Nació en Leonberg, en el ducado de Wurtemberg, y creció en un entorno protestante marcado por la teología y el aprendizaje clásico. Su padre, pastor y educador, fomentó desde temprano el dominio del griego, el latín y los estudios bíblicos.

Admitido en el seminario protestante de la Universidad de Tubinga, compartió habitación y discusiones intensas con G. W. F. Hegel y el poeta Friedrich Hölderlin. Sus debates sobre Kant, la Revolución francesa y la libertad moldearon sus primeras ambiciones intelectuales.

Mientras las ideas de Johann Gottlieb Fichte se extendían por las universidades alemanas, Schelling produjo escritos tempranos que empujaban más allá de Kant hacia una concepción más dinámica del yo y de la naturaleza. Pronto llamó la atención como un joven audaz dentro del nuevo movimiento idealista.

En Leipzig se sumergió en la medicina, la química y la historia natural contemporáneas junto con la filosofía, buscando una base rigurosa para la Filosofía de la Naturaleza. Este período reforzó su convicción de que la naturaleza es productiva, regida por leyes y filosóficamente inteligible.

Llegó a Jena, un centro de la vida intelectual alemana, donde el idealismo y el romanticismo se entrecruzaban en salones y seminarios. El entorno universitario le dio una plataforma para desarrollar una filosofía sistemática que enlazara naturaleza, mente y libertad.

Publicó textos influyentes que trataban la naturaleza como un proceso activo y no como un mero mecanismo, apoyándose en la ciencia contemporánea y en debates kantianos. Estos escritos ayudaron a definir la Filosofía de la Naturaleza y atrajeron tanto admiradores como críticos severos en el ámbito académico.

En su "Sistema del idealismo trascendental" describió cómo la conciencia, el conocimiento y la cultura surgen por etapas que culminan en la intuición estética. La obra unió la filosofía con la creatividad, sosteniendo que el arte revela con mayor viveza la unidad de naturaleza y espíritu.

Schelling defendió que sujeto y objeto comparten una identidad más profunda en lo Absoluto, una posición debatida en los círculos de Jena. Por entonces trabajó estrechamente con Hegel, incluso en proyectos editoriales conjuntos, antes de que sus enfoques empezaran a divergir.

En Jena trató con figuras del primer romanticismo, entre ellas Friedrich y August Wilhelm Schlegel, en conversaciones que vinculaban filosofía, literatura y mito antiguo. Estos intercambios reforzaron su idea de que el simbolismo y el arte portan verdad filosófica más allá de los conceptos por sí solos.

Se trasladó a la Universidad de Wurzburgo, donde la política institucional y las alianzas académicas cambiantes pusieron a prueba su trabajo. El cambio de entorno lo llevó a precisar su sistema y a defender la Filosofía de la Naturaleza frente a acusaciones de especulación romántica.

Mientras las guerras napoleónicas reconfiguraban universidades y estados, las decisiones de su carrera se desenvolvieron en un clima de incertidumbre política y reformas administrativas. Se movió en un panorama alemán fragmentado en el que filosofía, nacionalismo y patronazgo institucional se entrelazaban cada vez más.

En el ensayo sobre la libertad de 1809 afrontó el problema del mal, fundamentando la libertad en un núcleo oscuro y preracional dentro del ser mismo. La obra marcó un giro decisivo desde el optimismo sistemático temprano hacia una metafísica más dramática de la voluntad, la historia y el conflicto.

Se casó con Karoline Gotter, una figura clave asociada al ambiente romántico de Jena y antigua esposa de August Wilhelm Schlegel. Su hogar se convirtió en un centro social e intelectual, combinando trabajo filosófico con conversación literaria y cultural.

En Múnich ocupó cargos influyentes y dictó conferencias ampliamente, formando a generaciones de estudiantes durante la restauración posterior a Napoleón. Fue subrayando cada vez más la historia, la mitología y la religión como complementos necesarios de una construcción racional puramente sistemática.

Schelling desarrolló amplios ciclos de lecciones sobre el significado filosófico del mito, las religiones antiguas y el surgimiento del cristianismo. Planteó estos temas como una "filosofía positiva" asentada en la realidad histórica y no solo en la deducción abstracta.

Invitado a la Universidad de Berlín bajo patrocinio real, impartió clases ante auditorios abarrotados, pues el público buscaba una alternativa a la escuela hegeliana dominante. Asistieron pensadores como Søren Kierkegaard y Mijaíl Bakunin, alimentando debates sobre libertad, fe e historia.

A medida que se intensificaban las expectativas y las polémicas en Berlín, redujo su presencia pública y trabajó de manera más privada en manuscritos. El episodio evidenció la dificultad de presentar su filosofía tardía en un clima marcado por la agitación política y el faccionalismo académico.

Murió en Bad Ragaz durante un viaje, dejando un legado que influyó en corrientes existenciales, religiosas y de la psicología profunda. Ediciones póstumas y apuntes de estudiantes ayudaron a difundir por Europa sus ideas tardías sobre libertad, mitología y revelación.