스페인 지배하의 필리핀 라구나 주 칼람바에서 태어났다. 아버지 프란시스코 메르카도와 어머니 테오도라 알론소는 식민지의 제약 속에서도 번영하고 교육 수준이 높은 가정에서 그를 길렀다.

칼람바의 재능 있는 아이로서 시를 쓰고 언어와 그림에 남다른 능력을 보였다. 가정교사와 지역 학교 교육은 그의 규율 있는 학습 습관을 길러 주었고, 주변의 사회적 부정의에 대한 감수성을 날카롭게 했다.

어머니 테오도라 알론소는 격렬한 지역 분쟁 끝에 투옥되었고, 이는 널리 사법적 부당함으로 여겨졌다. 이 사건은 식민지에서 법적 권력이 영향력, 편견, 성직자 권위에 의해 왜곡될 수 있음을 그에게 확신시켰다.

카비테 반란 이후 마리아노 고메스, 호세 부르고스, 하신토 사모라 신부가 처형된 사건은 식민지 전역에 큰 충격을 주었다. 그들의 죽음은 성직 권력과 탄압, 그리고 개혁의 필요성을 연결하는 상징으로 그에게 깊이 각인되었다.

산토 토마스 대학교에서 철학과 문학을 공부한 뒤 의학으로 전향했다. 도미니코회가 운영하던 학교에서 필리핀인에 대한 차별을 겪었고, 이러한 경험은 훗날 성직자 남용에 대한 비판으로 이어졌다.

그는 더 높은 교육과 지적 자유를 얻기 위해 스페인으로 향했다. 이 이동은 자유주의 사상과 스페인 정치권 안에서 개혁을 모색하던 필리핀 개혁가들과의 만남으로 이어졌다.

마드리드 중앙대학교에서 의학 학위를 마치는 한편 문학과 정치에도 깊이 몰두했다. 스페인 지식인 사회에서 설득력 있는 글쓰기를 다듬고, 식민 통치와 대표성 문제를 둘러싼 논쟁에 참여했다.

어머니의 악화된 시력을 되돌리고자 안과를 전문으로 수련하며 당시 유럽의 선진 기법을 익혔다. 파리에서 그는 해외 거주 필리핀인들과의 유대를 강화하며 의학적 규율을 점점 더 뚜렷한 사회적 목적과 결합시켰다.

베를린에서 그는 성직자 지배와 부패를 그린 소설을 출간했다. 이 책은 개혁을 지지하던 독자들을 열광시킨 반면 식민 당국을 격분시켜, 그를 위험한 지식인 반대자로 낙인찍게 만들었다.

칼람바로 돌아와 진료소를 열었고 뛰어난 실력과 자선으로 명성을 얻었다. 그러나 소설 출간 이후 성직자와 정부의 압력이 커지면서 감시와 위협, 대중의 관심 속에서 불안정한 상황을 견뎌야 했다.

가족을 보호하고 개혁 활동을 지속하기 위해 식민지를 떠나 아시아와 유럽을 오갔다. 이 시기는 제국과 근대성에 대한 시야를 넓혀 주었고, 해외의 필리핀인들과 네트워크를 구축하는 계기가 되었다.

헨트에서 그는 더 어둡고 급진화의 과정을 그린 후속 소설을 발표했다. 순교한 사제들에게 바친 이 작품은 식민 체제에 대한 고발을 한층 날카롭게 하며 당국의 적대감을 더욱 키웠다.

마닐라로 돌아온 그는 시민 교육, 상호 부조, 합법적 개혁을 위해 필리핀인들을 결집시키는 단체를 조직했다. 그러나 당국은 이를 곧바로 전복적 조직으로 간주하며, 공개적 이견 표명이 허용될 공간이 거의 없음을 드러냈다.

단체를 만든 직후 그는 체포되어 재판 없이 다피탄으로 추방되었다. 유배지에서 그는 진료를 하고 학생들을 가르치며 과학 프로젝트를 수행해, 유배를 규율 있는 봉사의 프로그램으로 바꾸어 놓았다.

그는 작은 학교를 세워 실용 기술을 가르치고, 물 공급과 시민 기반 개선 같은 지역 사업을 도왔다. 이는 국가의 재생이 정치적 대결만이 아니라 교육과 품성에 달려 있다는 그의 신념을 보여 주었다.

의사로서의 봉사를 위해 다피탄을 떠나는 것이 허용되었으나, 혁명이 발발하자 그는 구금되었다. 그는 무장 반란이 아닌 개혁을 주장했지만, 스페인 당국은 위기를 이용해 그를 지도자로 엮으려 했다.

그는 스페인 군사 재판에 회부되었고, 절차는 전시 공포와 정치적 압력의 영향을 강하게 받았다. 반란 연루의 증거가 제한적이었음에도 유죄 판결이 내려졌고, 이는 식민지 전역의 저항을 억누르려는 의도가 담긴 것이었다.

죽음을 앞둔 그는 조국에 대한 사랑과 희생을 담은 작별의 시를 남겼다. 가족에게 몰래 전달된 이 시는 곧 필리핀 민족주의 기억과 시민 교육의 핵심 텍스트가 되었다.

그는 바굼바얀에서 공개 총살형을 당했으며, 이는 반대 세력을 위축시키려는 과시적 처벌이었다. 그러나 그의 죽음은 오히려 혁명 의지를 결집시키고, 그를 필리핀의 존엄과 민족 각성의 상징으로 끌어올렸다.