Nació como segundo hijo de Mōri Hiromoto, jefe del pequeño clan Mōri en la provincia de Aki. Los Mōri eran un clan menor atrapado entre poderosos vecinos, con perspectivas de supervivencia inciertas. Su nombre de nacimiento fue Matsujumaru, tomando más tarde el nombre adulto Motonari.

Perdió a su madre a la temprana edad de tres años, lo que lo dejó en una posición vulnerable dentro de la estructura política del clan. Esta pérdida temprana moldeó su comprensión de la fragilidad de la vida y la importancia de los vínculos familiares, temas que definirían sus enseñanzas posteriores a sus propios hijos.

Su padre Hiromoto murió, dejando el clan en manos de su hermano mayor Okimoto. Como segundo hijo, Motonari fue enviado a vivir a un castillo secundario y en gran parte ignorado por el liderazgo del clan. Este período de aislamiento le enseñó autosuficiencia y observación cuidadosa.

Después de las muertes sucesivas de su hermano Okimoto y su sobrino Kōmatsumaru, Motonari se convirtió inesperadamente en jefe del clan Mōri a los diecinueve años. Heredó un clan de fuerza modesta, rodeado de poderosos vecinos como los Ōuchi y Amago que amenazaban con absorberlos.

Obtuvo su primera victoria militar significativa contra enemigos internos en la batalla de Kagamiyama. Esta batalla demostró sus capacidades tácticas y aseguró su posición como jefe del clan. Empleó el engaño y el posicionamiento estratégico que se convertirían en sellos distintivos de su carrera militar.

Formó una alianza estratégica con el poderoso clan Ōuchi, sometiéndose nominalmente mientras utilizaba la relación para fortalecer el poder de los Mōri. Esta maniobra diplomática ejemplificó su filosofía de expansión paciente, usando alianzas para ganar tiempo y recursos.

Defendió exitosamente el castillo Yoshida Kōriyama contra un asedio masivo del clan Amago, una de las fuerzas más poderosas del oeste de Japón. Sus brillantes tácticas defensivas y su capacidad para mantener la moral durante el largo asedio establecieron su reputación como maestro estratega.

El clan Ōuchi, antes señores de Motonari, colapsó debido a una rebelión interna de Sue Harukata. Motonari vio una oportunidad en este caos y comenzó a planificar la absorción de los antiguos territorios Ōuchi mientras parecía permanecer neutral en el conflicto.

Obtuvo su mayor victoria en la batalla de Itsukushima, destruyendo las fuerzas de Sue Harukata mediante un brillante asalto anfibio. Atrajo al ejército mayor de Sue a la pequeña isla, luego atacó con fuerzas navales superiores. Esta victoria se considera uno de los mayores logros tácticos en la historia militar japonesa.

Completó la destrucción de las fuerzas Ōuchi restantes, poniendo todos sus antiguos territorios bajo control Mōri. Esta campaña transformó a los Mōri de un pequeño clan provincial en la potencia dominante del oeste de Japón, controlando múltiples provincias y vastos recursos.

Impartió su famosa lección de las tres flechas a sus tres hijos: Takamoto, Motoharu y Takakage. Demostró que una sola flecha se rompe fácilmente, pero tres flechas atadas juntas no pueden romperse. Esta lección se volvió legendaria como símbolo de unidad y cooperación familiar.

Después de años de guerra, finalmente conquistó la provincia de Izumo del clan Amago, sus enemigos de toda la vida. Esta victoria vengó el asedio de 1540 y eliminó la última gran amenaza a la dominación Mōri en el oeste de Japón. La campaña mostró su enfoque paciente y metódico de la guerra.

Su hijo mayor y heredero designado Takamoto murió, posiblemente envenenado. Esta tragedia obligó al envejecido Motonari a reestructurar sus planes de sucesión. Elevó a su nieto Terumoto como nuevo heredero mientras sus dos hijos supervivientes apoyarían como pilares del clan.

El clan Mōri alcanzó su mayor extensión territorial, controlando diez provincias en el oeste de Japón. Motonari había transformado un clan menor en una de las fuerzas más poderosas del país. Sus hijos gestionaban diferentes dominios mientras mantenían la unidad según su filosofía de las tres flechas.

Murió en el castillo Yoshida Kōriyama a los setenta y cuatro años, habiendo expandido el territorio Mōri de una a diez provincias. Su legado como la mente estratégica más grande de Japón perduró a través de sus hijos y nietos, quienes mantuvieron el poder Mōri hasta la era Edo. Su enseñanza de las tres flechas sigue siendo un proverbio famoso.