스페인의 지배를 받던 마닐라의 한 구역인 톤도에서 노동자 계층 타갈로그 가정에서 태어났다. 아버지는 산티아고 보니파시오, 어머니는 카탈리나 데 카스트로였으며, 어린 시절의 고난은 사회적 불의에 대한 날카로운 감각을 길러 주었다.

부모가 세상을 떠난 뒤 어린 동생들을 돌보며 이른 나이에 정규 교육을 그만두었다. 소규모 장사와 임금 노동으로 집안을 부양하며, 식민지 마닐라의 가혹한 경제 속에서 자립심을 익혔다.

마닐라에 유통되던 정치·역사 관련 서적을 비롯해 스페인어와 번역서를 읽으며 스스로 학습했다. 또한 지역 연극 활동과 토론 모임에 참여해 연설력과 조직 감각을 다듬었다.

마닐라의 상업 업체들과 연계된 심부름꾼, 서기, 창고 관리 등 여러 일을 했다. 식민지의 불평등과 불안정한 노동 현실을 매일 겪으며 노동자와 도시 빈민에 대한 공감이 깊어졌다.

스페인 통치 아래에서 평화적 개혁과 시민적 결속을 추구한 호세 리살의 단체에 참여했다. 그러나 리살이 곧 체포되어 유배되자, 합법적 개혁만으로는 성공할 수 없다는 확신을 굳혔다.

1892년 7월, 가까운 동지들과 함께 혁명을 통해 독립을 이루려는 비밀 결사를 조직했다. 의식, 암호 문서, 지역 소조직을 활용해 마닐라와 인근 주로 조용히 확산시켰다.

카티푸난의 최고 지도자로 올라 모집, 규율, 비밀 연락을 이끌었다. 그의 지휘 아래 조직은 평의회 체계, 가입 의식, 혁명적 출판 문화를 발전시켰다.

카티푸난의 상징적 인물로 기억되는 그레고리아 데 헤수스와 결혼했으며, 그는 문서를 지키고 연락을 전달하는 역할을 했다. 두 사람의 협력은 마닐라와 변두리를 잇는 전달망과 회합 운영을 뒷받침했다.

조직은 구성원을 고무하고 실제보다 강한 존재감을 보여 주기 위해 신문을 배포했다. 에밀리오 하신토 같은 필자들이 메시지를 다듬었고, 보니파시오는 이를 통해 단결과 무장 투쟁 준비를 호소했다.

1896년 8월, 스페인 식민 경찰이 카티푸난 활동을 적발해 마닐라에서 체포와 급습이 이어졌다. 탄압 속에서 보니파시오와 평의회는 도피, 은폐, 공개 봉기 중 무엇을 택할지 신속히 결정해야 했다.

혁명가들은 마닐라 외곽에 모여 스페인 권위를 거부한다는 뜻으로 신분 증서를 찢는 상징적 행동을 했다. 보니파시오의 봉기 촉구는 필리핀 혁명의 공개적 시작을 알렸고 새로운 참여자를 결집시켰다.

산후안 델 몬테 등지에서 초기 작전을 지휘하는 데 관여했으며, 무장이 부족한 반군은 훈련된 스페인군과 맞섰다. 초기의 좌절은 무기 확보, 작전 조율, 마닐라를 넘어선 지역 지도력의 필요성을 드러냈다.

호세 리살이 바굼바얀에서 총살형을 당해 많은 필리핀인들에게 충격을 주었고 반식민 감정은 더 단단해졌다. 보니파시오의 운동에서 그 처형은 스페인 억압과 희생을 상징하는 강력한 표지가 되었다.

테헤로스 회의에서 전장에서 영향력이 커진 카비테 세력을 중심으로 혁명 권한을 둘러싼 논쟁이 벌어졌다. 보니파시오는 불공정하다고 본 절차에 이의를 제기했고, 에밀리오 아기날도가 선출된 대통령으로 부상했다.

보니파시오와 지지자들은 절차상의 문제를 항의하고 카티푸난의 본래 사명을 지키기 위해 테헤로스 성명에 서명했다. 그는 이후 카비테 엘리트 바깥에서 권위를 조직하려 했고, 이는 혁명 내부의 분열을 더욱 깊게 만들었다.

충돌 이후 새 혁명 정부에 충성하는 병력에 의해 보니파시오와 동생 프로코피오가 붙잡혔다. 체포 과정에서 부상을 입었다는 보고도 있어, 스페인에 맞선 단결보다 내부 권력 다툼이 앞서게 되었음을 보여 준다.

혁명 정부 아래 소집된 군사 법정은 그가 권위를 훼손했다고 기소했다. 절차와 평결은 지금도 논란이 크며, 동료들은 이것이 정의라기보다 파벌 정치의 산물이라고 주장했다.

감형을 요청하는 호소에도 불구하고 형이 집행되어 보니파시오와 프로코피오는 처형되었다. 그의 죽음은 카티푸난의 창립 지도자를 역사에서 지워 버렸고, 정통성, 순교, 그리고 혁명의 방향을 둘러싼 논쟁을 오래 남겼다.