後宇多天皇の第二皇子、尊治親王として誕生。皇室は対立する系統に分裂し、鎌倉幕府の監督下で皇位が交互に継承されていた。この複雑な政治状況への誕生が、天皇親政復活という生涯の使命を形作ることとなった。

漢籍、詩歌、書道、仏典について包括的な教育を受けた。特に仲介者なしに直接統治した聖王の理想的なビジョンに惹かれた。この古典教育が、天皇は君臨するのみならず統治すべきという信念を育んだ。

第九十六代天皇として即位。傀儡の地位を受け入れた先代たちとは異なり、直ちに実質的な天皇権力の回復を画策し始めた。幕府の支配に不満を抱く公卿、武家、寺社勢力の支持を培った。

鎌倉幕府に対する最初の謀反が発覚した。計画は裏切り者によって露見し、支持者数名が処罰された。しかし幕府は廃位を見送り、表面上は服従の姿勢を見せながら密かに天皇親政復活の計画を続けることができた。

二度目の謀反も発覚し、三種の神器を携えて京都から脱出を余儀なくされた。笠置山に臨時の朝廷を設け、忠臣たちに幕府打倒の挙兵を呼びかけた。山城は最終的に陥落したが、彼の脱出は全国的な倒幕運動の火を点じた。

捕らえられ、日本海の孤島、隠岐島に流された。幕府は別の天皇を擁立したが、後醍醐は退位を拒否し、自らが正統な天皇であると主張し続けた。その揺るぎない姿勢が、楠木正成らの忠臣たちの抵抗を鼓舞した。

地元の支持者の助けを得て、隠岐島からの大胆な脱出を決行した。本土に上陸し、船上山で兵を集めた。この脱出は国中を沸き立たせ、迷っていた多くの武士たちに、腐敗した幕府に対して天が皇室に味方していると確信させた。

足利尊氏が寝返って京都の幕府軍を滅ぼし、新田義貞が鎌倉を直接攻撃したことで、鎌倉幕府は崩壊した。百五十年に及ぶ武家政権は終わりを告げ、後醍醐は勝利のうちに京都に凱旋し、天皇親政を宣言した。

建武の新政を宣言し、幕府を廃して数百年ぶりに天皇親政を復活させた。政府を改革し、新たな統治機構を設け、公家と武家双方の支持者に恩賞を与えようとした。生涯の夢がついに実現した瞬間であった。

北条氏の残党が中先代の乱を起こした。足利尊氏が乱を鎮圧したが、京都に戻ることを拒否し、鎌倉で独自の勢力を築いた。この反逆的行為は、武家階級が朝廷への従属を受け入れないことを示し、内乱の前兆となった。

足利尊氏が公然と天皇に反旗を翻した。初戦での敗北後、尊氏は九州で態勢を立て直し、圧倒的な兵力で反攻した。湊川での楠木正成の壮絶な防戦も虚しく、官軍は壊滅し、後醍醐は捕らえられて神器の引き渡しを強いられた。

京都の幽閉から脱出し、山深い吉野へ逃れた。引き渡した神器は偽物であると主張し、吉野に南朝を開いた。これにより、およそ六十年にわたって続く南北朝の対立が始まった。その執念が、皇室の正統性を決して途絶えさせなかった。

山中の本拠から足利幕府への抵抗を組織した。忠臣たちは九州から東北まで日本各地で戦った。軍事的には劣勢であったが、南朝は正統な天皇による統治がいつか復活するという希望を象徴し続けた。

天皇親政復活への不屈の意志を示す最期の遺言を残した。死してなお逆賊を討たんとする決意を述べ、後継者たちに北朝と足利幕府への抗争を決して放棄しないよう命じた。

吉野の南朝で崩御した。深い悔恨を抱きながら京都を北に望んで息を引き取ったという。都を奪還せんとする揺るぎない遺志を残した。建武の新政は失敗に終わったが、その闘争は何世紀にもわたって日本の忠臣たちを鼓舞し、南朝皇統の正統性を確立した。