他出生在当时受西班牙统治的马尼拉通多区，一个工薪阶层的塔加洛家庭。父亲为圣地亚哥·博尼法西奥，母亲为卡塔利娜·德卡斯特罗；早年的艰辛塑造了他对社会不公的尖锐感受。

父母相继离世后，他承担起抚养年幼弟妹的责任，很早便离开正规学业。他通过小额买卖与计酬工作维持家计，在殖民地马尼拉严酷的经济环境中学会自立。

他以自学方式研读西班牙语著作与译作，包括在马尼拉流传的政治与历史读物。他也参与社区戏剧与讨论圈，磨练演说能力与组织直觉。

博尼法西奥做过信差、文员与仓库管理员等工作，与马尼拉的商行体系相连。日常所见的殖民不平等与劳动不稳定，使他对工人和城市贫民的处境更为同情。

他参与了由何塞·黎刹推动的菲律宾同盟，该组织在西班牙统治下主张和平改革与公民团结。黎刹不久即被逮捕并流放，这使博尼法西奥相信仅靠合法改良难以成功。

一八九二年七月，他与亲密同志组建卡蒂普南，作为致力于以革命争取独立的秘密社团。组织通过仪式、密写文件与地方小组悄然扩散，逐步深入马尼拉及邻近省份。

他以最高领袖身份领导卡蒂普南，统筹招募、纪律与秘密联络。在其推动下，组织建立各级议会架构、入会仪式，并形成革命宣传与出版的文化。

他与格雷戈里娅·德赫苏斯结婚，后者被称为组织的女英雄，负责保管文件与传递消息。两人的合作支撑了信使路线与集会安排，使马尼拉及周边联络更为稳固。

卡蒂普南发行报刊以鼓舞成员，并在资源有限的情况下展现组织力量。埃米利奥·哈辛托等人参与撰写，博尼法西奥则借此呼吁团结并为武装斗争做好准备。

一八九六年八月，西班牙殖民警察发现卡蒂普南活动，引发在马尼拉的大规模逮捕与搜捕。镇压迫使博尼法西奥与各级议会迅速在逃亡、潜伏或公开起义之间做出抉择。

革命者在马尼拉郊外集结，以撕毁人头税证的方式象征性拒绝西班牙权威。博尼法西奥的起义号召标志着菲律宾革命公开爆发，并吸引更多人加入。

他参与指挥在圣胡安等地的初期行动，装备简陋的起义者面对训练有素的西班牙军队。早期失利暴露出武器、协同与区域领导力不足的问题，促使运动必须走出马尼拉建立更广泛的协调。

何塞·黎刹在巴贡巴延被行刑队枪决，震动了许多菲律宾人，并强化了反殖民情绪。对博尼法西奥的运动而言，这次处决成为西班牙压迫与牺牲精神的强力象征。

在特赫罗斯会议上，各派围绕革命权威展开争论，当时甲米地部队在战场上日益突出。博尼法西奥认为会议程序不公并提出抗议，而埃米利奥·阿奎纳尔多则当选为总统。

博尼法西奥与支持者签署特赫罗斯声明，抗议程序违规并捍卫卡蒂普南最初的授权。他随后试图在甲米地精英之外重建权威，使革命内部裂痕进一步加深。

在一次冲突后，博尼法西奥与其兄弟普罗科皮奥被忠于新革命政府的部队拘押。有报告称逮捕过程中出现伤害，显示内部权力斗争已压过对抗西班牙的团结。

革命政府召集军事法庭，指控博尼法西奥破坏权威。审理过程与裁决至今仍具争议，支持者认为这更反映派系政治而非公正审判。

尽管有人请求宽恕，博尼法西奥与普罗科皮奥仍被执行死刑。他的死亡使卡蒂普南的创建者退出历史舞台，并引发关于正统性、殉难与革命方向的长期争论。