以益田四郎时贞之名降生于一个虔诚的潜伏基督徒家庭。其父益田好次是曾效力于基督教大名小西行长的武士。尽管德川幕府颁布了禁教令，其家族仍秘密坚守天主教信仰，在潜伏切支丹的传统中抚养年幼的四郎。

年幼时期的四郎便展现出惊人的智慧和吸引成人的独特魅力。当地基督徒开始发现他身上似乎具有神迹般的品质——关于信仰的雄辩讲述、背诵经文的能力，以及超越年龄的灵性存在感。在潜伏基督徒群体中，关于神圣之子的预言悄然传开。

从迫害开始后转入地下的潜伏传教士和基督教教师那里接受秘密宗教教育。他学习拉丁语祈祷、天主教教义，以及那些在日本为信仰献身的基督徒殉道者的故事。这段教育经历对他日后作为灵性领袖的角色至关重要。

据传殉道传教士方济各曾预言，一位神圣的少年将出现并引领基督徒。随着四郎智慧与虔诚的声名日隆，信徒们开始将他视为这个预言的应验者。他的名字「四郎」意为「第四个儿子」，似乎印证了这神圣的命运，他因此被称为「天童」。

幕府加强了对基督徒的迫害，实施了臭名昭著的「穴吊」酷刑——将人倒悬于坑穴之上。四郎亲眼目睹了社区的苦难，看着朋友和亲人被处决或被迫弃教。这些经历加深了他的决心，加强了他与受迫害的基督徒农民之间的纽带。

在继续宗教学习的同时，四郎也从曾效力于基督教大名的浪人那里接受武术和军事战略训练。这些前武士在他身上看到了能够团结受迫害信徒的潜在领袖。他学习了剑术、战术以及激励人心的技艺。

当迫害与重税使基督徒农民社区陷入绝境时，四郎崛起成为他们的主要灵性领袖。他的布道为绝望者带来希望，他在秘密集会中的出现激励着信徒们坚守信仰。前武士和社区长老们开始在日益绝望的困境中向这位少年先知寻求指引。

1637年10月，岛原农民因不堪重税和宗教迫害而揭竿起义，起义领袖们一致推选十六岁的四郎为最高统帅。尽管年幼，但他作为神选先知的声望使他成为团结基督徒起义军的完美象征人物。他被授予「总大将」的称号。

数周之内，四郎统领了约三万七千名起义军——包括男女老幼。这支队伍不仅有农民，还有浪人、前足轻（步兵）和工匠。他们高举绣有十字架、圣母玛利亚像和葡萄牙语铭文的基督教旗帜。这是德川幕府所面临的最大规模起义。

起义军占领并加固了废弃的原城，将其改造为据点。在四郎的领导下，他们将这座废墟改建成俯瞰大海的坚固防御阵地。城墙上悬挂着十字架，城内每日举行弥撒，成为基督教抵抗的象征。四郎以其年龄罕见的军事才能组织了防御工事。

当三万幕府军进攻原城时，四郎率领的起义军成功将其击退。幕府军损失超过四千人，包括数名高级将领。这场对职业武士军队的惊人胜利似乎证实了四郎受到神的庇护，信徒们更加坚信神确实与他们同在。

幕府将军队增至超过十二万五千人，开始残酷的围困。断绝补给后，起义军面临饥饿。然而在四郎的灵性引领下，他们保持着信仰和抵抗意志。他主持祈祷、布道，许诺永恒的救赎来鼓舞民众。据说连幕府军指挥官都敬佩这位年轻先知的勇气。

在一项备受争议的决定中，幕府请求荷兰人提供海军支援。为消灭天主教竞争对手，新教徒荷兰人从海上炮击原城。同为基督教根源的同胞如此背叛，彻底摧毁了守军的士气。据传四郎在承受炮击时仍为敌人的灵魂祈祷，即使面对这种终极背叛也保持着信仰。

经过三个月的围困，粮尽弹绝的饥饿守军准备进行最后的战斗。四郎率领剩余的信徒进行了最后的祈祷，然后迎接终局。幕府以压倒性兵力发动总攻。起义军战至最后一人，近三万七千名男女老幼几乎全部在这场屠杀中丧生。

天草四郎被幕府军俘获并斩首。他的首级在长崎示众，作为对其他基督徒的警告。传说他至死保持平静，不断祈祷，宽恕行刑者，为日本祈福。他十六岁的死亡结束了岛原之乱，标志着日本公开基督教活动的最终镇压，此后禁教长达两个多世纪。