Né à Kyoto comme fils aîné du shogun Ashikaga Yoshiakira. Sa naissance survint pendant une période turbulente où le Japon était divisé entre les Cours du Nord et du Sud, chacune revendiquant la légitimité impériale.

Son père Yoshiakira mourut, et bien qu'il n'eût que neuf ans, Yoshimitsu hérita de la position de shogun. L'influent Hosokawa Yoriyuki servit comme son régent, gouvernant le shogunat pendant sa minorité.

Formellement investi comme troisième shogun Muromachi. Bien que jeune, il commença à apprendre les arts complexes du gouvernement et de la stratégie militaire sous la guidance attentive de son régent.

Construisit sa magnifique résidence connue sous le nom de 'Palais des Fleurs' dans le quartier Muromachi. Ce palais opulent devint le centre du pouvoir politique et donna son nom au shogunat, symbolisant son autorité croissante.

Renvoya son régent Hosokawa Yoriyuki du pouvoir, affirmant son indépendance et commençant son règne personnel. Cela marqua le début de son implication politique directe et de sa consolidation ambitieuse du pouvoir.

Soumit avec succès le puissant clan Toki de la province de Mino, démontrant sa capacité militaire et sa détermination à centraliser le pouvoir. Cette victoire réduisit significativement le pouvoir des gouverneurs militaires régionaux.

Écrasa la rébellion de Meitoku menée par le clan Yamana, qui contrôlait onze provinces. Cette victoire décisive élimina ses rivaux les plus puissants et établit la suprématie du shogunat sur toutes les maisons guerrières.

Réalisa l'unification historique des Cours du Nord et du Sud, mettant fin à soixante ans de division impériale. Par des négociations habiles, il convainquit la Cour du Sud de rendre les insignes impériaux, apportant la paix au Japon.

Démissionna formellement de la position de shogun, passant le titre à son jeune fils Yoshimochi. Cependant, il conserva le pouvoir réel en tant que 'Souverain cloîtré', continuant à contrôler le gouvernement en coulisses.

Prononça des vœux bouddhistes et adopta le nom religieux Dogi. Cette retraite religieuse était largement cérémonielle, lui permettant une plus grande liberté d'action tout en maintenant son influence politique et ses activités culturelles.

Commença la construction de sa villa de retraite à Kitayama, qui deviendrait le célèbre Kinkaku-ji (Pavillon d'Or). L'extérieur recouvert de feuilles d'or symbolisait sa richesse et son goût esthétique raffiné.

Réprima la rébellion d'Ōei menée par le puissant clan Ōuchi. Cette victoire consolida davantage son autorité et démontra que même à la retraite, il restait le pouvoir militaire et politique suprême au Japon.

Établit des relations diplomatiques officielles avec la Chine Ming, acceptant le titre de 'Roi du Japon' de l'empereur chinois. Cette décision controversée ouvrit le commerce lucratif des talismans qui enrichit énormément le shogunat.

La première mission commerciale officielle de la Chine Ming arriva au Japon. Le système de commerce des talismans apporta une immense richesse grâce à l'échange de cuivre, soufre et épées japonais contre de la soie, porcelaine et monnaies chinoises.

Mourut dans sa villa de Kitayama à l'âge de 49 ans, peut-être de maladie. Des rumeurs circulaient qu'il aspirait à devenir empereur, mais sa mort soudaine mit fin à de telles ambitions. Sa villa de Kitayama fut convertie en temple Rokuon-ji.