他出生於水戶藩，此地以忠誠派學術與激進武裝政治著稱。藩內對皇權與外來威脅的激烈辯論，形塑了許多年輕武士的世界觀。

少年時期他投入武藝鍛鍊，同時水戶武士圈正爭論尊王攘夷的主張。這種政治氛圍鼓勵強硬、先行動後思考的作風，後來也成為他行事的鮮明標記。

他與無主武士及道場網絡往來，將水戶激進勢力與江戶、京都串聯起來。這些圈子交換情報、招募戰力，並在幕府難以維持秩序之時加劇街頭暴力。

外國艦隊迫使日本陷入危機，各藩反外情緒升溫。芹澤鴨這一代將幕府的讓步視為羞辱，進一步推動水戶系團體的武裝激進行動。

安政條約在不平等條件下開港後，日本各城市出現暗殺與鎮壓。水戶激進分子與浪人鎖定被視為對外妥協的官員，使政治暴力逐漸被視為一種策略而常態化。

井伊直弼在櫻田門外遇刺，顯示中央權威正在瓦解。在此氛圍下，武裝團體以展現武力獲得聲望，而芹澤鴨以兇悍著稱的名聲也成為組織者眼中的資產。

京都局勢動盪之際，他投入組織戰力以維護幕府利益的工作。此計畫吸引粗獷的浪人與各藩人馬，形成極不穩定的混合體，所需的紀律往往難以用和平方式建立。

一八六三年，招募者在幕府支持下集結於京都，隨後因忠誠轉移而分裂。芹澤鴨在留下的強硬派中崛起，將自己定位為後來成為新選組的武力核心領導者之一。

他與近藤勇、土方歲三等人並列為早期指揮者之一。以威嚇壓制對手的能力使團體惡名迅速傳開，但也損害了他們在京都行動所需的正當性。

京都充斥尊王攘夷分子、幕府密探與各藩家臣，旅店與關卡附近時常爆發衝突。新選組的巡邏與突襲令人畏懼，而芹澤鴨的殘酷手段更強化了這種名聲。

關於酗酒鬧事、威脅商人與魯莽示威的傳聞，使團體在京都當局眼中的形象受損。他的行徑加深了領導層之間的裂痕：一方追求紀律化的警備隊，另一方則把恐怖當作籌碼。

近藤勇與土方歲三試圖以規章、訓練與更嚴密的指揮體系將隊伍專業化。芹澤鴨一派抗拒約束，權力鬥爭幾乎使新選組在草創之初就面臨分裂。

仰賴新選組維持治安的靠山要求控制那些引發公憤的不守紀行為。芹澤鴨的不可預測成為負擔，競爭對手因此將清除他包裝成團體存續的必要條件。

他在京都於一次內部整肅中被同為新選組、且站在改革派領導陣營的成員殺害。其派系被清除後，近藤勇與土方歲三得以鞏固指揮權，並在此後推行嚴格紀律。

在他被剷除的隔年，新選組收緊規章並展現更統一的指揮鏈。此番重整使他們在幕末衝突升高的京都治安行動中扮演更重要的角色。

明治時代的史書與後來的大眾媒體重訪新選組時，芹澤鴨常被塑造成對照更「英雄化」指揮官的暴力反派。他的傳說透過小說、戲劇與地方傳聞擴散，將史實與戲劇化想像混雜在一起。