Geboren in Valladolid, Michoacán, im Vizekönigreich Neuspanien, in eine bescheidene Familie mit Verbindungen zu lokalen Handwerks- und Erwerbszweigen. Seine frühe Lebenswelt machte ihn mit kolonialen Hierarchien und den alltäglichen Lasten vertraut, die indigene und gemischtstämmige Gemeinschaften zu tragen hatten.

Als junger Mann nahm er praktische Arbeiten an und reiste durch die Städte und ländlichen Wege Michoacáns. Diese Erfahrungen vermittelten ihm Kenntnisse über Gelände, Handel und lokale Netzwerke, die später der insurgentischen Logistik und Rekrutierung zugutekamen.

Er trat in das Colegio de San Nicolás in Valladolid ein, wo Miguel Hidalgo y Costilla eine führende Rolle innehatte. Das intellektuelle Klima der Schule und reformorientierte Ideen prägten sein Verständnis von sozialer Gerechtigkeit und öffentlicher Verantwortung.

Morelos wurde nach Jahren der Vorbereitung innerhalb der kolonialen Kirchenstruktur zum Priester geweiht. Seine seelsorgerische Tätigkeit brachte ihn den Klagen der Gemeindemitglieder nahe, von Abgaben bis zu Zwangsarbeit, und vertiefte seine Kritik an der spanischen Herrschaft.

Er wurde zum Pfarrer in Carácuaro ernannt, einer abgelegenen und armen Gemeinde in der heißen Tierra Caliente. Dort lernte er, Knappheit zu bewältigen, Streit zu schlichten und das Gemeindeleben zu organisieren — Fähigkeiten, die sich später in einer disziplinierten insurgentischen Verwaltung niederschlugen.

Nachdem Hidalgo im September 1810 den Aufstand ausgerufen hatte, suchte Morelos ihn auf, um Unterstützung anzubieten. Hidalgo beauftragte ihn, im Süden Truppen zu sammeln — damit wurde aus einem örtlichen Priester ein Befehlshaber mit klar umrissener strategischer Mission.

Er organisierte kleine, bewegliche Kolonnen und eroberte mehrere Orte im Süden, wodurch nach frühen Rückschlägen der Aufständischen andernorts neuer Schwung entstand. Seine Führung betonte Disziplin, Nachschublinien und die Zusammenarbeit mit regionalen Kämpfern und Anführern.

Royalistische Truppen unter Félix María Calleja belagerten die Aufständischen 1812 wochenlang in Cuautla. Morelos’ Kräfte hielten trotz Hunger und Beschuss stand und führten dann einen kühnen Ausbruch durch, der die zentrale Führung des Aufstands bewahrte.

Ende 1812 nahm er Oaxaca ein und gewann damit Waffen, Druckmöglichkeiten und ein wichtiges Verwaltungszentrum. Der Sieg erlaubte es den Aufständischen, Einnahmen zu erheben, Anordnungen zu erlassen und sich in Neuspanien als alternative Regierung zu präsentieren.

Seine Truppen gingen gegen Acapulco vor, einen strategischen Hafen, der mit pazifischen Handelsrouten und royalistischer Kommunikation verbunden war. Der Feldzug festigte die Kontrolle der Aufständischen im Süden und zeigte seinen Fokus auf Häfen, Straßen und Engpässe.

Morelos förderte eine repräsentative Versammlung, den Kongress von Chilpancingo, um dem Aufstand politische Legitimität zu verleihen. Dort versammelten sich Abgeordnete der Aufständischen und strebten an, persönliche Führung durch Institutionen und geschriebenes Recht zu ersetzen.

Er trug „Sentimientos de la Nación“ vor und forderte Unabhängigkeit, Volkssouveränität sowie die Abschaffung der Sklaverei und von Standes- und Kastenunterschieden. Das Dokument verband katholischen Glauben mit republikanischen Grundsätzen und prägte spätere verfassungsgebende Bemühungen.

Unter der Autorität des Kongresses verabschiedeten Vertreter der Aufständischen eine formelle Unabhängigkeitserklärung von Spanien. Der Schritt sollte im Inland Unterstützung mobilisieren und ausländischen Mächten signalisieren, dass die Bewegung Staatlichkeit anstrebte und nicht bloß einen Aufruhr.

Der Kongress der Aufständischen verkündete die Verfassung von Apatzingán, die Ideen der Aufklärung mit lokalen Gegebenheiten verband. Morelos unterstützte diesen verfassungsrechtlichen Rahmen, um Rechte, Repräsentation und Begrenzungen der Exekutivgewalt zu institutionalisieren.

Royalistische Kommandeure erhöhten den Druck mit besser finanzierten Armeen und koordinierten Offensiven entlang wichtiger Korridore. Morelos’ Truppen litten unter Mangel, inneren Belastungen und der Herausforderung, den Kongress zu schützen und zugleich Operationen im Feld aufrechtzuerhalten.

Während er Mitglieder des Kongresses der Aufständischen eskortierte, wurde er von royalistischen Truppen unter Manuel de la Concha gefangen genommen. Seine Festnahme entzog der Bewegung ihren fähigsten Organisator in einem Moment, in dem die politischen Institutionen noch fragil waren.

Die Kolonialbehörden unterzogen ihn kirchlichen Verfahren, die ihm den priesterlichen Status entzogen, und anschließend einem zivilen Prozess wegen Hochverrats. Das Vorgehen zeigte Spaniens Bemühen, die Legitimität der Aufständischen zu untergraben, indem ein prominenter Geistlicher und Anführer bestraft wurde.

Er wurde am 22. Dezember 1815 hingerichtet, nachdem er sich geweigert hatte, der Sache der Unabhängigkeit abzuschwören. Sein Tod machte ihn zu einer Märtyrerfigur, und seine politischen Schriften beeinflussten weiterhin Aufständische sowie spätere republikanische Führungspersönlichkeiten.