Nasceu em uma aldeia de pescadores chamada Kominato na província de Awa, correspondente à atual prefeitura de Chiba. Sua humilde origem como filho de pescadores influenciou posteriormente sua paixão por desafiar as autoridades religiosas.

Começou seus estudos budistas no templo local Seichoji. Aqui entrou em contato pela primeira vez com o Sutra do Lótus e os ensinamentos budistas, iniciando sua busca pela verdade religiosa ao longo de toda a vida.

Foi oficialmente ordenado como monge no templo Seichoji e recebeu o nome budista Zenshobo Rencho. Depois começou sua jornada em busca dos verdadeiros ensinamentos do budismo japonês.

Viajou para Kamakura, então o centro político do Japão, para estudar as diferentes escolas budistas. Aprofundou-se nos ensinamentos do Zen, do budismo da Terra Pura e do budismo esotérico.

Estudou no templo Enryakuji no monte Hiei, a sede principal da escola Tendai. Aqui aprofundou sua compreensão do Sutra do Lótus e ganhou a convicção de que era o ensinamento supremo de Shakyamuni.

No templo Seichoji, recitou pela primeira vez Nam-myoho-renge-kyo no Salão Puro e declarou que apenas o Sutra do Lótus era o único caminho para a verdade. O budismo Nichiren estava assim fundado, e ele tomou o nome de Nichiren (Lótus do Sol).

Apresentou o Risshō Ankoku Ron ao ex-regente Hojo Tokiyori, argumentando que os desastres resultavam de falsos ensinamentos budistas. Atacou o budismo da Terra Pura e instou o xogunato a adotar o Sutra do Lótus, o que desencadeou sua perseguição.

Foi exilado para a península de Izu devido à ira das autoridades. Apesar das duras condições, continuou ensinando sem descanso e foi indultado aproximadamente dois anos depois, retornando a Kamakura.

Foi atacado por seguidores do budismo da Terra Pura, recebendo uma ferida profunda na testa e um braço quebrado. Dois de seus discípulos foram mortos, mas Nichiren sobreviveu por pouco.

Enviou cartas ao xogunato alertando sobre uma invasão estrangeira iminente. No mesmo ano, o cã mongol Kublai enviou emissários exigindo a submissão do Japão, confirmando sua profecia e aumentando sua reputação entre seus seguidores.

Foi preso pelo xogunato e levado ao local de execução de Tatsunokuchi. Segundo a lenda, pouco antes da execução, um orbe luminoso apareceu no céu, assustando os carrascos e interrompendo a execução. Nichiren considerou isso como proteção divina do Sutra do Lótus.

Em vez de ser executado, foi exilado para a desolada ilha de Sado, onde mal sobreviveu às duras condições. No entanto, nesse ambiente hostil, completou algumas de suas obras mais importantes, incluindo o Kaimoku Sho e o Kanjin no Honzon Sho.

Retornou a Kamakura após aproximadamente três anos de exílio em Sado. Era o ano da primeira invasão mongol, e o xogunato o indultou em meio à crise. Após seu retorno, continuou propagando a fé do Sutra do Lótus.

Depois que o xogunato rejeitou seus conselhos, Nichiren se retirou para o monte Minobu. Passou o resto de sua vida formando discípulos e escrevendo. O monte Minobu tornou-se posteriormente o templo principal do budismo Nichiren.

Devido à deterioração de sua saúde, deixou Minobu para buscar tratamento em águas termais, mas sua condição piorou em Ikegami, onde morreu pacificamente, cercado por seus discípulos. Seus restos foram enterrados no monte Minobu.