Nació en el noble clan Minamoto en Kioto. Su padre era probablemente un alto funcionario de la corte. Su nacimiento privilegiado le dio acceso a una excelente educación y a la refinada atmósfera cultural de la aristocracia Heian.

Perdió a su padre a los tres años. Este encuentro temprano con la impermanencia afectó profundamente su visión del mundo y su desarrollo espiritual posterior, despertando en él preguntas sobre la naturaleza de la vida y la muerte.

Su madre falleció cuando tenía siete años. Según la tradición, en su lecho de muerte le instó a convertirse en monje y buscar la verdad del budismo. Este momento cristalizó su resolución de seguir el camino religioso.

Ingresó al monasterio Tendai en el monte Hiei y fue formalmente ordenado como monje budista. Recibió los preceptos y comenzó su riguroso estudio de la doctrina budista en la prestigiosa tradición Tendai.

Enfrentó la pregunta fundamental que impulsaría su búsqueda espiritual: si todos los seres poseen naturaleza de Buda como enseñan los sutras, ¿por qué debemos practicar para alcanzar la iluminación? Esto se conoció como su 'Gran Duda'.

Insatisfecho con las respuestas en el monte Hiei, descendió la montaña y entró al templo Kennin-ji para estudiar Zen Rinzai bajo el maestro Myozen. Esto marcó su giro decisivo hacia la práctica Zen.

Viajó a la China Song con su maestro Myozen para buscar la transmisión auténtica del Zen. Este peligroso viaje por mar representaba su compromiso de encontrar el verdadero dharma en su fuente, sin importar las dificultades.

Alcanzó la iluminación bajo el maestro Rujing en el monasterio Tiantong. Durante una meditación matutina, cuando Rujing reprendió a un monje dormido diciendo 'cuerpo y mente abandonados', Dogen experimentó un profundo despertar y recibió la transmisión del dharma.

Regresó a Japón llevando el linaje auténtico del Zen Soto de China. Cuando le preguntaron qué había traído, respondió célebremente 'con las manos vacías' - no habiendo ganado nada excepto el abandono del cuerpo y la mente.

Compuso el Fukanzazengi (Recomendación universal para el zazen), su primera obra importante explicando la práctica del shikantaza - meditación de 'simplemente sentarse' sin buscar nada. Este texto se volvió fundamental para la práctica del Zen Soto.

Estableció Kosho-ji, el primer monasterio Zen independiente en Japón. Aquí comenzó a entrenar discípulos en la práctica auténtica del Zen, desarrollando las regulaciones monásticas que definirían la vida comunitaria del Zen Soto.

Comenzó a componer el Shobogenzo (Tesoro del ojo del verdadero dharma), su obra maestra filosófica escrita en japonés en lugar de chino. Esta elección sin precedentes hizo la profunda filosofía budista accesible a los lectores japoneses.

Se trasladó a las montañas remotas de la provincia de Echizen y fundó Eihei-ji, que sigue siendo el templo principal del Zen Soto hoy. El entorno severo encarnaba su enseñanza de que la práctica no debe buscar comodidad sino enfrentar la realidad directamente.

A pesar de su salud deteriorada, continuó la enseñanza y escritura intensiva en Eihei-ji. Reunió a sus discípulos y transmitió los aspectos más esenciales de su comprensión, sabiendo que su tiempo era limitado.

Viajó a Kioto buscando tratamiento médico pero falleció allí a los 53 años. Sus últimas palabras enfatizaron que el verdadero dharma había sido transmitido a Japón. Su cuerpo fue devuelto a Eihei-ji donde sus enseñanzas continúan hasta el día de hoy.