교토의 명문 미나모토 가문에서 태어났다. 아버지는 고위 조정 관리였던 것으로 알려져 있다. 고귀한 출신 덕분에 훌륭한 교육과 헤이안 귀족의 세련된 문화적 분위기 속에서 성장했다.

세 살에 아버지를 여의었다. 이 어린 시절의 무상함과의 만남은 그의 세계관과 이후 영적 발달에 깊은 영향을 미쳤고, 삶과 죽음의 본질에 대한 물음을 일깨웠다.

일곱 살 때 어머니를 여의었다. 전승에 따르면, 어머니는 임종 때 그에게 출가하여 불법의 진리를 구하라고 당부했다. 이 순간이 종교적 길을 걷겠다는 결심을 굳히게 했다.

히에이산의 천태종 사원에 들어가 정식으로 승려로 득도했다. 계를 받고 권위 있는 천태종 전통 아래 불교 교학을 엄격하게 수학하기 시작했다.

그의 영적 탐구를 이끌게 될 근본적인 물음에 직면했다. 경전이 가르치듯 모든 존재에 불성이 있다면, 왜 깨달음을 얻기 위해 수행해야 하는가? 이것은 그의 '대의문'으로 알려지게 되었다.

히에이산의 답변에 만족하지 못해 산을 내려와 겐닌지에 들어가 묘젠 선사 아래 임제선을 배웠다. 이는 선 수행으로의 결정적인 전환점이 되었다.

스승 묘젠과 함께 남송 중국으로 건너가 정통 선의 법맥을 구했다. 이 위험한 바다 여행은 어떤 고난도 마다하지 않고 진정한 불법을 그 원천에서 찾겠다는 그의 결의를 보여주었다.

천동산 여정 선사 아래서 깨달음을 얻었다. 이른 아침 좌선 중, 여정이 졸고 있던 승려를 '신심탈락'이라 꾸짖었을 때, 도겐은 깊은 깨달음을 경험하고 법을 이었다.

중국에서 정통 조동선의 법맥을 가지고 일본에 돌아왔다. 무엇을 가지고 왔느냐는 질문에 '빈손으로 돌아왔다'고 유명하게 답했다. 얻은 것은 오직 신심탈락뿐이었다.

첫 번째 주요 저작 『보권좌선의』를 저술하여 아무것도 구하지 않고 그저 앉는 지관타좌 수행을 설명했다. 이 책은 조동선 수행의 기초가 되었다.

일본 최초의 독립적인 선 사찰인 고쇼지를 세웠다. 이곳에서 제자들에게 정통 선 수행을 가르치기 시작했고, 조동종 승가 생활을 규정하는 청규를 발전시켰다.

그의 철학적 대작 『정법안장』의 집필을 시작했다. 한문이 아닌 일본어로 쓰는 전례 없는 선택으로, 심오한 불교 철학을 일본 독자들에게 열어주었다.

에치젠국의 깊은 산속으로 이주하여 에이헤이지를 창건했다. 에이헤이지는 오늘날까지 조동종의 대본산으로 남아 있다. 혹독한 환경은 수행이 안락을 구하지 않고 현실을 직면해야 한다는 그의 가르침을 구현했다.

건강이 악화되는 중에도 에이헤이지에서 집중적인 가르침과 저술을 계속했다. 제자들을 모아 남은 시간이 제한되어 있음을 알면서 자신의 깨달음의 가장 본질적인 부분을 전했다.

치료를 위해 교토로 갔으나 그곳에서 53세로 입적했다. 마지막 말씀은 진정한 불법이 일본에 전해졌음을 강조하는 것이었다. 유해는 에이헤이지로 돌아갔고, 그의 가르침은 오늘날까지 이어지고 있다.