他以約瑟夫·本·瑪提提雅胡之名出生於耶路撒冷的祭司世系，與哈斯蒙尼家族有關聯。成長於希律王朝統治下、羅馬猶太地緊張的政治氛圍中，接受經典、律法與語言的菁英訓練。

青少年時期他研究法利賽人、撒都該人與艾塞尼派，比較他們對妥拉與權威的不同詮釋。他也追隨沙漠苦修者班努斯，在猶太旷野附近操練刻苦生活與禮儀潔淨。

他選擇與法利賽派結盟，該派在耶路撒冷的教師與律法詮釋者之間頗具影響力。此一取向形塑了他日後的寫作風格，強調傳統、律法與道德因果對國家災難的作用。

他被派往羅馬請求釋放被總督腓力斯拘押的猶太祭司。他穿梭於帝國人脈之中，親身見識羅馬權力、法庭與庇護體系，這些經驗日後深刻影響他的史書書寫。

在羅馬，他獲得尼祿皇帝之妻波培娅·薩賓娜的支持，使任務得以成功。帶著獲釋的祭司返鄉後，他更深刻體會個人影響力與皇室恩寵往往比法律辯論更能決定行省命運。

回到猶太地後，他見證在多年苛稅、權力濫用與地方派系鬥爭下，反羅馬的怒火終於點燃。耶路撒冷在溫和派與激進派之間日益對立，他也從旁觀者迅速被捲入擴大的戰爭。

耶路撒冷的革命當局任命他組織加利利的防務，該地對掌控北方交通要道至關重要。他加固城鎮、在敵對團體間斡旋，並在猶太內部分裂中努力維持軍紀。

維斯帕先與其子提圖斯率羅馬軍在加利利艱苦推進後，對約塔帕塔展開圍攻。約瑟夫斯在城中領導抵抗，後來將此役描寫為軍事悲劇，也是一場改變猶太地命運的道德轉折。

城破之後他遭到逮捕並被押至維斯帕先面前，幾乎被處決。他宣稱自己獲得預言，維斯帕先將成為皇帝；隨著羅馬政局轉變，這一說法後來保全了他的性命。

在混亂的「四皇之年」中，維斯帕先奪取皇位，並以此印證約瑟夫斯先前的預言。他獲得自由與庇護，並改採弗拉維家族之名，象徵其新身份與統治家族的連結。

他隨提圖斯行軍擔任口譯，勸說守城者投降以保全城邑。其後的敘事記錄談判、饑荒與派系暴力，並將聖殿毀滅框定為一場源自猶太地內部因素的民族浩劫。

聖殿在提圖斯攻陷耶路撒冷期間遭到摧毀，第二聖殿猶太教的中心祭儀就此終結。約瑟夫斯後來以戲劇性的筆法描寫烈焰、掠奪與宗教及城市核心的崩解。

他遷居羅馬，獲得住所與俸給，在弗拉維宮廷的庇護下生活與寫作。身處帝國圈層之近，他開始把戰爭經歷改寫為面向羅馬與散居社群讀者的希臘文史著。

他完成《猶太戰記》，敘述自六十六年至七十三年的戰爭，聚焦領袖、戰事與耶路撒冷的陷落。此書面向帝國受教育的讀者，融合目擊者證詞，並為自己的選擇與所屬群體辯護。

提圖斯死後，多米提安即位；約瑟夫斯仍留在羅馬，維持文學工作與庇護人脈。他的寫作日益致力於糾正敵意刻板印象，並在希羅羅馬學術脈絡中呈現可敬的猶太古史。

他完成《猶太古史》，從創世敘事一路寫到自身時代，取材於經典與早期記錄。該書旨在呈現猶太律法與傳統既古老又合乎理性，並可與文明秩序相容。

他撰寫《生平》回應指控，特別是與提比利亞的尤斯圖斯相關的批評，針對他在加利利的行為提出辯護。這部帶有回憶錄性質的文字澄清時間線、爭辯地方政治，並將自己描寫為被內戰裹挾的勉強指揮者。

他在《駁亞庇翁》中反擊流行於希臘化埃及與羅馬知識圈的反猶論辯。他主張猶太經典的古老性、傳抄傳承的可靠性，以及猶太律法的倫理嚴肅性。

他在羅馬去世，生前數十年以希臘文在帝國統治下寫作，成為影響最深遠的猶太史家。他的著作至今仍是理解第二聖殿時期猶太教、羅馬猶太地與耶路撒冷陷落後政治餘波的關鍵材料。