Nasceu como segundo filho de Mōri Hiromoto, chefe do pequeno clã Mōri na província de Aki. Os Mōri eram um clã menor espremido entre vizinhos poderosos, com perspectivas de sobrevivência incertas. Seu nome de nascimento era Matsujumaru, tomando mais tarde o nome adulto Motonari.

Perdeu sua mãe com apenas três anos de idade, o que o deixou em uma posição vulnerável dentro da estrutura política do clã. Essa perda precoce moldou sua compreensão da fragilidade da vida e da importância dos laços familiares, temas que definiriam seus ensinamentos posteriores aos seus próprios filhos.

Seu pai Hiromoto morreu, deixando o clã nas mãos de seu irmão mais velho Okimoto. Como segundo filho, Motonari foi enviado para viver em um castelo secundário e em grande parte ignorado pela liderança do clã. Este período de isolamento ensinou-lhe autossuficiência e observação cuidadosa.

Após as mortes sucessivas de seu irmão Okimoto e sobrinho Kōmatsumaru, Motonari inesperadamente tornou-se chefe do clã Mōri aos dezenove anos. Herdou um clã de força modesta, cercado por vizinhos poderosos como os Ōuchi e Amago que ameaçavam absorvê-los.

Conquistou sua primeira vitória militar significativa contra inimigos internos na batalha de Kagamiyama. Esta batalha demonstrou suas capacidades táticas e assegurou sua posição como chefe do clã. Empregou engano e posicionamento estratégico que se tornariam marcas de sua carreira militar.

Formou uma aliança estratégica com o poderoso clã Ōuchi, submetendo-se nominalmente enquanto usava a relação para fortalecer o poder dos Mōri. Esta manobra diplomática exemplificou sua filosofia de expansão paciente, usando alianças para ganhar tempo e recursos.

Defendeu com sucesso o castelo Yoshida Kōriyama contra um cerco massivo do clã Amago, uma das forças mais poderosas do oeste do Japão. Suas táticas defensivas brilhantes e capacidade de manter a moral durante o longo cerco estabeleceram sua reputação como mestre estrategista.

O clã Ōuchi, outrora senhores de Motonari, entrou em colapso devido a uma rebelião interna de Sue Harukata. Motonari viu uma oportunidade neste caos e começou a planejar a absorção dos antigos territórios Ōuchi enquanto parecia permanecer neutro no conflito.

Conquistou sua maior vitória na batalha de Itsukushima, destruindo as forças de Sue Harukata através de um brilhante assalto anfíbio. Atraiu o exército maior de Sue para a pequena ilha, então atacou com forças navais superiores. Esta vitória é considerada uma das maiores conquistas táticas da história militar japonesa.

Completou a destruição das forças Ōuchi restantes, colocando todos os seus antigos territórios sob controle Mōri. Esta campanha transformou os Mōri de um pequeno clã provincial na potência dominante do oeste do Japão, controlando múltiplas províncias e vastos recursos.

Deu sua famosa lição das três flechas aos seus três filhos: Takamoto, Motoharu e Takakage. Demonstrou que uma única flecha quebra facilmente, mas três flechas amarradas juntas não podem ser quebradas. Esta lição tornou-se lendária como símbolo de unidade e cooperação familiar.

Após anos de guerra, finalmente conquistou a província de Izumo do clã Amago, seus inimigos de longa data. Esta vitória vingou o cerco de 1540 e eliminou a última grande ameaça à dominação Mōri no oeste do Japão. A campanha mostrou sua abordagem paciente e metódica da guerra.

Seu filho mais velho e herdeiro designado Takamoto morreu, possivelmente envenenado. Esta tragédia forçou o envelhecido Motonari a reestruturar seus planos de sucessão. Elevou seu neto Terumoto como novo herdeiro enquanto seus dois filhos sobreviventes apoiariam como pilares do clã.

O clã Mōri atingiu sua maior extensão territorial, controlando dez províncias no oeste do Japão. Motonari havia transformado um clã menor em uma das forças mais poderosas do país. Seus filhos administravam diferentes domínios enquanto mantinham a unidade segundo sua filosofia das três flechas.

Morreu no castelo Yoshida Kōriyama aos setenta e quatro anos, tendo expandido o território Mōri de uma para dez províncias. Seu legado como a maior mente estratégica do Japão perdurou através de seus filhos e netos, que mantiveram o poder Mōri até a era Edo. Seu ensinamento das três flechas permanece um provérbio famoso.