リオ・デ・ラ・プラタ副王領の辺境集落ヤペユで、スペイン軍士官フアン・デ・サン＝マルティンとグレゴリア・マトラスの子として生まれた。国境地帯の環境は、帝国の軍事的な生活と、グアラニの伝道所文化に家族が触れる機会となった。

父がブルボン朝の行政機構での任官を求めたことから家族はスペインへ移り、彼はより制度化された帝国社会の中で育つことになった。この移住により、軍事教育と王冠の職業将校団への道が開かれた。

ムルシア連隊で軍務を開始し、伝統的な欧州軍の中で教練、兵站、戦場規律を学んだ。初期訓練では工兵技術、射撃、厳格な階級秩序が重視され、のちの指揮様式を形作った。

スペインがフランス革命政府と開戦すると、彼はピレネーでの過酷な作戦に参加して実戦を経験した。この戦争は、近代的な大規模戦と、千七百八十九年以後に欧州へ広がる政治的衝撃を目の当たりにさせた。

革命期におけるスペインとイギリスの海軍闘争に結び付く作戦に参加し、陸戦以外の経験を積んだ。この時期は、制海権と通商破壊が帝国戦略で持つ重要性を浮き彫りにした。

ナポレオンの侵攻下、彼は苛烈な半島戦争でスペイン軍として戦い、ゲリラ戦と連合戦が勝敗を左右する現実を学んだ。王権の崩壊は、正統性と独立運動についての思考をより鋭くした。

スペイン軍を離れ、ロンドンでスペイン領アメリカの革命家たちと結び付いた。独立の連絡網が戦略と外交を論じるこの圈は、彼が帝国の将校から大陸的視野を持つ解放軍司令官へ転じる助けとなった。

五月革命で副王領が動揺し、革命政府が熟練将校を求める中でブエノスアイレスに到着した。欧州式の訓練経験を携え、派閥政治を見極めながらも愛国派指導者の信頼を素早く得た。

騎馬擲弾兵連隊を組織し、厳格な規律と実力本位の昇進で精鋭騎兵を鍛え上げた。この部隊は愛国派軍の職業的中核となり、のちにアルゼンチン軍事伝統の象徴ともなった。

サン・ロレンソで迅速な騎兵突撃を指揮し、スペイン王党派の上陸を攪乱して河川補給路を守った。この勝利は愛国派の士気を高め、奇襲、速度、練度の高い部隊運用を好む彼の指向を示した。

メンドーサに配置されると、クヨ地方を戦略的後方基地として編成し、資源、工房、諜報を動員した。市民と、ベルナルド・オイギンスら同盟者の支援を得て、ペルーを迂回する越アンデス作戦の準備を進めた。

トゥクマン会議が独立を宣言すると、アルゼンチン、チリ、ペルーを結ぶ統一計画を強く主張した。訓練を拡充し、武器を備蓄し、ラバ隊を組織して、メンドーサを解放戦の兵站工廠へと変えた。

複数の峠を用いる大胆なアンデス越えを実行し、欺瞞、綿密な時機判断、規律ある兵站で兵と家畜の行軍を支えた。この機動は王党派の意表を突き、史上屈指の過酷な軍事行進として記憶されている。

チャカブコで王党派の防衛線を突破し、サンティアゴへの道を開いて愛国派政府の復活を実現した。彼は個人的な権力を辞退し、オイギンスを最高指導者として支えて、野心より統一を優先した。

挫折と王党派の圧力が再燃する中で兵力を再結集し、サンティアゴ近郊マイプで決定的勝利を収めた。この勝利はチリ独立を固め、のちのペルー遠征に必要な安全な拠点を提供した。

チリの支援と、トマス・コクレーン提督に結び付く海軍支援のもとで北上し、ペルーにおける王党派の要地を突くために上陸した。遠征は外交と圧力を組み合わせ、高地での破滅的な正面戦を避けることを狙った。

リマに入城してペルー独立を宣言し、新国家を安定させるため保護官の称号を受けた。彼の政権は制度整備を進め、漸進的改革を試みつつ、対立する有力者層と王党派抵抗の中で正統性を追求した。

グアヤキルでシモン・ボリバルと会い、王党派に対する最終作戦の戦略と指揮権の在り方を協議した。その後まもなく保護官職を辞し、自ら身を引くことで独立指導者間の内戦を防ぐ道を選んだ。

妻レメディオス・デ・エスカラダの死と派閥抗争の激化を受け、娘メルセデスとともに欧州へ渡った。亡命は悲嘆の表れであると同時に、新共和国で党派的な地方軍閥になることを拒む意志でもあった。

晩年は公的政治から距離を置き、遠くから情勢を見守りつつ静かに暮らした。ブローニュ＝シュル＝メールで没し、大陸規模の戦略家としての遺産と、戦場の功績に見合う節度を残した。