出生於津和野藩的藩醫世家。本名森林太郎。

隨家人遷居東京，進入德語私塾學習。

年僅12歲便進入東京醫學校預科，展現驚人學術天賦。

19歲以優異成績從東京大學醫學部畢業。

受陸軍省派遣赴德國留學，在柏林、慕尼黑等地學習衛生學。

結束4年留學回國。在德國的戀愛經歷成為後來《舞姬》的素材。

在《國民之友》發表《舞姬》，被譽為日本近代文學史上的傑作。

作為軍醫參加甲午戰爭。戰場經歷對其後來的作品產生深遠影響。

大量翻譯安徒生、歌德、席勒等西方文學作品。

作為第二軍軍醫部長參加日俄戰爭。在腳氣病論爭中扮演重要角色。

代表作《雁》在《昴》雜誌連載。以優美筆觸描寫禁忌之戀的悲劇。

明治天皇駕崩。乃木將軍殉死給他帶來巨大衝擊，成為其轉向歷史小說的契機。

升任陸軍軍醫最高職位軍醫總監。同時兼任陸軍省醫務局長。

相繼發表《阿部一族》《山椒大夫》等歷史小說傑作。

因腎萎縮去世。遵照遺囑，墓碑上僅刻「森林太郎」四字。享年60歲。