Nasceu em Quioto como filho mais velho do xogum Ashikaga Yoshiakira. Seu nascimento ocorreu durante um período turbulento quando o Japão estava dividido entre as Cortes do Norte e do Sul, cada uma reivindicando legitimidade imperial.

Seu pai Yoshiakira morreu, e apesar de ter apenas nove anos, Yoshimitsu herdou a posição de xogum. O influente Hosokawa Yoriyuki serviu como seu regente, governando o xogunato durante sua menoridade.

Formalmente investido como o terceiro xogum Muromachi. Embora jovem, começou a aprender as complexas artes do governo e estratégia militar sob a orientação cuidadosa de seu regente, preparando-se para seu papel futuro.

Construiu sua magnífica residência conhecida como o 'Palácio das Flores' no distrito de Muromachi. Este palácio opulento tornou-se o centro do poder político e deu nome ao xogunato, simbolizando sua crescente autoridade.

Demitiu seu regente Hosokawa Yoriyuki do poder, afirmando sua independência e começando seu governo pessoal. Isso marcou o início de seu envolvimento político direto e sua ambiciosa consolidação de poder.

Subjugou com sucesso o poderoso clã Toki da província de Mino, demonstrando sua capacidade militar e determinação para centralizar o poder. Esta vitória reduziu significativamente o poder dos governadores militares regionais.

Esmagou a Rebelião de Meitoku liderada pelo clã Yamana, que controlava onze províncias. Esta vitória decisiva eliminou seus rivais mais poderosos e estabeleceu a supremacia do xogunato sobre todas as casas guerreiras.

Alcançou a histórica unificação das Cortes do Norte e do Sul, encerrando sessenta anos de divisão imperial. Através de negociações hábeis, convenceu a Corte do Sul a entregar as insígnias imperiais, trazendo paz ao Japão.

Renunciou formalmente à posição de xogum, passando o título para seu filho jovem Yoshimochi. No entanto, manteve o poder real como 'Governante Recolhido', continuando a controlar o governo nos bastidores.

Fez votos budistas e assumiu o nome religioso Dogi. Esta retirada para a vida religiosa foi em grande parte cerimonial, permitindo-lhe maior liberdade de ação enquanto mantinha sua influência política e atividades culturais.

Começou a construção de sua vila de aposentadoria em Kitayama, que se tornaria o famoso Kinkaku-ji (Pavilhão Dourado). O exterior coberto de folha de ouro simbolizava sua riqueza e refinado gosto estético.

Suprimiu a Rebelião de Ōei liderada pelo poderoso clã Ōuchi. Esta vitória consolidou ainda mais sua autoridade e demonstrou que mesmo aposentado, ele permanecia como o poder militar e político supremo no Japão.

Estabeleceu relações diplomáticas oficiais com a China Ming, aceitando o título de 'Rei do Japão' do imperador chinês. Esta decisão controversa abriu o lucrativo comércio de talismãs que enriqueceu enormemente o xogunato.

A primeira missão comercial oficial da China Ming chegou ao Japão. O sistema de comércio de talismãs trouxe imensa riqueza através da troca de cobre, enxofre e espadas japonesas por seda, porcelana e moedas chinesas.

Morreu em sua vila de Kitayama aos 49 anos de idade, possivelmente de doença. Havia rumores de que ele aspirava se tornar imperador, mas sua morte súbita encerrou tais ambições. Sua vila de Kitayama foi convertida no templo Rokuon-ji.