Geboren als Masuda Shiro Tokisada in eine Familie frommer versteckter Christen. Sein Vater, Masuda Yoshitsugu, war ein ehemaliger Samurai, der dem christlichen Daimyo Konishi Yukinaga gedient hatte. Trotz des Tokugawa-Verbots des Christentums bewahrte seine Familie heimlich ihren katholischen Glauben und erzog den jungen Shiro in den verborgenen Traditionen der Kakure Kirishitan.

Schon als kleines Kind zeigte Shiro bemerkenswerte Intelligenz und ein ungewöhnliches Charisma, das Erwachsene anzog. Die örtlichen Christen begannen, in ihm Eigenschaften zu erkennen, die sie für wundersam hielten – sein redegewandtes Sprechen über den Glauben, seine Fähigkeit, Schriften zu rezitieren, und eine spirituelle Präsenz, die über sein Alter hinausging. Unter den verborgenen christlichen Gemeinschaften verbreiteten sich Gerüchte über die Prophezeiung eines göttlichen Kindes.

Er erhielt heimlichen religiösen Unterricht von versteckten christlichen Lehrern und möglicherweise überlebenden Missionaren, die nach Beginn der Verfolgung untergetaucht waren. Er lernte lateinische Gebete, katholische Lehre und die Geschichten christlicher Märtyrer, die für ihren Glauben in Japan gestorben waren. Diese Ausbildung sollte sich später als entscheidend für seine Rolle als geistlicher Führer erweisen.

Eine Prophezeiung, die dem hingerichteten christlichen Missionar Francisco zugeschrieben wurde, hatte vorausgesagt, dass ein göttlicher Jüngling erscheinen würde, um die Christen zu führen. Als Shiros Ruf für Weisheit und Frömmigkeit wuchs, begannen die Gläubigen, ihn als diese prophezeite Gestalt zu identifizieren. Sein Name 'Shiro' (bedeutet 'vierter Sohn') schien dieses göttliche Schicksal zu bestätigen, und er wurde als 'Himmelskind' (Tendo) bekannt.

Das Shogunat intensivierte seine Verfolgung der Christen und führte Foltermethoden ein, darunter das berüchtigte 'Tsurushi' (kopfüber über Gruben hängen). Shiro wurde Zeuge des Leidens seiner Gemeinschaft, als Freunde und Verwandte hingerichtet wurden oder gezwungen waren, ihrem Glauben abzuschwören. Diese Erfahrungen vertieften seine Entschlossenheit und stärkten seine Verbindung zur unterdrückten christlichen Bauernschaft.

Während er seine religiösen Studien fortsetzte, erhielt Shiro auch Training in Kampfkünsten und Militärstrategie von Ronin (herrenlosen Samurai), die christlichen Daimyos gedient hatten, bevor der Glaube verboten wurde. Diese ehemaligen Krieger sahen in ihm einen potenziellen Anführer, der die verfolgten Gläubigen vereinen könnte. Er lernte Schwertkampf, Taktik und die Kunst, Männer zu inspirieren.

Als Verfolgung und hohe Besteuerung die christlichen Bauerngemeinden verwüsteten, trat Shiro als ihr wichtigster geistlicher Führer hervor. Seine Predigten brachten den Verzweifelten Hoffnung, und seine Anwesenheit bei geheimen Versammlungen inspirierte die Gläubigen, ihren Glauben zu bewahren. Ehemalige Samurai und Gemeindeälteste begannen, diesen jugendlichen Propheten in zunehmend verzweifelten Zeiten um Führung zu bitten.

Als die Bauern von Shimabara im Oktober 1637 gegen erdrückende Besteuerung und religiöse Verfolgung aufstanden, wählten die Rebellenführer einstimmig den sechzehnjährigen Shiro zu ihrem obersten Befehlshaber. Trotz seiner Jugend machte ihn sein Ruf als göttlich erwählter Prophet zur perfekten Galionsfigur, um die christlichen Aufständischen zu vereinen. Er erhielt den Titel 'Generalissimus' (Sodaisho).

Innerhalb weniger Wochen hatte Shiro etwa 37.000 Rebellen – Männer, Frauen und Kinder – unter seinem Kommando vereint. Diese Truppe umfasste nicht nur Bauern, sondern auch Ronin, ehemalige Ashigaru (Fußsoldaten) und Handwerker. Sie trugen christliche Banner mit Kreuzen, dem Bild der Jungfrau Maria und portugiesischen Inschriften. Es war der größte Aufstand, dem das Tokugawa-Shogunat je gegenüberstand.

Die Rebellen nahmen die verlassene Burg Hara ein und befestigten sie als ihre Festung. Unter Shiros Führung verwandelten sie die verfallene Festung in eine uneinnehmbare Verteidigungsposition mit Blick auf das Meer. Auf den Mauern wurden Kreuze angebracht und täglich wurden Messen in der Burg gehalten. Die Burg wurde zum Symbol des christlichen Widerstands. Shiro organisierte die Verteidigung mit bemerkenswertem militärischem Geschick für sein Alter.

Als die erste Shogunat-Armee von 30.000 Soldaten die Burg Hara angriff, wehrten die Rebellen unter Shiros Kommando sie erfolgreich ab. Die Regierungstruppen erlitten über 4.000 Verluste, darunter mehrere hochrangige Kommandeure. Dieser atemberaubende Sieg gegen professionelle Samurai-Truppen schien Shiros göttlichen Schutz zu bestätigen und inspirierte seine Anhänger zu glauben, dass Gott wirklich auf ihrer Seite war.

Das Shogunat verstärkte seine Armee auf über 125.000 Soldaten und begann eine brutale Belagerung. Von Nachschub abgeschnitten, sahen sich die Rebellen dem Hunger gegenüber. Doch unter Shiros geistlicher Führung bewahrten sie ihren Glauben und Widerstand. Er leitete Gebete, hielt Predigten und ermutigte sein Volk durchzuhalten, indem er ihnen ewige Erlösung versprach. Selbst Shogunat-Kommandeure sollen den Mut des jungen Propheten bewundert haben.

In einer umstrittenen Entscheidung bat das Shogunat um niederländische Marineunterstützung. Die protestantischen Niederländer, die die katholische Konkurrenz ausschalten wollten, bombardierten die Burg Hara vom Meer aus. Dieser Verrat durch Mitchristen erschütterte die Moral der Verteidiger zutiefst. Shiro soll für die Seelen seiner Feinde gebetet haben, während er das Bombardement ertrug, und behielt seinen Glauben trotz dieses ultimativen Verrats durch jene, die dieselben religiösen Wurzeln teilten.

Nach drei Monaten Belagerung, ohne Nahrung und Munition, bereiteten sich die ausgehungerten Verteidiger auf ihre letzte Schlacht vor. Shiro führte seine verbliebenen Anhänger in einem letzten Gebet und bereitete sich auf das Ende vor. Das Shogunat startete seinen Endangriff mit überwältigender Übermacht. Die Rebellen kämpften bis zuletzt, wobei fast alle 37.000 Männer, Frauen und Kinder in dem Massaker umkamen.

Amakusa Shiro wurde von den Shogunat-Truppen gefangen genommen und enthauptet. Sein abgetrennter Kopf wurde in Nagasaki als Warnung für andere Christen ausgestellt. Der Legende nach blieb er bis zum Ende ruhig und betete, vergab seinen Henkern und betete für Japan. Sein Tod im Alter von sechzehn Jahren beendete den Shimabara-Aufstand und markierte die endgültige Unterdrückung des offenen Christentums in Japan für über zwei Jahrhunderte.