Nació en un pueblo pesquero llamado Kominato en la provincia de Awa, correspondiente a la actual prefectura de Chiba. Su humilde origen como hijo de pescadores influyó posteriormente en su pasión por desafiar las autoridades religiosas.

Comenzó sus estudios budistas en el templo local Seichoji. Aquí entró en contacto por primera vez con el Sutra del Loto y las enseñanzas budistas, iniciando su búsqueda de toda la vida por la verdad religiosa.

Fue ordenado oficialmente como monje en el templo Seichoji y recibió el nombre budista Zenshobo Rencho. Después comenzó su viaje en busca de las verdaderas enseñanzas del budismo japonés.

Viajó a Kamakura, entonces el centro político de Japón, para estudiar las diferentes escuelas budistas. Profundizó en las enseñanzas del Zen, el budismo de la Tierra Pura y el budismo esotérico.

Estudió en el templo Enryakuji en el monte Hiei, la sede principal de la escuela Tendai. Aquí profundizó su comprensión del Sutra del Loto y ganó la convicción de que era la enseñanza suprema de Shakyamuni.

En el templo Seichoji, recitó por primera vez Nam-myoho-renge-kyo en la Sala Pura y declaró que solo el Sutra del Loto era el único camino hacia la verdad. El budismo Nichiren quedó así fundado, y tomó el nombre de Nichiren (Loto del Sol).

Presentó el Risshō Ankoku Ron al ex regente Hojo Tokiyori, argumentando que los desastres resultaban de falsas enseñanzas budistas. Atacó el budismo de la Tierra Pura e instó al shogunato a adoptar el Sutra del Loto, lo que desencadenó su persecución.

Fue exiliado a la península de Izu debido a la ira de las autoridades. A pesar de las duras condiciones, continuó enseñando sin descanso y fue indultado aproximadamente dos años después, regresando a Kamakura.

Fue atacado por seguidores del budismo de la Tierra Pura, recibiendo una profunda herida en la frente y un brazo roto. Dos de sus discípulos fueron asesinados, pero Nichiren sobrevivió por poco.

Envió cartas al shogunato advirtiendo de una invasión extranjera inminente. Ese mismo año, el kan mongol Kublai envió emisarios exigiendo la sumisión de Japón, confirmando su profecía y aumentando su reputación entre sus seguidores.

Fue arrestado por el shogunato y llevado al lugar de ejecución de Tatsunokuchi. Según la leyenda, justo antes de la ejecución apareció un orbe luminoso en el cielo, asustando a los verdugos e interrumpiendo la ejecución. Nichiren lo consideró como protección divina del Sutra del Loto.

En lugar de ser ejecutado, fue exiliado a la desolada isla de Sado, donde apenas sobrevivió a las duras condiciones. Sin embargo, en ese ambiente hostil completó algunas de sus obras más importantes, incluyendo el Kaimoku Sho y el Kanjin no Honzon Sho.

Regresó a Kamakura después de aproximadamente tres años de exilio en Sado. Era el año de la primera invasión mongola, y el shogunato lo indultó en medio de la crisis. Tras su regreso, continuó propagando la fe del Sutra del Loto.

Después de que el shogunato rechazara sus consejos, Nichiren se retiró al monte Minobu. Pasó el resto de su vida formando discípulos y escribiendo. El monte Minobu se convirtió posteriormente en el templo principal del budismo Nichiren.

Debido al deterioro de su salud, dejó Minobu para buscar tratamiento en aguas termales, pero su condición empeoró en Ikegami, donde murió pacíficamente, rodeado de sus discípulos. Sus restos fueron enterrados en el monte Minobu.