로 정당화하기 위해 대표 의회인 칠판싱고 의회를 추진했다. 의회는 독립파 대표들을 모아 개인 지도력보다 제도와 성문법으로 운동을 이끌고자 했다.

그는 독립, 국민 주권, 노예제 폐지와 신분 구분 철폐를 요구하는 국가 강령을 발표했다. 이 문서는 가톨릭 신앙을 공화적 원칙과 연결지어, 이후 헌정 노력의 방향을 형성했다.

의회의 권한 아래 독립파 대표들은 스페인으로부터의 독립을 공식 선언했다. 이 조치는 국내 지지를 결집하고, 해외에 이 운동이 단순한 반란이 아니라 국가 수립을 목표로 한다는 신호를 보내려는 것이었다.

독립파 의회는 계몽사상의 영향과 지역 현실을 반영한 아파칭간 헌법을 공포했다. 모렐로스는 권리, 대표성, 행정 권력의 제한을 제도화하기 위해 이 헌정 틀을 지지했다.

왕당파 지휘관들은 더 많은 재정과 병력을 바탕으로 주요 통로에서 협동 공세를 펼치며 압박을 강화했다. 모렐로스의 군대는 물자 부족과 내부 부담, 그리고 의회를 보호하면서 야전 작전을 지속해야 하는 난제에 직면했다.

독립파 의회 구성원들을 호위하던 중 그는 왕당파 부대에 붙잡혔다. 그의 체포는 정치 제도가 아직 취약한 시기에 독립운동이 가장 유능한 조직가를 잃게 만들었다.

식민 당국은 먼저 교회 재판으로 그의 성직 지위를 박탈한 뒤, 반역 혐의로 민사 재판을 진행했다. 이 과정은 저명한 성직자 지도자를 처벌함으로써 독립파의 정당성을 깎아내리려는 스페인의 의도를 드러냈다.

그는 1815년 12월 22일, 독립의 대의를 포기하라는 요구를 거부한 뒤 처형되었다. 그의 죽음은 그를 순교적 상징으로 만들었고, 그의 정치적 글은 이후 독립파와 공화주의 지도자들에게 계속 영향을 주었다.