Nació en el clan Kiyowara. Su padre Kiyowara no Motosuke era un famoso poeta y erudito, uno de los compiladores de la antología Gosen Wakashū. Este ambiente literario sentó las bases para sus futuras creaciones.

Se casó con el noble Tachibana no Norimitsu. Este matrimonio terminó en divorcio, pero le proporcionó una primera visión de la vida cortesana que se reflejaría en sus obras posteriores.

Dio a luz a un hijo llamado Tachibana no Norinaga con Tachibana no Norimitsu, quien más tarde se convirtió en funcionario. A pesar del divorcio, la relación madre-hijo siguió siendo importante en su vida.

Comenzó a servir como dama de corte junto a la emperatriz Teishi, esposa del emperador Ichijō. Esta posición le dio acceso a los círculos más refinados de la cultura japonesa y a las mentes más brillantes de su tiempo.

Se hizo famosa por sus ingeniosas réplicas en la corte. En un incidente célebre, respondió a un desafío de Fujiwara no Yukinari con un verso elegante, demostrando su excepcional talento literario y agudeza mental.

Comenzó a escribir su obra maestra, El libro de la almohada. Esta colección única documenta la vida cortesana a través de listas, anécdotas y observaciones personales, fundando el género japonés zuihitsu.

Se convirtió en la figura central del salón literario de la emperatriz Teishi. Este salón era uno de los centros culturales más brillantes del período Heian, rival del círculo de Murasaki Shikibu junto a la emperatriz Shōshi.

Fujiwara no Michinaga ascendió al poder y la familia de la emperatriz Teishi perdió influencia. A pesar de las turbulencias políticas, Sei Shōnagon permaneció fielmente dedicada a su señora, lo que se refleja en El libro de la almohada.

Completó las partes principales de El libro de la almohada. La obra comenzó a circular en la corte, y sus agudas observaciones sobre las estaciones, las personas y la vida cotidiana fueron ampliamente aclamadas, estableciendo su reputación como la principal ensayista de su tiempo.

Su amada señora la emperatriz Teishi murió poco después del parto, con solo veinticuatro años. Este trágico evento puso fin a los años más gloriosos de Sei Shōnagon en la corte y constituye el trasfondo de los pasajes más conmovedores de El libro de la almohada.

Dejó la vida cortesana tras la muerte de la emperatriz Teishi. Se sabe poco sobre su vida posterior; posiblemente se volvió a casar o se retiró, pero continuó revisando El libro de la almohada.

Se dice que se casó con Fujiwara no Muneyo, un funcionario provincial, y posiblemente lo siguió a su jurisdicción. Este período permanece poco documentado, añadiendo un aura de misterio a su vida.

El libro de la almohada circuló ampliamente en la sociedad aristocrática y fue considerado un modelo de literatura en prosa. La obra ejerció una profunda influencia en la literatura japonesa, estableciendo el zuihitsu como forma literaria independiente.

Completó la revisión final de El libro de la almohada. La obra completa comprende unas trescientas secciones que abarcan las estaciones, ceremonias cortesanas, retratos de personajes y reflexiones personales, convirtiéndose en una de las obras en prosa más importantes de la literatura japonesa.

Existen pocos registros sobre sus últimos años. Las leyendas hablan de un final en la pobreza, pero esto podría ser atribución posterior. En cualquier caso, sus logros literarios han trascendido el tiempo.

Falleció, fecha y lugar exactos desconocidos. Su Libro de la almohada ha perdurado durante un milenio y figura junto a La historia de Genji de Murasaki Shikibu como una de las dos grandes obras maestras de la literatura Heian, influyendo en innumerables autores posteriores.