Né Prince Yamabe, fils du Prince Shirakabe (futur Empereur Kōnin) et de Takano no Niigasa, femme d'origine coréenne. L'ascendance étrangère de sa mère devint plus tard un sujet politique sensible.

Le Prince Shirakabe monta sur le trône comme Empereur Kōnin à l'âge avancé de 62 ans. Cette succession inattendue rapprocha le Prince Yamabe du trône.

Désigné prince héritier après la disgrâce de son demi-frère aîné, le Prince Osabe. Les circonstances de ce changement restèrent controversées.

Monta sur le Trône du Chrysanthème comme Empereur Kanmu suite à l'abdication de son père. À 44 ans, il avait déjà des visions claires pour les réformes gouvernementales.

Commença des réformes administratives complètes pour renforcer l'autorité impériale. Il rationalisa la bureaucratie et réduisit le pouvoir des temples bouddhistes.

Déplaça la capitale de Nara à Nagaoka-kyō, se libérant du puissant établissement bouddhiste de Nara pour un nouveau départ.

Son conseiller de confiance Fujiwara no Tanetsugu fut assassiné pendant la supervision des travaux. Le frère de l'empereur, le Prince Sawara, fut impliqué et exilé.

Lança des campagnes militaires contre les Emishi dans le nord du Japon. Ces campagnes visaient à étendre le contrôle impérial.

Déplaça à nouveau la capitale vers Heian-kyō, la 'Capitale de la Paix et de la Tranquillité'. Cette ville soigneusement planifiée servit de capitale au Japon pendant plus de mille ans.

Organisa la structure gouvernementale dans la nouvelle capitale. Il créa un système équilibré maintenant l'autorité impériale.

Nomma Sakanoue no Tamuramaro Sei-i Taishōgun (Généralissime Soumetteur des Barbares). Ce titre devint plus tard la base du système shogunal.

Obtint des victoires significatives contre les Emishi sous le commandement de Tamuramaro. La frontière nord fut largement sécurisée.

Mit en œuvre des réformes pour réguler les institutions bouddhistes. Il limita le nombre de moines et contrôla les propriétés des temples.

Accepta le conseil d'arrêter les coûteuses campagnes Emishi et les grands projets de construction. La décision vint après des décennies de dépenses militaires.

Abdiqua en faveur de son fils, qui devint l'Empereur Heizei. Bien que de santé déclinante, Kanmu resta influent jusqu'à ses derniers jours.

Mourut peu après son abdication à l'âge de 69 ans. Il laissa derrière lui un Japon transformé avec une nouvelle capitale qui allait perdurer plus d'un millénaire.