生於都城，父為權勢顯赫的攝關藤原忠實，自幼在平安朝廷儀禮與統治傳統中成長。自嬰幼之時便被視為北家藤原政治機構與人脈網絡的繼承者。

在親近父親的藤原師傅指導下，接受朝廷先例、經典學養與典禮規範等菁英訓練。課程旨在使他熟稔任官、奏請與入侍天皇等宮中政務運作。

依攝關繼承人的慣例取得初階官位，並學習在諸貴族家之間的派閥禮法與分寸。透過接觸日常政務，他理解升遷與莊園收入如何支撐都城中的影響力。

隨著聲望增長，他在在位天皇周邊以及具影響力的退位君主勢力間經營同盟，以院政格局為背景擴大立足點。這些連結使他得以與競爭氏族爭奪官職、莊園與典禮威望。

晉升為資深大臣參與政務裁決，在藤原氏利益與皇室需求之間求取平衡。此職需要與宮中官人、神社網絡與地方莊園經營者密切協調。

升任關白，作為天皇與官僚體系之間的首要調停者，延續藤原攝關傳統。他掌理官職任命與政務諮議，同時承受院政勢力的牽制與壓力。

透過資助大型佛教法會與扶持名刹，強化自身正統性並塑造公共信仰氛圍。這類護持以恩惠與義務將僧侶、貴族與莊園管理者緊密繫於其家門。

在退位天皇於別邸行使實權的局面下運作，使攝關對政局的掌控更為複雜。他以協商與儀式作為工具，避免公開決裂，同時維持藤原氏的優勢地位。

就任攝政，肩負輔佐年幼天皇之責，重申家門對守護皇統的傳統主張。此職務要求審慎處理繼承政治，並平衡重臣之間相互競逐的需求。

隨地方武士對莊園的影響力上升，他面臨宮廷理想與軍事現實的緊張拉扯。他依靠莊園經營與結盟策略，確保收益持續流入京都的貴族與宗教機構。

與父藤原忠實之間的對立，以及繼承人之爭，使家內分裂更趨尖銳。這些內耗削弱攝關家在朝廷的整體陣線，也使外部勢力更易趁隙操弄局勢。

保元之亂使朝廷勢力分裂，圍繞後白河天皇與崇德天皇的陣營對峙，並牽動平清盛、源義朝等武士領袖介入。忠通的立場凸顯貴族政治的危險性，亦顯示暴力已進入京都的權力鬥爭。

保元之亂後，他致力於穩定任官與恢復儀禮秩序，同時承認武家勢力的角色顯著上升。他的作為旨在讓藤原攝關傳統在快速變動的政局中仍具意義。

隨著院政與武士結盟勢力日漸強勢，他逐步讓出日常政務的主導權。他以位階威望、宗教儀式與對皇位繼承慣例的影響維持自身聲望。

平治之亂加劇平氏與源氏競逐，使純粹依靠貴族門第的權力掮客更為邊緣化。他在京都見證軍事力量與策略婚姻逐漸左右原本由先例與禮制決定的結果。

晚年更著重佛事修持、追善法會與家產資源的審慎處置。此舉既求累積功德，也為在攝關體制不再保證支配地位的時代延續家門。

在都城辭世，數十年間左右平安末期的攝關政治。他的生涯展現政權由藤原主導的朝廷運作，轉向院政與武家日益主宰的新格局。