Nasceu numa família tagalo da classe trabalhadora em Tondo, então um distrito de Manila sob domínio espanhol. Os seus pais foram Santiago Bonifacio e Catalina de Castro, e as dificuldades precoces moldaram nele um forte sentido de injustiça social.

Após a morte dos pais, ajudou a criar os irmãos mais novos e abandonou cedo a escola formal. Sustentou a casa com pequeno comércio e trabalho assalariado, aprendendo a autossuficiência na dura economia colonial de Manila.

Dedicou-se ao autoestudo, lendo obras em espanhol e traduções, incluindo textos políticos e históricos que circulavam em Manila. Também participou em teatro comunitário e círculos de debate, aperfeiçoando a oratória e o instinto de organização.

Bonifacio trabalhou como mensageiro, escriturário e bodegueiro ligado a casas comerciais de Manila. A experiência diária de desigualdade colonial e insegurança laboral aprofundou a sua solidariedade com os trabalhadores e os pobres urbanos.

Envolveu-se na La Liga Filipina de José Rizal, que defendia reformas pacíficas e unidade cívica sob o domínio espanhol. A prisão e o exílio de Rizal pouco depois convenceram Bonifacio de que a reforma legal, por si só, não teria êxito.

Em julho de 1892, ele e companheiros próximos criaram o Katipunan como uma sociedade secreta comprometida com a independência por via revolucionária. Com ritos, documentos codificados e células locais, espalhou-se discretamente por Manila e províncias próximas.

Ascendeu à liderança do Katipunan como Supremo, orientando o recrutamento, a disciplina e as comunicações clandestinas. Sob a sua direção, a organização desenvolveu conselhos, rituais de iniciação e uma cultura de imprensa revolucionária.

Casou-se com Gregoria de Jesus, mais tarde lembrada como a Lakambini do Katipunan, que protegia documentos e transmitia mensagens. A parceria entre ambos sustentou rotas de mensageiros e a logística de reuniões em Manila e arredores.

O Katipunan fazia circular o Kalayaan para inspirar os membros e projetar força para além dos seus recursos reais. Autores como Emilio Jacinto ajudaram a moldar a mensagem, enquanto Bonifacio o usava para apelar à unidade e à preparação para a luta armada.

Em agosto de 1896, a polícia colonial espanhola descobriu atividades do Katipunan, desencadeando prisões e rusgas em Manila. A repressão obrigou Bonifacio e os conselhos a decidir rapidamente entre fugir, esconder-se ou avançar para a revolta aberta.

Revolucionários reuniram-se nos arredores de Manila e rasgaram simbolicamente as suas cédulas para rejeitar a autoridade espanhola. O apelo de Bonifacio à insurreição marcou o início público da Revolução Filipina e atraiu novos recrutas.

Ajudou a dirigir operações iniciais em zonas como San Juan del Monte, onde rebeldes mal armados enfrentaram tropas espanholas treinadas. Os primeiros reveses revelaram a necessidade de armas, coordenação e liderança regional para além de Manila.

José Rizal foi executado por fuzilamento em Bagumbayan, chocando muitos filipinos e endurecendo o sentimento anticolonial. Para o movimento de Bonifacio, a execução tornou-se um símbolo poderoso de repressão espanhola e de sacrifício.

Na Convenção de Tejeros, facções debateram a autoridade revolucionária à medida que as forças de Cavite ganhavam destaque no campo de batalha. Bonifacio contestou procedimentos que considerou injustos, enquanto Emilio Aguinaldo emergiu como presidente eleito.

Bonifacio e apoiantes assinaram a Acta de Tejeros para protestar irregularidades e defender o mandato original do Katipunan. Depois tentou organizar a autoridade fora da elite de Cavite, aprofundando as divisões dentro da revolução.

Bonifacio e o irmão Procopio foram capturados por tropas leais ao novo governo revolucionário após um confronto. Relatos referem ferimentos durante a detenção, ilustrando como as lutas internas de poder ultrapassaram a unidade contra a Espanha.

Um tribunal militar reunido sob o governo revolucionário acusou Bonifacio de minar a autoridade. O processo e o veredito continuam controversos, pois aliados argumentaram que o julgamento refletiu mais a política faccional do que a justiça.

Bonifacio e Procopio foram executados após a sentença ser cumprida, apesar de apelos por clemência. A sua morte afastou o fundador do Katipunan, deixando um debate duradouro sobre legitimidade, martírio e o rumo da revolução.