Nasceu como filha mais velha de Hojo Tokimasa, líder de um clã guerreiro local na província de Izu. O clã Hojo era uma família guerreira menor nessa época, mas o nascimento de Masako eventualmente levaria à sua ascensão como os verdadeiros governantes do Japão.

Casou-se com Minamoto no Yoritomo, um príncipe exilado do clã Minamoto que estava sob a supervisão de seu pai. Sua união foi inicialmente rejeitada por seu pai, mas a determinação de Masako prevaleceu, e o casamento remodelaria a história japonesa.

Yoritomo levantou um exército contra o clã Taira, iniciando a Guerra Genpei. Masako apoiou seu marido durante todo o conflito, administrando os assuntos em sua base de Kamakura enquanto ele conduzia campanhas militares por todo o Japão.

Deu à luz seu primeiro filho, Minamoto no Yoriie, que mais tarde se tornaria o segundo xogum. Como mãe do herdeiro do xogunato, a importância política de Masako cresceu significativamente dentro do nascente governo de Kamakura.

O clã Minamoto alcançou a vitória final sobre os Taira na Batalha de Dan-no-ura. Masako foi fundamental para manter a estabilidade em Kamakura durante os anos de guerra, estabelecendo-se como uma administradora capaz.

Yoritomo foi nomeado Sei-i Taishogun pelo Imperador, estabelecendo formalmente o Xogunato de Kamakura. Como esposa do xogum, Masako tornou-se a mulher mais poderosa do Japão, participando ativamente das decisões governamentais.

Seu marido Yoritomo morreu repentinamente após cair do cavalo. Masako fez votos budistas e tornou-se freira, mas em vez de se retirar da política, começou seu envolvimento direto na governança como a Freira-Shogun.

Ajudou a estabelecer o Conselho dos Treze para auxiliar seu jovem filho Yoriie na governança. Este conselho incluía seu pai Tokimasa e outros vassalos poderosos, marcando o início da ascensão do clã Hojo ao poder dentro do xogunato.

Tomou a difícil decisão de apoiar a deposição de seu próprio filho Yoriie da posição de xogum devido ao seu governo incompetente e errático. Isso demonstrou seu compromisso com a estabilidade do xogunato acima dos laços familiares pessoais.

Conspirou com seu irmão Yoshitoki para exilar seu próprio pai Tokimasa depois que ele tentou instalar seu enteado como xogum. Esta ação decisiva consolidou o controle dos Hojo e demonstrou o compromisso inabalável de Masako com o xogunato legítimo.

Apoiou seu irmão Yoshitoki na supressão da rebelião do clã Wada. Esta vitória fortaleceu ainda mais a dominância dos Hojo e eliminou um dos últimos rivais poderosos ao seu controle do xogunato.

Seu segundo filho e terceiro xogum Sanetomo foi assassinado por seu sobrinho no santuário Tsurugaoka Hachimangu. Esta tragédia encerrou a linhagem Minamoto, mas Masako garantiu a sobrevivência do xogunato ao arranjar um príncipe Fujiwara como o novo xogum títere.

Proferiu seu lendário discurso para reunir os samurais antes da Guerra de Jokyu, lembrando-os de suas dívidas para com o falecido Yoritomo. Suas palavras inspiraram os guerreiros a defender o xogunato contra as forças imperiais, resultando em uma vitória completa para Kamakura.

As forças do xogunato, inspiradas pelo discurso de Masako, esmagaram a rebelião imperial liderada pelo imperador aposentado Go-Toba. Esta vitória estabeleceu a supremacia do governo guerreiro sobre a corte imperial pelos séculos vindouros.

Morreu em Kamakura após décadas guiando o xogunato através de seu período mais turbulento. Masako é lembrada como uma das mulheres mais poderosas da história japonesa, cuja astúcia política garantiu a sobrevivência e prosperidade do Xogunato de Kamakura.