Nasceu em Paris, filho de Nicolas Malebranche, secretário do rei, e de Catherine de Lauzon, oriunda de um importante meio jurídico. A saúde frágil e a constituição delicada moldaram uma infância reservada e dedicada aos livros, numa cidade animada por debates entre jansenistas e jesuítas.

Ingressou no Colégio de la Marche, em Paris, onde o currículo escolástico enfatizava lógica, retórica e a metafísica aristotélica. A tensão entre o ensino tradicional e as ideias cartesianas emergentes preparou-o para a síntese filosófica que viria a realizar.

Na Universidade de Paris (Sorbonne), dedicou-se à teologia num ambiente rigoroso marcado pelas reformas católicas pós-tridentinas. Ficou insatisfeito com explicações puramente escolásticas e começou a procurar uma compreensão mais clara da mente, de Deus e da natureza.

Ingressou nos oratorianos, congregação francesa fundada por Pierre de Bérulle que combinava vida pastoral com estudo sério. A cultura intelectual do Oratório deu-lhe espaço para ler amplamente e desenvolver uma teologia filosófica sem reclusão monástica.

Após anos de formação, foi ordenado e passou a viver a vida oratoriana centrada na pregação, no estudo e na disciplina espiritual. A vocação sacerdotal permaneceu central, mesmo quando a sua filosofia se envolveu cada vez mais com a nova ciência e o cartesianismo.

Encontrou os escritos de René Descartes em Paris e ficou cativado pela clareza e pela dúvida metódica. Em vez de abandonar a fé, procurou orientar as ideias cartesianas para uma explicação teocêntrica do conhecimento e da causalidade.

Publicou o volume inicial de "A Busca da Verdade", defendendo que o erro humano nasce da imaginação, do hábito e de paixões desordenadas. A obra propôs que a mente conhece verdades imutáveis ao participar das ideias divinas, e não por imagens mentais privadas.

As partes seguintes aprofundaram a análise da perceção, do juízo e da dependência das criaturas em relação a Deus. Leitores em toda a França e além debateram a tese marcante de que Deus é a luz inteligível pela qual as mentes apreendem universais e necessidade.

Desenvolveu a ideia de que as coisas criadas não possuem verdadeiro poder causal e que apenas Deus produz os efeitos segundo leis gerais. Esse "ocasionalismo" procurava proteger a soberania divina e esclarecer o problema mente-corpo deixado em aberto por Descartes.

Em "Tratado sobre a Natureza e a Graça", argumentou que Deus governa o mundo sobretudo por leis simples e gerais, e não por intervenções especiais constantes. O livro tentou conciliar providência e ordem, mas também provocou controvérsia teológica sobre graça e milagres.

O teólogo jansenista Antoine Arnauld atacou a "visão em Deus" de Malebranche, alegando que ela punha em risco explicações ortodoxas sobre ideias e cognição humana. A troca, feita por meio de livros e cartas, tornou-se uma das polémicas filosófico-teológicas mais célebres da época.

Os "Diálogos sobre Metafísica e sobre Religião" apresentaram o seu sistema de modo acessível e conversacional, ligando argumentos metafísicos à devoção cristã. Usou o diálogo para defender o ocasionalismo, a primazia da razão divina e o objetivo moral de amar a ordem.

A sua reputação atraiu correspondência de pensadores europeus interessados em ótica, mecânica e metafísica. Essas trocas mostram um sacerdote oratoriano a dialogar com a República das Letras, insistindo que a filosofia deve permanecer responsável perante a teologia.

Foi admitido como membro honorário da Académie Royale des Sciences, em Paris, um reconhecimento raro para um metafísico-sacerdote. A honra refletiu como a sua obra se cruzava com debates contemporâneos sobre física, perceção e os limites explicativos do mecanicismo.

Continuou a revisar "A Busca da Verdade" e a publicar esclarecimentos a críticos que questionavam as suas doutrinas sobre ideias, liberdade e graça. Essas revisões revelam um arquiteto cuidadoso de um sistema que procurava preservar tanto a clareza cartesiana quanto a dependência agostiniana de Deus.

Com a difusão da ciência newtoniana e do empirismo de Locke, o ocasionalismo de Malebranche continuou a ser um ponto de referência em debates sobre causalidade e perceção. Filósofos franceses e estrangeiros trataram-no como uma ponte decisiva entre o racionalismo do século XVII e o pensamento moderno emergente.

Morreu em Paris após décadas de estudo e escrita na comunidade oratoriana, deixando um cartesianismo distintamente teocêntrico. As suas obras continuaram a moldar debates sobre mente, causalidade e ação divina, de Berkeley a espiritualistas franceses posteriores.