以益田四郎時貞之名降生於一個虔誠的潛伏基督徒家庭。其父益田好次是曾效力於基督教大名小西行長的武士。儘管德川幕府頒布了禁教令，其家族仍秘密堅守天主教信仰，在潛伏切支丹的傳統中撫養年幼的四郎。

年幼時期的四郎便展現出驚人的智慧和吸引成人的獨特魅力。當地基督徒開始發現他身上似乎具有神蹟般的品質——關於信仰的雄辯講述、背誦經文的能力，以及超越年齡的靈性存在感。在潛伏基督徒群體中，關於神聖之子的預言悄然傳開。

從迫害開始後轉入地下的潛伏傳教士和基督教教師那裡接受秘密宗教教育。他學習拉丁語祈禱、天主教教義，以及那些在日本為信仰獻身的基督徒殉道者的故事。這段教育經歷對他日後作為靈性領袖的角色至關重要。

據傳殉道傳教士方濟各曾預言，一位神聖的少年將出現並引領基督徒。隨著四郎智慧與虔誠的聲名日隆，信徒們開始將他視為這個預言的應驗者。他的名字「四郎」意為「第四個兒子」，似乎印證了這神聖的命運，他因此被稱為「天童」。

幕府加強了對基督徒的迫害，實施了臭名昭著的「穴吊」酷刑——將人倒懸於坑穴之上。四郎親眼目睹了社區的苦難，看著朋友和親人被處決或被迫棄教。這些經歷加深了他的決心，加強了他與受迫害的基督徒農民之間的紐帶。

在繼續宗教學習的同時，四郎也從曾效力於基督教大名的浪人那裡接受武術和軍事戰略訓練。這些前武士在他身上看到了能夠團結受迫害信徒的潛在領袖。他學習了劍術、戰術以及激勵人心的技藝。

當迫害與重稅使基督徒農民社區陷入絕境時，四郎崛起成為他們的主要靈性領袖。他的布道為絕望者帶來希望，他在秘密集會中的出現激勵著信徒們堅守信仰。前武士和社區長老們開始在日益絕望的困境中向這位少年先知尋求指引。

1637年10月，島原農民因不堪重稅和宗教迫害而揭竿起義，起義領袖們一致推選十六歲的四郎為最高統帥。儘管年幼，但他作為神選先知的聲望使他成為團結基督徒起義軍的完美象徵人物。他被授予「總大將」的稱號。

數週之內，四郎統領了約三萬七千名起義軍——包括男女老幼。這支隊伍不僅有農民，還有浪人、前足輕（步兵）和工匠。他們高舉繡有十字架、聖母瑪利亞像和葡萄牙語銘文的基督教旗幟。這是德川幕府所面臨的最大規模起義。

起義軍佔領並加固了廢棄的原城，將其改造為據點。在四郎的領導下，他們將這座廢墟改建成俯瞰大海的堅固防禦陣地。城牆上懸掛著十字架，城內每日舉行彌撒，成為基督教抵抗的象徵。四郎以其年齡罕見的軍事才能組織了防禦工事。

當三萬幕府軍進攻原城時，四郎率領的起義軍成功將其擊退。幕府軍損失超過四千人，包括數名高級將領。這場對職業武士軍隊的驚人勝利似乎證實了四郎受到神的庇護，信徒們更加堅信神確實與他們同在。

幕府將軍隊增至超過十二萬五千人，開始殘酷的圍困。斷絕補給後，起義軍面臨飢餓。然而在四郎的靈性引領下，他們保持著信仰和抵抗意志。他主持祈禱、布道，許諾永恆的救贖來鼓舞民眾。據說連幕府軍指揮官都敬佩這位年輕先知的勇氣。

在一項備受爭議的決定中，幕府請求荷蘭人提供海軍支援。為消滅天主教競爭對手，新教徒荷蘭人從海上砲擊原城。同為基督教根源的同胞如此背叛，徹底摧毀了守軍的士氣。據傳四郎在承受砲擊時仍為敵人的靈魂祈禱，即使面對這種終極背叛也保持著信仰。

經過三個月的圍困，糧盡彈絕的飢餓守軍準備進行最後的戰鬥。四郎率領剩餘的信徒進行了最後的祈禱，然後迎接終局。幕府以壓倒性兵力發動總攻。起義軍戰至最後一人，近三萬七千名男女老幼幾乎全部在這場屠殺中喪生。

天草四郎被幕府軍俘獲並斬首。他的首級在長崎示眾，作為對其他基督徒的警告。傳說他至死保持平靜，不斷祈禱，寬恕行刑者，為日本祈福。他十六歲的死亡結束了島原之亂，標誌著日本公開基督教活動的最終鎮壓，此後禁教長達兩個多世紀。