Nació en una familia tagala de clase trabajadora en Tondo, entonces un distrito de Manila bajo dominio español. Sus padres fueron Santiago Bonifacio y Catalina de Castro, y las dificultades tempranas moldearon su agudo sentido de la injusticia social.

Tras la muerte de sus padres, ayudó a criar a sus hermanos menores y abandonó pronto la educación formal. Sostuvo el hogar con pequeños comercios y trabajo asalariado, aprendiendo a valerse por sí mismo en la dura economía colonial de Manila.

Se dedicó al autoaprendizaje leyendo obras en español y traducciones, incluidos textos políticos e históricos que circulaban en Manila. También se integró en el teatro comunitario y en círculos de debate, afinando su oratoria y su instinto organizativo.

Bonifacio desempeñó empleos como mensajero, auxiliar administrativo y bodeguero vinculados a casas comerciales de Manila. La experiencia diaria de la desigualdad colonial y la inseguridad laboral profundizó su simpatía por los trabajadores y los pobres urbanos.

Se involucró en La Liga Filipina de José Rizal, que buscaba reformas pacíficas y unidad cívica bajo el dominio español. El arresto y destierro de Rizal poco después convencieron a Bonifacio de que la reforma legal por sí sola no triunfaría.

En julio de 1892, él y sus camaradas cercanos formaron el Katipunan como una sociedad secreta comprometida con la independencia mediante la revolución. Con ritos, documentos codificados y células locales, se extendió discretamente por Manila y provincias cercanas.

Ascendió a la dirección del Katipunan como su Supremo, guiando el reclutamiento, la disciplina y las comunicaciones clandestinas. Bajo su conducción, la organización desarrolló consejos, rituales de iniciación y una cultura de prensa revolucionaria.

Se casó con Gregoria de Jesus, luego recordada como la Lakambini del Katipunan, quien resguardó documentos y transmitió mensajes. Su alianza fortaleció rutas de mensajería y la logística de reuniones en Manila y sus alrededores.

El Katipunan difundió Kalayaan para inspirar a sus miembros y proyectar fuerza más allá de sus recursos reales. Escritores como Emilio Jacinto ayudaron a forjar su mensaje, mientras Bonifacio lo usó para exhortar a la unidad y a la preparación para la lucha armada.

En agosto de 1896, la policía colonial española descubrió actividades del Katipunan, lo que provocó arrestos y redadas en Manila. La represión obligó a Bonifacio y a los consejos a decidir rápidamente entre huir, ocultarse o iniciar la revuelta abierta.

Los revolucionarios se reunieron en las afueras de Manila y rompieron simbólicamente sus cédulas para rechazar la autoridad española. El llamado de Bonifacio al alzamiento marcó el inicio público de la Revolución Filipina y atrajo a nuevos reclutas.

Ayudó a dirigir las operaciones iniciales en zonas como San Juan del Monte, donde rebeldes mal armados se enfrentaron a tropas españolas entrenadas. Los reveses tempranos revelaron la necesidad de armas, coordinación y liderazgo regional más allá de Manila.

José Rizal fue ejecutado por un pelotón de fusilamiento en Bagumbayan, lo que conmocionó a muchos filipinos y endureció el sentimiento anticolonial. Para el movimiento de Bonifacio, la ejecución se volvió un poderoso símbolo de represión española y sacrificio.

En la Convención de Tejeros, las facciones debatieron la autoridad revolucionaria mientras las fuerzas de Cavite ganaban protagonismo en el campo de batalla. Bonifacio impugnó procedimientos que consideró injustos, y Emilio Aguinaldo emergió como presidente electo.

Bonifacio y sus partidarios firmaron el Acta de Tejeros para protestar irregularidades y defender el mandato original del Katipunan. Después intentó organizar una autoridad al margen de la élite de Cavite, profundizando las fracturas dentro de la revolución.

Bonifacio y su hermano Procopio fueron capturados por tropas leales al nuevo gobierno revolucionario tras un choque. Los informes describieron heridas durante el arresto, mostrando cómo las disputas internas de poder eclipsaron la unidad contra España.

Un tribunal militar convocado bajo el gobierno revolucionario acusó a Bonifacio de socavar la autoridad. El proceso y el veredicto siguen siendo controvertidos, pues sus aliados sostuvieron que el juicio reflejó más la política de facciones que la justicia.

Bonifacio y Procopio fueron ejecutados tras cumplirse la sentencia pese a las peticiones de clemencia. Su muerte apartó al fundador del Katipunan, dejando un debate duradero sobre legitimidad, martirio y el rumbo de la revolución.